More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_2839 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2474  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  85.96 
 
 		 528 aa  860    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2839  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 		 522 aa  1062    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.224922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4514  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  60.04 
 
 		 576 aa  628  1e-178  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0113275  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1778  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  56.28 
 
 		 505 aa  539  9.999999999999999e-153  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.513471  normal  0.693923 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2811  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.08 
 
 		 467 aa  244  1.9999999999999999e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0595118  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00525  putative arginine decarboxylase  32.13 
 
 		 486 aa  243  7e-63  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5527  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.92 
 
 		 494 aa  237  5.0000000000000005e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.27948  normal  0.0601213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6223  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.06 
 
 		 465 aa  236  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2320  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.8 
 
 		 463 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.389053 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1868  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.72 
 
 		 463 aa  233  4.0000000000000004e-60  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.11106  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3427  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.07 
 
 		 501 aa  233  6e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0150373  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1576  arginine decarboxylase, biosynthetic  29.29 
 
 		 430 aa  218  2e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.584037  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1771  arginine decarboxylase  31.34 
 
 		 706 aa  100  8e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0845  arginine decarboxylase  25.21 
 
 		 659 aa  89  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3349  arginine decarboxylase  25.21 
 
 		 659 aa  89  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3789  arginine decarboxylase  26.87 
 
 		 636 aa  88.6  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0843  arginine decarboxylase  25.21 
 
 		 659 aa  89  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1413  arginine decarboxylase  27.95 
 
 		 653 aa  86.7  9e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.909421  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3973  arginine decarboxylase  26.25 
 
 		 658 aa  85.9  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1650  arginine decarboxylase  24.27 
 
 		 681 aa  85.9  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1536  arginine decarboxylase  28.1 
 
 		 643 aa  84  0.000000000000006  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.649083  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3124  arginine decarboxylase  25.65 
 
 		 627 aa  83.6  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.791613  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1677  arginine decarboxylase  24.93 
 
 		 681 aa  83.2  0.000000000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.814883  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1037  arginine decarboxylase  26 
 
 		 647 aa  83.6  0.000000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.919876 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3934  arginine decarboxylase  26.36 
 
 		 655 aa  82.8  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.532155  normal  0.948508 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000828  biosynthetic arginine decarboxylase  26.24 
 
 		 640 aa  82.8  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00030199  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3333  arginine decarboxylase  26.3 
 
 		 632 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.104142 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3325  arginine decarboxylase  26.3 
 
 		 632 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591958  normal  0.70504 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0508  arginine decarboxylase  25.27 
 
 		 658 aa  82  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.595355  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3114  arginine decarboxylase  28.29 
 
 		 630 aa  82.4  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.188561 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3249  arginine decarboxylase  26.3 
 
 		 632 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.225168  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3706  arginine decarboxylase  25.91 
 
 		 660 aa  82.4  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0526106  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3903  arginine decarboxylase  25.91 
 
 		 659 aa  82.4  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0317541  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3260  arginine decarboxylase  26.3 
 
 		 632 aa  82.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1964  arginine decarboxylase  26.62 
 
 		 660 aa  81.6  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.015476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1983  arginine decarboxylase  25.5 
 
 		 654 aa  81.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.119208  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1132  arginine decarboxylase  27.42 
 
 		 609 aa  81.3  0.00000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1896  arginine decarboxylase  26.69 
 
 		 654 aa  81.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.907046  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2068  arginine decarboxylase  25.5 
 
 		 654 aa  81.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4241  arginine decarboxylase  25.97 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0550  arginine decarboxylase  24.82 
 
 		 657 aa  80.9  0.00000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314322  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3081  arginine decarboxylase  25.97 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.602145  hitchhiker  0.00168239 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02768  arginine decarboxylase  25.97 
 
 		 658 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0756  arginine decarboxylase  25.97 
 
 		 658 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3430  arginine decarboxylase  25.97 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000516135 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02731  hypothetical protein  25.97 
 
 		 658 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3371  arginine decarboxylase  25.97 
 
 		 658 aa  80.9  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.575173  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3281  arginine decarboxylase  25.97 
 
 		 658 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3096  arginine decarboxylase  25.97 
 
 		 658 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0773  arginine decarboxylase  25.97 
 
 		 658 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00439854 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3423  arginine decarboxylase  25.29 
 
 		 671 aa  80.5  0.00000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0557  arginine decarboxylase  26.64 
 
