165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3508 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3508  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 359 aa  708    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0621  anti-sigma-factor antagonist  82 
 
 		 377 aa  584  1e-166  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0312248 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0092  anti-sigma-factor antagonist  54.43 
 
 		 317 aa  164  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.896141  normal  0.463616 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2986  anti-sigma-factor antagonist  31.86 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1835  anti-sigma-factor antagonist  56.74 
 
 		 331 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1936  anti-sigma-factor antagonist  58.14 
 
 		 314 aa  149  7e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.729747  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0787  anti-sigma-factor antagonist  58.2 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.135868 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2715  anti-sigma-factor antagonist  54.33 
 
 		 341 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3857  anti-sigma-factor antagonist  51.7 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2646  anti-sigma-factor antagonist  45.14 
 
 		 261 aa  143  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1239  anti-sigma-factor antagonist  44.44 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.974707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2503  anti-sigma-factor antagonist  51.16 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244324 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2000  anti-sigma-factor antagonist  32.23 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.18395  normal  0.875312 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2689  anti-sigma-factor antagonist  50 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.958123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1710  anti-sigma-factor antagonist  45.21 
 
 		 324 aa  126  6e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2635  anti-sigma-factor antagonist  48.25 
 
 		 355 aa  124  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3278  anti-sigma-factor antagonist  35.67 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2424  anti-sigma-factor antagonist  45.31 
 
 		 317 aa  106  6e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0135  anti-sigma-factor antagonist  31.93 
 
 		 371 aa  105  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  37.72 
 
 		 280 aa  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4325  anti-sigma-factor antagonist  27.99 
 
 		 359 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0978917  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  45.08 
 
 		 428 aa  100  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0268  anti-sigma-factor antagonist  26.86 
 
 		 363 aa  99.4  8e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0598617 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  40.16 
 
 		 358 aa  98.6  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  39.53 
 
 		 315 aa  98.2  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  41.96 
 
 		 315 aa  98.6  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  33.67 
 
 		 271 aa  98.2  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0179  anti-sigma-factor antagonist  27.33 
 
 		 359 aa  97.1  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000362321  hitchhiker  0.00135922 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0116  anti-sigma-factor antagonist  37.13 
 
 		 357 aa  97.1  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00357246  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  48 
 
 		 429 aa  96.7  5e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4490  anti-sigma-factor antagonist  35.93 
 
 		 511 aa  96.7  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.30603  decreased coverage  0.000741245 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  38.28 
 
 		 306 aa  95.1  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  37.8 
 
 		 288 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0868  anti-sigma-factor antagonist  35.67 
 
 		 506 aa  94.4  3e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000121741 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  41.48 
 
 		 284 aa  93.2  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0963  anti-sigma-factor antagonist  43.24 
 
 		 308 aa  93.2  6e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0799  anti-sigma-factor antagonist  48 
 
 		 286 aa  93.2  7e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224753  hitchhiker  0.00639287 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1671  anti-sigma-factor antagonist  42.86 
 
 		 288 aa  93.2  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.128227 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  35.84 
 
 		 559 aa  92.4  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0129  anti-sigma-factor antagonist  45.45 
 
 		 287 aa  92  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  39.37 
 
 		 509 aa  92  1e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  40.5 
 
 		 283 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  43.75 
 
 		 285 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  41.88 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  43.33 
 
 		 295 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2486  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  42.34 
 
 		 294 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  37.34 
 
 		 428 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  30.19 
 
 		 388 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5229  anti-sigma-factor antagonist  41.88 
 
 		 291 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  40.5 
 
 		 282 aa  90.1  5e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  41.03 
 
 		 292 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  38.1 
 
 		 385 aa  89.7  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  43.81 
 
 		 291 aa  89.7  7e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  45.71 
 
 		 283 aa  89.7  7e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  34.1 
 
 		 568 aa  89.4  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  33.13 
 
 		 653 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  37.12 
 
 		 255 aa  89  1e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  40.5 
 
 		 281 aa  89  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  33 
 
 		 271 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  40.5 
 
 		 271 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2416  anti-sigma-factor antagonist  44.12 
 
 		 288 aa  88.2  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0221  anti-sigma-factor antagonist  35 
 
 		 366 aa  87.8  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  32.94 
 
 		 362 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  36.42 
 
 		 430 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2118  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  41.75 
 
 		 285 aa  88.2  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.333632 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  42.11 
 
 		 286 aa  88.6  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2421  anti-sigma-factor antagonist  35.33 
 
 		 523 aa  87.8  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3404  anti-sigma-factor antagonist  33.58 
 
 		 361 aa  87  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  32.74 
 
 		 653 aa  87  4e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  39.66 
 
 		 293 aa  86.7  6e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  39.84 
 
 		 252 aa  86.3  7e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2322  anti-sigma-factor antagonist  34.27 
 
 		 521 aa  86.7  7e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  29.21 
 
 		 272 aa  85.9  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3137  anti-sigma-factor antagonist  39.47 
 
 		 283 aa  85.9  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225193  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  34.78 
 
 		 377 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3859  anti-sigma-factor antagonist  40.54 
 
 		 295 aa  85.9  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  38.97 
 
 		 372 aa  85.9  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  32.57 
 
 		 655 aa  85.9  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  37.58 
 
 		 357 aa  85.9  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0052  anti-sigma-factor antagonist  31.13 
 
 		 350 aa  85.9  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3768  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 		 284 aa  85.9  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2210  anti-sigma-factor antagonist  37.82 
 
 		 580 aa  85.5  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  29.12 
 
 		 549 aa  85.5  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  38.76 
 
 		 376 aa  85.1  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  34.03 
 
 		 388 aa  84.7  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  37.84 
 
 		 562 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  38.26 
 
 		 653 aa  84.7  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0373  anti-sigma-factor antagonist  38.33 
 
 		 365 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  39.16 
 
 		 424 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1270  anti-sigma-factor antagonist  32.5 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  34.59 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1219  positive regulator of sigma-B  40.78 
 
 		 286 aa  84.3  0.000000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.30106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  45.1 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3476  anti-sigma-factor antagonist  35.55 
 
 		 380 aa  84  0.000000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.837777  normal  0.282412 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2296  anti-sigma-factor antagonist  35.19 
 
 		 342 aa  84  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0948081  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  39.85 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0141  anti-sigma-factor antagonist  38.05 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0116373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  33.1 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  35.56 
 
 		 538 aa  82.4  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  36.17 
 
 		 439 aa  81.3  0.00000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>