248 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1715 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 
272 aa  556  1e-157  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.81 
 
 
615 aa  84.3  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.39 
 
 
637 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.77 
 
 
627 aa  83.2  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.97 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  29.28 
 
 
277 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.48 
 
 
624 aa  82.8  0.000000000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.46 
 
 
624 aa  79  0.00000000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.41 
 
 
632 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.83 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5789  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.8 
 
 
285 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0619484 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.77 
 
 
604 aa  75.9  0.0000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.28 
 
 
630 aa  76.3  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  36.15 
 
 
257 aa  75.9  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  28.28 
 
 
629 aa  75.5  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.41 
 
 
633 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.14 
 
 
635 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.52 
 
 
635 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  31.06 
 
 
629 aa  74.3  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.13 
 
 
632 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 
284 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.76 
 
 
635 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  28.85 
 
 
687 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.63 
 
 
638 aa  72.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.76 
 
 
635 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.15 
 
 
631 aa  72.8  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.44 
 
 
276 aa  72.4  0.000000000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.78 
 
 
631 aa  72.4  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.59 
 
 
627 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 
635 aa  70.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.62 
 
 
288 aa  71.2  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  29.43 
 
 
266 aa  70.5  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 
305 aa  70.5  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  28.79 
 
 
626 aa  69.7  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0273  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.33 
 
 
278 aa  68.2  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  27.31 
 
 
635 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  28.62 
 
 
292 aa  67.8  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  29.21 
 
 
634 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.46 
 
 
632 aa  67.8  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  28.87 
 
 
277 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  26.54 
 
 
617 aa  67.8  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  28.79 
 
 
634 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.46 
 
 
633 aa  67  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.23 
 
 
298 aa  66.6  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.24 
 
 
628 aa  66.6  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  26.85 
 
 
283 aa  65.9  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.21 
 
 
394 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.09 
 
 
628 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.09 
 
 
628 aa  65.5  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.92 
 
 
635 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  28.57 
 
 
477 aa  64.3  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  25.26 
 
 
295 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  25.26 
 
 
295 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.52 
 
 
276 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.43 
 
 
265 aa  64.7  0.000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.47 
 
 
296 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0115  xylose isomerase domain-containing protein  27.94 
 
 
286 aa  63.5  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.99603  normal  0.236776 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  25.94 
 
 
271 aa  63.2  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.07 
 
 
645 aa  63.2  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  31.29 
 
 
283 aa  63.5  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  25.26 
 
 
295 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.23 
 
 
627 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.15 
 
 
630 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.15 
 
 
630 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.82 
 
 
630 aa  62.8  0.000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.63 
 
 
623 aa  62.8  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.77 
 
 
630 aa  62  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.51 
 
 
258 aa  61.6  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.82 
 
 
630 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  28.03 
 
 
293 aa  60.8  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  26.59 
 
 
285 aa  60.8  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.03 
 
 
276 aa  61.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  28.32 
 
 
288 aa  61.2  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33680  hypothetical protein  24.54 
 
 
274 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.84 
 
 
274 aa  60.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3575  xylose isomerase domain-containing protein  27.73 
 
 
256 aa  60.5  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  28.46 
 
 
285 aa  59.7  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.52 
 
 
276 aa  60.1  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26.05 
 
 
630 aa  60.1  0.00000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  29.38 
 
 
296 aa  60.1  0.00000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.68 
 
 
258 aa  59.7  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.38 
 
 
280 aa  59.3  0.00000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.77 
 
 
630 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  28.46 
 
 
274 aa  58.9  0.00000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.66 
 
 
286 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.67 
 
 
287 aa  58.2  0.0000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  28.65 
 
 
292 aa  58.5  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.94 
 
 
269 aa  58.2  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.44 
 
 
279 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  31.06 
 
 
297 aa  57.4  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1525  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.63 
 
 
306 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  28.25 
 
 
296 aa  57  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  26.01 
 
 
287 aa  57  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  24.32 
 
 
297 aa  56.2  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.25 
 
 
282 aa  56.2  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  31.34 
 
 
276 aa  56.2  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2966  oxidoreductase domain protein  31.05 
 
 
699 aa  55.8  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.92 
 
 
289 aa  55.8  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29270  sugar phosphate isomerase/epimerase  31.21 
 
 
280 aa  55.8  0.0000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1777  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.41 
 
 
262 aa  55.5  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>