 		 629 aa  80.5  0.00000000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.321507  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3344  arginine decarboxylase  25.57 
 
 		 658 aa  80.5  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0227178 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2839  arginine decarboxylase  27.52 
 
 		 647 aa  80.1  0.00000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2047  arginine decarboxylase  27.39 
 
 		 625 aa  79.3  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1309  arginine decarboxylase  24.62 
 
 		 635 aa  79  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000212107 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0895  arginine decarboxylase  27.46 
 
 		 613 aa  78.2  0.0000000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.262836  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1870  arginine decarboxylase  22.94 
 
 		 637 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06737  arginine decarboxylase  25.8 
 
 		 640 aa  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2606  arginine decarboxylase  23.1 
 
 		 635 aa  78.2  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.455337  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4038  arginine decarboxylase  24.67 
 
 		 679 aa  77.4  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.781244 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0013  diaminopimelate decarboxylase  26.67 
 
 		 443 aa  77.8  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.204017  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2916  arginine decarboxylase  24.23 
 
 		 635 aa  77.8  0.0000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28311  arginine decarboxylase  23.8 
 
 		 648 aa  77.4  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.205321 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1768  arginine decarboxylase  25.09 
 
 		 637 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0174014  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2517  arginine decarboxylase  25.09 
 
 		 637 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.977379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1805  arginine decarboxylase  25.09 
 
 		 637 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0026532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1761  arginine decarboxylase  25.09 
 
 		 637 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0168893  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1647  arginine decarboxylase  24.73 
 
 		 637 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2517  arginine decarboxylase  26.9 
 
 		 639 aa  76.6  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.332138  normal  0.039824 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1675  arginine decarboxylase  24.32 
 
 		 635 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00247787  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  24.6 
 
 		 459 aa  75.9  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0901  arginine decarboxylase  27.17 
 
 		 638 aa  75.9  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000100122  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1557  arginine decarboxylase  22.65 
 
 		 637 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1632  arginine decarboxylase  22.65 
 
 		 637 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.386766  normal  0.0176215 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1624  arginine decarboxylase  22.67 
 
 		 637 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0743651 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0026  arginine decarboxylase  25.62 
 
 		 650 aa  75.1  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0983  arginine decarboxylase  24.22 
 
 		 635 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2280  arginine decarboxylase  22.51 
 
 		 636 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000837435  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1963  arginine decarboxylase  24.28 
 
 		 636 aa  74.3  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0855  arginine decarboxylase  26.26 
 
 		 611 aa  73.6  0.000000000009  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0785  arginine decarboxylase  26.26 
 
 		 610 aa  73.6  0.000000000009  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00102058  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2513  arginine decarboxylase  23.29 
 
 		 642 aa  73.6  0.000000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.494839 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0544  arginine decarboxylase  27.24 
 
 		 633 aa  73.6  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.073067  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1248  arginine decarboxylase  25.93 
 
 		 610 aa  72.8  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000273662  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0419  arginine decarboxylase  23.91 
 
 		 661 aa  73.2  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00340731  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1846  arginine decarboxylase  24.64 
 
 		 669 aa  72.8  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2480  arginine decarboxylase  26.32 
 
 		 637 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.46516  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2172  arginine decarboxylase  23.14 
 
 		 642 aa  72.8  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0202  arginine decarboxylase  26.67 
 
 		 634 aa  72  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.500667  normal  0.147392 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0721  arginine decarboxylase  25.41 
 
 		 644 aa  72.4  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09931  diaminopimelate decarboxylase  24.02 
 
 		 455 aa  72  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29970  diaminopimelate decarboxylase  24.76 
 
 		 479 aa  72  0.00000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.450757  normal  0.317185 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3466  arginine decarboxylase  22.92 
 
 		 645 aa  71.2  0.00000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.348577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1142  arginine decarboxylase  22.86 
 
 		 693 aa  71.2  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.344888  hitchhiker  0.00702994 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0006  arginine decarboxylase  24.91 
 
 		 630 aa  70.9  0.00000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2097  arginine decarboxylase  26.54 
 
 		 636 aa  70.5  0.00000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0477  diaminopimelate decarboxylase  20.47 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2537  arginine decarboxylase  23.08 
 
 		 635 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0520  arginine decarboxylase  24.36 
 
 		 637 aa  70.5  0.00000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.105448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>