More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3738 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  100 
 
 		 328 aa  641    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2271  phage integrase family protein  54.17 
 
 		 321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1720  tyrosine recombinase XerD  52.87 
 
 		 319 aa  297  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.514315 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3062  site-specific tyrosine recombinase XerD  55.52 
 
 		 308 aa  292  5e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  54 
 
 		 311 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  53.67 
 
 		 311 aa  286  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  54.6 
 
 		 304 aa  287  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  52.84 
 
 		 311 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3407  integrase family protein  51.89 
 
 		 325 aa  281  1e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.155435 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1428  phage integrase  50.84 
 
 		 317 aa  281  1e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.473602  normal  0.0585003 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.16 
 
 		 317 aa  279  4e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  52.6 
 
 		 313 aa  279  4e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0488  tyrosine recombinase XerD  53.7 
 
 		 319 aa  278  7e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  50.16 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  52.9 
 
 		 339 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0393  tyrosine recombinase XerD  53.95 
 
 		 319 aa  273  3e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543195  normal  0.555297 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4056  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.1 
 
 		 332 aa  270  2e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.111498  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7575  tyrosine recombinase XerD subunit  52.46 
 
 		 308 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440547  normal  0.271837 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0296  tyrosine recombinase XerD  52.6 
 
 		 351 aa  269  4e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.672808 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1468  phage integrase family protein  51.18 
 
 		 304 aa  268  8.999999999999999e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2031  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.34 
 
 		 307 aa  264  1e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1953  site-specific tyrosine recombinase XerD  54.34 
 
 		 307 aa  265  1e-69  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  49.01 
 
 		 308 aa  265  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0724  integrase family protein  52 
 
 		 308 aa  263  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.971464 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1634  integrase family protein  50.15 
 
 		 354 aa  264  2e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.280587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2172  tyrosine recombinase XerD  54.1 
 
 		 309 aa  263  4e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0616277  normal  0.178894 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  51.31 
 
 		 320 aa  261  8.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1847  integrase family protein  50.98 
 
 		 314 aa  261  1e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  50.98 
 
 		 332 aa  259  3e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0533  tyrosine recombinase XerD  50.97 
 
 		 347 aa  258  8e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  54.75 
 
 		 308 aa  258  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0907  site-specific tyrosine recombinase XerD  51.45 
 
 		 307 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  51.16 
 
 		 328 aa  255  7e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  50.83 
 
 		 328 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0039  tyrosine recombinase XerD  47.37 
 
 		 312 aa  253  4.0000000000000004e-66  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2484  phage integrase  51.17 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72317  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1279  phage integrase family protein  49.84 
 
 		 323 aa  248  9e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0644752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0677  integrase family protein  51.84 
 
 		 291 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.92563 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1902  phage integrase  50.49 
 
 		 293 aa  238  8e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162765  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  48.48 
 
 		 314 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1797  phage integrase  50.32 
 
 		 303 aa  227  3e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.742134 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  48.15 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.62 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2127  tyrosine recombinase XerD  47.59 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1878  tyrosine recombinase XerD  46.44 
 
 		 292 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2383  tyrosine recombinase XerD  43.88 
 
 		 295 aa  219  6e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0052  phage integrase  45.2 
 
 		 312 aa  219  7e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  46.62 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3714  tyrosine recombinase XerD  43.1 
 
 		 301 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.95 
 
 		 336 aa  216  5e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0057  tyrosine recombinase XerD  44.89 
 
 		 312 aa  215  8e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.502069 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  44.82 
 
 		 299 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  46.44 
 
 		 292 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  44.07 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.62 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  44.07 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  47.32 
 
 		 298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  43.54 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0540  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.92 
 
 		 325 aa  212  7.999999999999999e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0147694  normal  0.75101 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  44.19 
 
 		 299 aa  212  7.999999999999999e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  38.38 
 
 		 295 aa  211  9e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.97 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.97 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0144  tyrosine recombinase XerD  39.27 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.96 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.96 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  43.96 
 
 		 299 aa  209  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1659  tyrosine recombinase XerD  51.34 
 
 		 254 aa  209  7e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02726  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.63 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  44.3 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.63 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0011  phage integrase family protein  46.51 
 
 		 301 aa  207  1e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0815  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.624778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.63 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.26 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1488  tyrosine recombinase XerD  44.84 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.3 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.63 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  42.91 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  44.63 
 
 		 298 aa  207  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03409  tyrosine recombinase  40.79 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2258  tyrosine recombinase XerD  48.31 
 
 		 298 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  42.71 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  206  6e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2255  tyrosine recombinase XerD  46.13 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000204462  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  41.28 
 
 		 296 aa  205  9e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  43.88 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  44.9 
 
 		 301 aa  204  1e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0139  tyrosine recombinase XerD  42.95 
 
 		 312 aa  204  1e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.87 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  38.87 
 
 		 296 aa  203  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16040  site-specific tyrosine recombinase XerD  45.24 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  39.53 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  43.88 
 
 		 295 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>