More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4290 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4290  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  675    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.431185 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1252  transcriptional regulator, AraC family  60.91 
 
 		 336 aa  442  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2480  transcriptional regulator, AraC family  61.31 
 
 		 336 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6523  AraC family transcriptional regulator  49.39 
 
 		 329 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.317039 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5669  AraC family transcriptional regulator  49.08 
 
 		 329 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6033  AraC family transcriptional regulator  49.08 
 
 		 329 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.695454 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4068  transcriptional regulator, AraC family  46.08 
 
 		 355 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.103563  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3219  AraC family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 364 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4941  AraC family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 364 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05257  hypothetical protein  41.32 
 
 		 332 aa  281  1e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3194  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 330 aa  262  6.999999999999999e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857429  hitchhiker  0.00472645 
 
 
-
 
NC_003296  RS03889  transcription regulator protein  33.02 
 
 		 339 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.627641 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1439  AraC family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 340 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0030  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 341 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0645159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0042  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 344 aa  143  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 343 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 337 aa  123  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4014  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000489345 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4508  AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  30.19 
 
 		 353 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177726  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3797  AraC family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000195547 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 353 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 337 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3431  AraC family transcriptional regulator  24.85 
 
 		 341 aa  109  8.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.147255  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4331  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 341 aa  108  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  30.03 
 
 		 335 aa  107  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7337  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 336 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.82009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2131  AraC family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 343 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  24.69 
 
 		 344 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 345 aa  104  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  28.34 
 
 		 337 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 334 aa  102  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24140  AraC family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 345 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.434132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2042  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.736805  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0853  transcriptional regulator, AraC family  41.61 
 
 		 198 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1389  transcriptional regulator, AraC family  23.68 
 
 		 337 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.734423  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24920  putative transcriptional regulator  27.41 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0324  helix-turn-helix, AraC type  27.73 
 
 		 330 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.556334  normal  0.399612 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2953  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 357 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0291809 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5220  transcriptional regulator, AraC family  28.13 
 
 		 330 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 358 aa  97.1  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 358 aa  97.1  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4369  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 337 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  30.22 
 
 		 343 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1230  AraC family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 350 aa  94  3e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.593917  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2629  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 382 aa  94  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.311747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 359 aa  94.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 		 362 aa  94  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 338 aa  94  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 348 aa  93.6  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 339 aa  93.6  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3935  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 337 aa  93.2  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2321  AraC family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 347 aa  92.4  9e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.197837  normal  0.0103816 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 335 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2307  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.51 
 
 		 345 aa  91.7  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394496  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1557  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0820783 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  25.89 
 
 		 348 aa  91.7  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4690  transcriptional regulator OruR  32.3 
 
 		 339 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.949427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63280  putative transcriptional regulator  29.91 
 
 		 333 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0263362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2587  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 337 aa  90.1  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2560  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 344 aa  90.1  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.480763  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5509  putative transcriptional regulator  29.91 
 
 		 333 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 352 aa  90.1  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53520  transcriptional regulator OruR  32.3 
 
 		 339 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000827107 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 347 aa  89.4  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4938  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.289741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4117  AraC family transcriptional regulator  21.63 
 
 		 341 aa  88.6  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.344929 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0616  AraC family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 344 aa  88.6  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  25.6 
 
 		 360 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0976  transcriptional regulator, AraC family  42.61 
 
 		 341 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3372  transcriptional regulator, AraC family  46.08 
 
 		 375 aa  87.8  2e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3409  AraC family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 339 aa  88.2  2e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.804556  normal  0.710727 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  32.08 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2328  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 346 aa  87  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.455244  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 		 333 aa  87  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2376  transcriptional regulator, AraC family  32.02 
 
 		 359 aa  87  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 337 aa  86.7  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5276  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 345 aa  86.7  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3303  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 338 aa  86.3  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0702064  normal  0.140943 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2075  helix-turn-helix domain-containing protein  31.33 
 
 		 348 aa  86.3  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000856929  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0084  helix-turn-helix domain-containing protein  32.53 
 
 		 354 aa  86.3  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1715  AraC family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 375 aa  85.9  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 348 aa  85.9  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4529  AraC family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 345 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.882504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3689  AraC family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 341 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2934  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 358 aa  85.1  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5783  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 366 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.737576 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5548  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893001 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 345 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 345 aa  84.3  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1690  AraC family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.282815 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1446  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 		 344 aa  84.3  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  30.72 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6649  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 339 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.700604  normal  0.0354217 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6019  transcriptional regulator, Fis family  30.21 
 
 		 365 aa  83.6  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  30.72 
 
 		 335 aa  83.6  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 350 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4528  helix-turn-helix domain-containing protein  40.54 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1889  AraC family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0152823  normal  0.720898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>