More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1912 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  73.23 
 
 		 436 aa  644    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2559  homoserine dehydrogenase  79.78 
 
 		 453 aa  695    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  73.84 
 
 		 436 aa  668    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  82.3 
 
 		 448 aa  741    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2025  homoserine dehydrogenase  78.98 
 
 		 438 aa  697    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  81.64 
 
 		 440 aa  728    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3206  homoserine dehydrogenase  79.78 
 
 		 453 aa  697    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1912  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 452 aa  900    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  83.41 
 
 		 447 aa  744    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  73.67 
 
 		 436 aa  648    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  75.17 
 
 		 436 aa  671    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2663  homoserine dehydrogenase  79.34 
 
 		 444 aa  687    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  82.64 
 
 		 444 aa  736    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  78.95 
 
 		 449 aa  705    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  70.07 
 
 		 435 aa  622  1e-177  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  67.84 
 
 		 442 aa  620  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1263  homoserine dehydrogenase  71.59 
 
 		 439 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.692056 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  67.62 
 
 		 442 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  67.62 
 
 		 442 aa  618  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  68.94 
 
 		 443 aa  619  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1202  homoserine dehydrogenase  71.59 
 
 		 439 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0498363 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  68.06 
 
 		 443 aa  614  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  68.06 
 
 		 443 aa  614  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  68.28 
 
 		 442 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  67.4 
 
 		 442 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  67.7 
 
 		 439 aa  608  1e-173  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5155  homoserine dehydrogenase  68.06 
 
 		 442 aa  607  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.350686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  70.51 
 
 		 436 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  67.4 
 
 		 442 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1541  homoserine dehydrogenase  70.8 
 
 		 438 aa  592  1e-168  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1327  homoserine dehydrogenase  69.82 
 
 		 439 aa  593  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.818962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2232  homoserine dehydrogenase  68.5 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1385  homoserine dehydrogenase  68.5 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1147  homoserine dehydrogenase  68.5 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0258107  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2396  homoserine dehydrogenase  68.5 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2198  homoserine dehydrogenase  68.28 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000198219  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1875  homoserine dehydrogenase  68.5 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0022  homoserine dehydrogenase  68.5 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7536  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2270  homoserine dehydrogenase  68.5 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.606772  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  65.93 
 
 		 437 aa  585  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  65.93 
 
 		 437 aa  585  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  59.42 
 
 		 434 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  59.39 
 
 		 434 aa  536  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1470  homoserine dehydrogenase  59.21 
 
 		 434 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.219263 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4251  homoserine dehydrogenase  59.21 
 
 		 434 aa  531  1e-150  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1075  homoserine dehydrogenase  59.43 
 
 		 434 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.23224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  59.17 
 
 		 434 aa  533  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  59.2 
 
 		 434 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1290  homoserine dehydrogenase  58.76 
 
 		 463 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555525  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0843  homoserine dehydrogenase  63.86 
 
 		 437 aa  530  1e-149  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4149  homoserine dehydrogenase  59.42 
 
 		 434 aa  528  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490184  normal  0.418936 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1439  homoserine dehydrogenase  59.87 
 
 		 436 aa  521  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0389041  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3394  homoserine dehydrogenase  61.64 
 
 		 434 aa  514  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39490  homoserine dehydrogenase  57.87 
 
 		 439 aa  494  1e-139  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.126248  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  55.53 
 
 		 433 aa  492  9.999999999999999e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0597  homoserine dehydrogenase  58.09 
 
 		 436 aa  490  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  59.2 
 
 		 437 aa  486  1e-136  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  55.95 
 
 		 440 aa  485  1e-136  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2454  homoserine dehydrogenase  59.29 
 
 		 436 aa  482  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.38424  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0473  homoserine dehydrogenase  55.53 
 
 		 436 aa  483  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0633  Homoserine dehydrogenase  55.31 
 
 		 440 aa  482  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1822  homoserine dehydrogenase  56.04 
 
 		 437 aa  471  1.0000000000000001e-131  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  54.27 
 
 		 433 aa  465  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  52.55 
 
 		 436 aa  463  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2035  Homoserine dehydrogenase  55.68 
 
 		 452 aa  449  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2010  homoserine dehydrogenase  51.99 
 
 		 445 aa  447  1.0000000000000001e-124  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000414031  normal  0.35034 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1393  Homoserine dehydrogenase  52.53 
 
 		 449 aa  443  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1209  homoserine dehydrogenase  53.15 
 
 		 450 aa  444  1e-123  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0141244  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0253  homoserine dehydrogenase  53.07 
 
 		 448 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000322184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0279  homoserine dehydrogenase  52.63 
 
 		 448 aa  439  9.999999999999999e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00103779  normal  0.156224 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  48.57 
 
 		 438 aa  413  1e-114  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  45.58 
 
 		 440 aa  402  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  45.01 
 
 		 436 aa  386  1e-106  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  45.49 
 
 		 439 aa  387  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1214  homoserine dehydrogenase  43.9 
 
 		 439 aa  375  1e-103  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.610813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  42.89 
 
 		 436 aa  372  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0011  homoserine dehydrogenase  54.23 
 
 		 466 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  43.78 
 
 		 438 aa  366  1e-100  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  41.15 
 
 		 436 aa  360  3e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  42.16 
 
 		 436 aa  360  4e-98  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1294  homoserine dehydrogenase  42.04 
 
 		 438 aa  359  4e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333989  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  41.37 
 
 		 436 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  42.26 
 
 		 436 aa  357  2.9999999999999997e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2504  homoserine dehydrogenase  44.47 
 
 		 437 aa  348  9e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.240754 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0882  homoserine dehydrogenase  43.54 
 
 		 427 aa  344  2e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00444587  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1165  homoserine dehydrogenase  41.48 
 
 		 430 aa  339  5.9999999999999996e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00607285  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2251  Homoserine dehydrogenase  43.62 
 
 		 437 aa  338  9.999999999999999e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1413  Homoserine dehydrogenase  41.59 
 
 		 427 aa  337  3.9999999999999995e-91  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1298  homoserine dehydrogenase  45.54 
 
 		 429 aa  336  5.999999999999999e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.220896  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  43.62 
 
 		 423 aa  330  3e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2235  homoserine dehydrogenase  42.92 
 
 		 441 aa  328  1.0000000000000001e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.070475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2410  homoserine dehydrogenase  42.04 
 
 		 430 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.615883  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1319  homoserine dehydrogenase  41.07 
 
 		 432 aa  327  3e-88  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2479  homoserine dehydrogenase  39.87 
 
 		 431 aa  326  5e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2173  homoserine dehydrogenase  42.04 
 
 		 441 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.785013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0217  homoserine dehydrogenase  42.6 
 
 		 422 aa  322  9.999999999999999e-87  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0498  Homoserine dehydrogenase  41.48 
 
 		 441 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  41.24 
 
 		 428 aa  320  3e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1307  homoserine dehydrogenase  40.79 
 
 		 432 aa  319  5e-86  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.336564 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1917  homoserine dehydrogenase  41.4 
 
 		 439 aa  319  6e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>