More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3493 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  100 
 
 		 476 aa  976    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  86.17 
 
 		 412 aa  703    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  86.41 
 
 		 412 aa  704    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  86.65 
 
 		 412 aa  706    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  93.45 
 
 		 412 aa  777    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  86.17 
 
 		 412 aa  703    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  87.86 
 
 		 412 aa  719    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  93.69 
 
 		 412 aa  778    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  93.45 
 
 		 412 aa  777    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  67.01 
 
 		 410 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  60.93 
 
 		 418 aa  502  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  61.45 
 
 		 415 aa  479  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  47.88 
 
 		 414 aa  362  8e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  49.87 
 
 		 428 aa  360  2e-98  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  52.79 
 
 		 414 aa  359  6e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  52.52 
 
 		 414 aa  359  6e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  48.96 
 
 		 417 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  49.34 
 
 		 413 aa  355  7.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.09 
 
 		 413 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  49.09 
 
 		 413 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  49.35 
 
 		 413 aa  347  4e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  49.09 
 
 		 413 aa  346  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  49.1 
 
 		 412 aa  346  6e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  48.56 
 
 		 412 aa  320  3e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.84 
 
 		 408 aa  305  1.0000000000000001e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  46.88 
 
 		 408 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  45.62 
 
 		 406 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  45.62 
 
 		 409 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  45.62 
 
 		 406 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  45.62 
 
 		 409 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  45.62 
 
 		 406 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  45.62 
 
 		 409 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  46.61 
 
 		 414 aa  299  8e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  44.79 
 
 		 405 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  44.79 
 
 		 405 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  44.79 
 
 		 405 aa  297  2e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  44.53 
 
 		 405 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.37 
 
 		 436 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.37 
 
 		 436 aa  295  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  44.27 
 
 		 405 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  44.27 
 
 		 405 aa  292  1e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  46.2 
 
 		 438 aa  290  4e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  48.55 
 
 		 429 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.19 
 
 		 424 aa  288  2e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  43.65 
 
 		 411 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  43.65 
 
 		 410 aa  286  5e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  45.07 
 
 		 418 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.09 
 
 		 419 aa  282  8.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  44.74 
 
 		 387 aa  282  9e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  43.57 
 
 		 382 aa  281  2e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  45.66 
 
 		 405 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  41.98 
 
 		 371 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  42.63 
 
 		 391 aa  273  5.000000000000001e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.34 
 
 		 416 aa  272  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  41.08 
 
 		 427 aa  271  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  42.38 
 
 		 404 aa  270  2.9999999999999997e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  44.21 
 
 		 388 aa  267  2.9999999999999995e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  44.22 
 
 		 412 aa  266  7e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  43.77 
 
 		 411 aa  266  8e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  44.41 
 
 		 386 aa  261  2e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  41.71 
 
 		 409 aa  261  3e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  44.19 
 
 		 391 aa  259  6e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1902  secretion protein HlyD  42.21 
 
 		 409 aa  256  5e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.555792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3045  RND family efflux transporter MFP subunit  44.89 
 
 		 414 aa  256  8e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.561818 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  41.35 
 
 		 418 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2891  RND efflux system membrane fusion protein  43.87 
 
 		 391 aa  253  5.000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.81851  normal  0.755183 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.97 
 
 		 420 aa  252  1e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0646106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  37.24 
 
 		 406 aa  251  2e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4358  RND family efflux transporter MFP subunit  43.43 
 
 		 421 aa  251  2e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0739  RND family efflux transporter MFP subunit  37.67 
 
 		 371 aa  251  2e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.580961  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  44.44 
 
 		 396 aa  250  3e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1624  RND efflux membrane fusion protein precursor  43.8 
 
 		 385 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.000143743  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2129  hypothetical protein  38.24 
 
 		 368 aa  249  1e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.69 
 
 		 399 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  40 
 
 		 392 aa  247  3e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2103  hypothetical protein  38.08 
 
 		 365 aa  246  4.9999999999999997e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.89 
 
 		 400 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  39.11 
 
 		 396 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18760  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  42.7 
 
 		 385 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0384088  normal  0.0956018 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0063  RND family efflux transporter MFP subunit  44.51 
 
 		 402 aa  243  5e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.98 
 
 		 396 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  41.76 
 
 		 393 aa  241  2e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  39.95 
 
 		 377 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  44.22 
 
 		 404 aa  240  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0887  secretion protein HlyD  38.28 
 
 		 398 aa  238  2e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.72 
 
 		 396 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1349  RND family efflux transporter MFP subunit  42.42 
 
 		 423 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  36.24 
 
 		 384 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  38.67 
 
 		 385 aa  236  8e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5121  RND family efflux transporter MFP subunit  40.39 
 
 		 396 aa  235  1.0000000000000001e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  39.77 
 
 		 414 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  41.06 
 
 		 414 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3814  RND family efflux transporter MFP subunit  42.11 
 
 		 414 aa  235  1.0000000000000001e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.14573  normal  0.243008 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  41.14 
 
 		 396 aa  234  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.61 
 
 		 377 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.24 
 
 		 392 aa  233  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  37.99 
 
 		 392 aa  232  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4972  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.63 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.956167  normal  0.110468 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4509  RND family efflux transporter MFP subunit  37.63 
 
 		 381 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  41.64 
 
 		 400 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>