More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4729 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4729  transcriptional regulator FixK  100 
 
 		 230 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1361  transcriptional regulator FixK  92.61 
 
 		 229 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0646149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1340  transcriptional regulator FixK  92.17 
 
 		 229 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.324269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4055  transcriptional regulator FixK  82.61 
 
 		 229 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2786  transcriptional regulator FixK  78.21 
 
 		 229 aa  370  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0460697  normal  0.11454 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1951  transcriptional regulator FixK  72.51 
 
 		 231 aa  323  2e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1036  transcriptional regulator FixK  68.83 
 
 		 231 aa  320  8e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4375  Crp/FNR family transcriptional regulator  69.27 
 
 		 268 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0870  transcriptional regulator FixK  64.62 
 
 		 227 aa  268  4e-71  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5386  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  57.44 
 
 		 230 aa  219  3e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3505  regulatory protein Crp  51.12 
 
 		 229 aa  216  2e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.021842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3812  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  51.12 
 
 		 229 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0408  Crp/FNR family transcriptional regulator  53.81 
 
 		 230 aa  204  7e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4871  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  50.22 
 
 		 228 aa  204  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6107  Crp/FNR family transcriptional regulator  54.19 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0266042 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6927  Crp/FNR family transcriptional regulator  50.89 
 
 		 227 aa  203  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.422372 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3266  cyclic nucleotide-binding  51.53 
 
 		 220 aa  201  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00116153 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3889  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  53.37 
 
 		 229 aa  182  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.128439 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2975  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 220 aa  182  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169439  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0629  transcriptional regulator FixK  46.2 
 
 		 215 aa  182  5.0000000000000004e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.595222  normal  0.236212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2158  Crp/FNR family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 208 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.198273  normal  0.103025 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 222 aa  180  2e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1746  CRP/FNR family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 236 aa  179  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.753218  normal  0.546792 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2457  Crp/FNR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 204 aa  172  5.999999999999999e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.325923  normal  0.600278 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3277  Crp/FNR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 226 aa  170  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0192  CRP family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 230 aa  165  5e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1823  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  46.99 
 
 		 234 aa  161  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0333657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2220  transcriptional regulator FixK  46.24 
 
 		 224 aa  156  3e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.552775  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6270  transcriptional regulator FixK  41.71 
 
 		 211 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.967473  normal  0.128199 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3322  Crp/FNR family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 262 aa  136  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0702622  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 242 aa  135  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.191538  hitchhiker  0.00387918 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5184  transcriptional regulator FixK  42.71 
 
 		 211 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.639909 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0422  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  42.11 
 
 		 246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5746  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1357  Crp/Fnr family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1377  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 239 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0946  Crp/FNR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.336903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4713  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.98 
 
 		 239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557049  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0749  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 242 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.887641  normal  0.079497 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7766  nitrogen fixation regulation protein fixK  37.78 
 
 		 235 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.701843  normal  0.257497 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2634  CRP/FNR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 249 aa  119  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6132  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 245 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0884478  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0654  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 248 aa  118  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1273  cAMP-binding protein  34.65 
 
 		 243 aa  117  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0647  nitrogen fixation regulation protein fixk  33.91 
 
 		 251 aa  116  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4039  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3926  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 		 238 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5030  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.41 
 
 		 238 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1631  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 310 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0576  CRP/FNR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 235 aa  112  6e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.670039  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1357  cyclic nucleotide-binding  37.57 
 
 		 250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.395788 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1557  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.04 
 
 		 250 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00717235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2581  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 231 aa  108  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.658135  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1302  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.95 
 
 		 254 aa  107  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0109091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1945  Crp/FNR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1464  transcriptional activator Anr  35.63 
 
 		 244 aa  106  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2699  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 232 aa  105  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.276502  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1742  CRP/FNR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 242 aa  105  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.275504  normal  0.265558 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1864  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  34.66 
 
 		 250 aa  104  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.856056  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6164  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.55 
 
 		 247 aa  104  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.257657  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1773  Crp/FNR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 263 aa  103  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2081  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  34.09 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0488524  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1981  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.98 
 
 		 250 aa  102  4e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.320226 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2311  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  32.98 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.144598  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1853  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.52 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1450  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.98 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1788  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.98 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.765276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1984  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.33 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.312779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2291  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.98 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1170  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 274 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1575  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.98 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1546  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.98 
 
 		 250 aa  102  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2233  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 253 aa  102  6e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0375344  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2026  transcriptional activator Crp family  33.88 
 
 		 241 aa  102  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2105  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  35.39 
 
 		 248 aa  102  7e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0944449  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2398  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  36.65 
 
 		 248 aa  102  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1491  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.52 
 
 		 250 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0202312  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1673  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.52 
 
 		 250 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.349784  normal  0.0983377 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1783  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.52 
 
 		 250 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.251439 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1845  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.52 
 
 		 250 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.918423  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1785  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.52 
 
 		 250 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.377507  normal  0.141635 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0931  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  31.91 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.896198 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2582  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  33.52 
 
 		 254 aa  100  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3927  Crp/FNR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 242 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.729399  hitchhiker  0.00211875 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1678  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 230 aa  101  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.330352  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7770  putative nitrogen fixation regulation protein fixK  36.52 
 
 		 256 aa  101  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal  0.567558 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1961  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  30 
 
 		 250 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00754009 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6315  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.33 
 
 		 403 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1944  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  31.66 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.755264  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1833  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  31.66 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4294  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 272 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2293  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.46 
 
 		 250 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4280  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 257 aa  99.8  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0900166 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2115  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.55 
 
 		 250 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.508722  normal  0.0650668 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2014  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.55 
 
 		 250 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000000422436 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3812  Crp/FNR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 257 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.279241  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2356  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  32.39 
 
 		 254 aa  99.4  4e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0698  Crp-Fnr regulatory protein (FnrL)  31.77 
 
 		 248 aa  99  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1951  fumarate/nitrate reduction transcriptional regulator  29.55 
 
 		 250 aa  99  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.80493  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2353  CRP/FNR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 248 aa  99  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.689366  normal  0.139893 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>