More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3868 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3868  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 315 aa  647    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0937  LysR family transcriptional regulator  90.38 
 
 		 332 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0239089  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8528  transcriptional regulator, LysR family  46.44 
 
 		 298 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1317  transcriptional regulator, LysR family  45.42 
 
 		 298 aa  278  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1158  LysR substrate-binding  45.08 
 
 		 317 aa  277  2e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.326337 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1559  transcriptional regulator, LysR family  46.28 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.206276  normal  0.500122 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1750  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 324 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.286779  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3258  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5011  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.2 
 
 		 315 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 329 aa  206  5e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 307 aa  205  6e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 338 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 316 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0242  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 318 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3476  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 319 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0142034 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4317  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4049  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0950657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4540  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 339 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0590293  normal  0.826937 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 316 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3578  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 317 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3786  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.788171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4928  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 307 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.595965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1814  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2010  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.199034 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1560  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 291 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2031  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 319 aa  189  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.810813  normal  0.25422 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0055  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554839 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0952  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0893  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 316 aa  186  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0074  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 295 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.183793  hitchhiker  0.0000000265009 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0653  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 325 aa  186  5e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.154415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0071  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 295 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.328388  hitchhiker  0.00942011 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3357  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  186  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.485418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3951  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 319 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.358181 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3444  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 323 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1089  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0071  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 295 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000017949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1403  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2606  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 295 aa  182  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.681878 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1833  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.386292  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10670  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.370922  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3293  hypothetical protein  34.65 
 
 		 312 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4030  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.653642  normal  0.928184 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1766  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  176  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.13211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1067  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 293 aa  176  6e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3298  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683062  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0835  transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 		 293 aa  175  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3705  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.217893  normal  0.044305 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0173  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0103543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2863  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 315 aa  170  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 317 aa  170  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3247  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  169  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3246  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.742909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0854  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.283464  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0384  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0197813 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1605  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1792  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 295 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 295 aa  165  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2523  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0417  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 293 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.234573  hitchhiker  0.000746298 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4214  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0323  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 293 aa  162  5.0000000000000005e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.23256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3318  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 293 aa  160  3e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2965  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1608  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 297 aa  159  7e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0270866 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 294 aa  158  9e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3421  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1335  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1139  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 306 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3048  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.104991 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1390  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01514  transcriptional regulatory protein  30.11 
 
 		 289 aa  153  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4291  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.249542  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4075  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.605755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7356  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.195647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1718  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3448  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 291 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.285502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0979  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.23 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3295  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5996  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 296 aa  145  9e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0861093  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 319 aa  142  6e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3487  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 293 aa  142  8e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.475425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 297 aa  142  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1914  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2448  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.848866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 290 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>