More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3394 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1470  homoserine dehydrogenase  89.86 
 
 		 434 aa  781    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.219263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  88.02 
 
 		 434 aa  783    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  88.02 
 
 		 434 aa  775    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39490  homoserine dehydrogenase  85.94 
 
 		 439 aa  736    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.126248  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1290  homoserine dehydrogenase  87.79 
 
 		 463 aa  777    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555525  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  88.48 
 
 		 434 aa  787    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4251  homoserine dehydrogenase  89.86 
 
 		 434 aa  781    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1075  homoserine dehydrogenase  89.63 
 
 		 434 aa  780    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.23224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4149  homoserine dehydrogenase  89.17 
 
 		 434 aa  779    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490184  normal  0.418936 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  88.25 
 
 		 434 aa  785    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3394  homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 434 aa  870    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  68.59 
 
 		 433 aa  601  1.0000000000000001e-171  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  68.35 
 
 		 440 aa  594  1e-168  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1439  homoserine dehydrogenase  68.81 
 
 		 436 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0389041  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  65.75 
 
 		 435 aa  580  1e-164  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  66.06 
 
 		 437 aa  578  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  66.06 
 
 		 437 aa  578  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  64.68 
 
 		 436 aa  580  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  64.45 
 
 		 436 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  65.14 
 
 		 439 aa  574  1.0000000000000001e-162  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  65.21 
 
 		 433 aa  572  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  62.67 
 
 		 442 aa  559  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1202  homoserine dehydrogenase  65.38 
 
 		 439 aa  558  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0498363 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1263  homoserine dehydrogenase  65.6 
 
 		 439 aa  560  1e-158  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.692056 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  63.12 
 
 		 442 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  63.12 
 
 		 442 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  63.12 
 
 		 442 aa  558  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2025  homoserine dehydrogenase  63.62 
 
 		 438 aa  555  1e-157  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  62.53 
 
 		 443 aa  557  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  62.3 
 
 		 443 aa  556  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  61.96 
 
 		 447 aa  552  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  61.85 
 
 		 443 aa  551  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  61.76 
 
 		 442 aa  552  1e-156  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0597  homoserine dehydrogenase  68.05 
 
 		 436 aa  550  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  61.31 
 
 		 442 aa  549  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  62.19 
 
 		 448 aa  550  1e-155  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1912  homoserine dehydrogenase  61.64 
 
 		 452 aa  548  1e-155  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  63.22 
 
 		 436 aa  549  1e-155  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  61.49 
 
 		 444 aa  547  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0843  homoserine dehydrogenase  67.28 
 
 		 437 aa  547  1e-154  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5155  homoserine dehydrogenase  61.54 
 
 		 442 aa  545  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.350686  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  67.82 
 
 		 437 aa  547  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  61.24 
 
 		 436 aa  547  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2232  homoserine dehydrogenase  63.8 
 
 		 442 aa  544  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1327  homoserine dehydrogenase  64.92 
 
 		 439 aa  541  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.818962  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1385  homoserine dehydrogenase  63.8 
 
 		 442 aa  544  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2396  homoserine dehydrogenase  63.8 
 
 		 442 aa  544  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  60.78 
 
 		 436 aa  543  1e-153  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1875  homoserine dehydrogenase  63.8 
 
 		 442 aa  544  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2270  homoserine dehydrogenase  63.8 
 
 		 442 aa  544  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.606772  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1147  homoserine dehydrogenase  63.8 
 
 		 442 aa  544  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0258107  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0022  homoserine dehydrogenase  63.8 
 
 		 442 aa  544  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7536  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  63.76 
 
 		 436 aa  541  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2198  homoserine dehydrogenase  63.12 
 
 		 442 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000198219  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1209  homoserine dehydrogenase  64.14 
 
 		 450 aa  538  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0141244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1822  homoserine dehydrogenase  65.6 
 
 		 437 aa  538  9.999999999999999e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  60.23 
 
 		 440 aa  535  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  60.36 
 
 		 449 aa  533  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2454  homoserine dehydrogenase  65.29 
 
 		 436 aa  514  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.38424  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1393  Homoserine dehydrogenase  62.71 
 
 		 449 aa  513  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2663  homoserine dehydrogenase  60.14 
 
 		 444 aa  514  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1541  homoserine dehydrogenase  61.87 
 
 		 438 aa  510  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2559  homoserine dehydrogenase  60.18 
 
 		 453 aa  503  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3206  homoserine dehydrogenase  60.18 
 
 		 453 aa  503  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2010  homoserine dehydrogenase  58.65 
 
 		 445 aa  499  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000414031  normal  0.35034 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0253  homoserine dehydrogenase  60.63 
 
 		 448 aa  493  9.999999999999999e-139  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000322184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  56.85 
 
 		 438 aa  489  1e-137  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0279  homoserine dehydrogenase  59.96 
 
 		 448 aa  487  1e-136  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00103779  normal  0.156224 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0473  homoserine dehydrogenase  59.08 
 
 		 436 aa  486  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0633  Homoserine dehydrogenase  58.85 
 
 		 440 aa  484  1e-135  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  47.82 
 
 		 440 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  48.05 
 
 		 439 aa  398  1e-109  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0291  homoserine dehydrogenase  45.77 
 
 		 438 aa  389  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  47.13 
 
 		 436 aa  390  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2035  Homoserine dehydrogenase  51.61 
 
 		 452 aa  390  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  45.23 
 
 		 436 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1214  homoserine dehydrogenase  46.03 
 
 		 439 aa  383  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.610813  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  45 
 
 		 436 aa  381  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  46.15 
 
 		 436 aa  378  1e-103  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  44.77 
 
 		 436 aa  373  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2504  homoserine dehydrogenase  47.48 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.240754 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  45.12 
 
 		 436 aa  375  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1294  homoserine dehydrogenase  44.9 
 
 		 438 aa  373  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.333989  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2251  Homoserine dehydrogenase  44.91 
 
 		 437 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1165  homoserine dehydrogenase  45.98 
 
 		 430 aa  367  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00607285  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0011  homoserine dehydrogenase  52.72 
 
 		 466 aa  360  2e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08020  Homoserine dehydrogenase  43.65 
 
 		 428 aa  357  1.9999999999999998e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00145956  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2173  homoserine dehydrogenase  45.86 
 
 		 441 aa  356  5e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.785013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2479  homoserine dehydrogenase  43.98 
 
 		 431 aa  354  2e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1298  homoserine dehydrogenase  46.99 
 
 		 429 aa  353  2.9999999999999997e-96  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.220896  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1413  Homoserine dehydrogenase  43.15 
 
 		 427 aa  352  5.9999999999999994e-96  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0882  homoserine dehydrogenase  46.44 
 
 		 427 aa  352  1e-95  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00444587  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2410  homoserine dehydrogenase  45.39 
 
 		 430 aa  352  1e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.615883  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1307  homoserine dehydrogenase  44.71 
 
 		 432 aa  342  5.999999999999999e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.336564 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1319  homoserine dehydrogenase  42 
 
 		 432 aa  338  8e-92  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2235  homoserine dehydrogenase  42.92 
 
 		 441 aa  338  9.999999999999999e-92  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.070475 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  43.82 
 
 		 423 aa  338  9.999999999999999e-92  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2809  Homoserine dehydrogenase  42.89 
 
 		 437 aa  336  5e-91  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2311  homoserine dehydrogenase  42.79 
 
 		 418 aa  335  7.999999999999999e-91  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0888168  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2896  homoserine dehydrogenase  42.43 
 
 		 432 aa  335  1e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.000000776589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>