More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3718 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_3718  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 231 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0262455  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4795  two component transcriptional regulator, LuxR family  99.55 
 
 		 221 aa  436  1e-121  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.180506 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0338  negative regulator of exopolysaccharide production transcription regulator protein  84.32 
 
 		 236 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.104039  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1185  transcription regulator protein  54.95 
 
 		 222 aa  241  6e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124825  normal  0.600184 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1028  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.64 
 
 		 222 aa  236  2e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.146412  normal  0.260968 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1120  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.64 
 
 		 219 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0994252  normal  0.118956 
 
 
-
 
NC_003296  RS03679  transcription regulator protein  40.65 
 
 		 299 aa  125  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000906887  normal  0.0907157 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3767  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.36 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4844  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.36 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0555  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.2 
 
 		 227 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2232  two component LuxR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 212 aa  95.1  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5831  LuxR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 276 aa  94  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1929  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.33 
 
 		 209 aa  91.3  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.142226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5380  regulatory protein, LuxR  53.01 
 
 		 315 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.869493  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5861  LuxR family transcriptional regulator  59.15 
 
 		 309 aa  90.9  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.971396 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 224 aa  88.6  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2039  two component LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 212 aa  88.6  8e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3170  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  29.52 
 
 		 227 aa  88.6  8e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7667  two component LuxR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 209 aa  87.8  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2603  two component LuxR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0876088  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0866  two component LuxR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 220 aa  87.8  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0991  two component LuxR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 210 aa  87.4  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5353  regulatory protein, LuxR  61.54 
 
 		 330 aa  87.4  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 216 aa  85.1  9e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3716  two component LuxR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 209 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.576881  normal  0.099275 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4028  two component LuxR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 212 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 232 aa  83.2  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.173401  normal  0.808062 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0522  response regulator receiver protein  30 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.12 
 
 		 235 aa  82.4  0.000000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1346  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.49 
 
 		 236 aa  81.6  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.361751  hitchhiker  0.00000337078 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02404  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  31.84 
 
 		 218 aa  82  0.000000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  30.7 
 
 		 239 aa  82  0.000000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 214 aa  81.3  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  33.53 
 
 		 215 aa  81.3  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.46 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.311075  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2218  two component LuxR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4744  response regulator receiver protein  31.48 
 
 		 209 aa  80.1  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.620464  normal  0.690137 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3355  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.9 
 
 		 208 aa  79.7  0.00000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.687232  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1151  two-component response regulator  28.57 
 
 		 248 aa  79  0.00000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.11 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.11 
 
 		 218 aa  78.2  0.00000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2789  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.27 
 
 		 212 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.246733  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 218 aa  77.8  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  29.58 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4341  two component LuxR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  29.58 
 
 		 215 aa  77.8  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  29.58 
 
 		 215 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.58 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 208 aa  77.4  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1571  XRE family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 227 aa  77  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 223 aa  77  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3748  two component LuxR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 211 aa  77  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.107866  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  29.67 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0584  two component response regulator  29.56 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.566414  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5114  two component LuxR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00554548 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.11 
 
 		 226 aa  77  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 209 aa  77.4  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1574  two component LuxR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347453 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 219 aa  77  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  29.67 
 
 		 215 aa  77.4  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 209 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5117  two component LuxR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 253 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.180541 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1813  two component LuxR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 249 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.172477 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.92 
 
 		 225 aa  76.6  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 207 aa  76.6  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  29.11 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  29.11 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  29.11 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  29.11 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  29.11 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  29.11 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.11 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  29.11 
 
 		 215 aa  75.9  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  29.11 
 
 		 215 aa  76.3  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.52 
 
 		 227 aa  76.3  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  31.4 
 
 		 224 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3356  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.18 
 
 		 216 aa  75.5  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.334369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.43 
 
 		 209 aa  75.5  0.0000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2921  two component LuxR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 229 aa  75.1  0.0000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.190475 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.73 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  31.51 
 
 		 213 aa  74.3  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  30 
 
 		 215 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0978  two component signal transduction response regulator  26.98 
 
 		 223 aa  74.3  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0402933  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 209 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 226 aa  73.9  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03258  two-component system regulatory protein  27.93 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20460  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  29.86 
 
 		 229 aa  73.9  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0212792  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1450  two component LuxR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 224 aa  74.3  0.000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  27.7 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 217 aa  74.3  0.000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2076  response regulator receiver protein  28.02 
 
 		 238 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 207 aa  73.9  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>