More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2035 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2035  Homoserine dehydrogenase  100 
 
 		 452 aa  888    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2578  homoserine dehydrogenase  55.4 
 
 		 435 aa  462  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1912  homoserine dehydrogenase  55.68 
 
 		 452 aa  463  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1966  homoserine dehydrogenase  55.79 
 
 		 436 aa  463  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000284917  normal  0.216212 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1993  homoserine dehydrogenase  55.56 
 
 		 436 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1238  homoserine dehydrogenase  56.21 
 
 		 444 aa  458  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324342 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1831  homoserine dehydrogenase  55.45 
 
 		 440 aa  455  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.902916  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2231  homoserine dehydrogenase  55.38 
 
 		 448 aa  451  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0168206  hitchhiker  0.0000403995 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0904  homoserine dehydrogenase  53.44 
 
 		 437 aa  451  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1048  homoserine dehydrogenase  53.44 
 
 		 437 aa  451  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2190  homoserine dehydrogenase  54.36 
 
 		 447 aa  445  1.0000000000000001e-124  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0858531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5219  homoserine dehydrogenase  53.57 
 
 		 449 aa  445  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.697669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2025  homoserine dehydrogenase  55.02 
 
 		 438 aa  440  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0931  homoserine dehydrogenase  53.18 
 
 		 443 aa  438  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.516098 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2386  homoserine dehydrogenase  54.59 
 
 		 436 aa  437  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1806  homoserine dehydrogenase  52.62 
 
 		 443 aa  436  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.149536  hitchhiker  0.00453238 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2559  homoserine dehydrogenase  55.43 
 
 		 453 aa  436  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2381  homoserine dehydrogenase  52.85 
 
 		 443 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0434053  normal  0.518903 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3206  homoserine dehydrogenase  55.65 
 
 		 453 aa  438  1e-121  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2663  homoserine dehydrogenase  56 
 
 		 444 aa  434  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0445  Homoserine dehydrogenase  52.52 
 
 		 436 aa  432  1e-120  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.68912  normal  0.720886 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1202  homoserine dehydrogenase  55.37 
 
 		 439 aa  433  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0498363 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1263  homoserine dehydrogenase  55.37 
 
 		 439 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.692056 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1878  homoserine dehydrogenase  52.74 
 
 		 442 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0688799  hitchhiker  0.0000168986 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6225  homoserine dehydrogenase  52.51 
 
 		 442 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1792  homoserine dehydrogenase  52.51 
 
 		 442 aa  429  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.075233  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1854  homoserine dehydrogenase  52.51 
 
 		 442 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0634592  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0438  homoserine dehydrogenase  52.29 
 
 		 436 aa  428  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1419  homoserine dehydrogenase  52.74 
 
 		 442 aa  426  1e-118  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.470223  normal  0.0359318 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5155  homoserine dehydrogenase  52.51 
 
 		 442 aa  423  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.350686  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1327  homoserine dehydrogenase  56.32 
 
 		 439 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.818962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1290  homoserine dehydrogenase  52.83 
 
 		 463 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555525  normal  0.617769 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1764  homoserine dehydrogenase  52.51 
 
 		 442 aa  421  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.336124 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1551  homoserine dehydrogenase  51.14 
 
 		 439 aa  420  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1470  homoserine dehydrogenase  52.75 
 
 		 434 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.219263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4149  homoserine dehydrogenase  52.74 
 
 		 434 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490184  normal  0.418936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1075  homoserine dehydrogenase  52.98 
 
 		 434 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.23224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4251  homoserine dehydrogenase  52.75 
 
 		 434 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1439  homoserine dehydrogenase  53.33 
 
 		 436 aa  416  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0389041  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1541  homoserine dehydrogenase  55.37 
 
 		 438 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1480  homoserine dehydrogenase  52.75 
 
 		 434 aa  412  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.270684  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1383  homoserine dehydrogenase  54.15 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00178253  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1027  homoserine dehydrogenase  52.52 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.632336 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0633  Homoserine dehydrogenase  54.17 
 
 		 440 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2198  homoserine dehydrogenase  52.37 
 
 		 442 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000000198219  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0473  homoserine dehydrogenase  54.17 
 
 		 436 aa  406  1.0000000000000001e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.243911  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16070  homoserine dehydrogenase  53.55 
 
 		 434 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2274  homoserine dehydrogenase  50.34 
 
 		 433 aa  405  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0022  homoserine dehydrogenase  52.13 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.7536  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1385  homoserine dehydrogenase  52.13 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2396  homoserine dehydrogenase  52.13 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2270  homoserine dehydrogenase  52.13 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.606772  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1875  homoserine dehydrogenase  52.13 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1147  homoserine dehydrogenase  52.13 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0258107  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2232  homoserine dehydrogenase  52.13 
 
 		 442 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0843  homoserine dehydrogenase  52.9 
 
 		 437 aa  402  9.999999999999999e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0011  homoserine dehydrogenase  58 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39490  homoserine dehydrogenase  52.29 
 
 		 439 aa  394  1e-108  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.126248  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3010  homoserine dehydrogenase  50 
 
 		 440 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.448241  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0125  homoserine dehydrogenase  48.74 
 
 		 436 aa  391  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3765  homoserine dehydrogenase  47.82 
 
 		 433 aa  385  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000524334  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0597  homoserine dehydrogenase  50.24 
 
 		 436 aa  382  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1822  homoserine dehydrogenase  49.08 
 
 		 437 aa  383  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1281  Homoserine dehydrogenase  51.62 
 
 		 437 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1251  homoserine dehydrogenase  45.54 
 
 		 438 aa  369  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000453737  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3394  homoserine dehydrogenase  51.61 
 
 		 434 aa  365  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2454  homoserine dehydrogenase  50.36 
 
 		 436 aa  366  1e-100  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.38424  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1393  Homoserine dehydrogenase  48.79 
 
 		 449 aa  357  2.9999999999999997e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1209  homoserine dehydrogenase  47.47 
 
 		 450 aa  357  2.9999999999999997e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0141244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0012  homoserine dehydrogenase  56.45 
 
 		 472 aa  335  9e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.728091  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4155  homoserine dehydrogenase  56.69 
 
 		 471 aa  333  3e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2010  homoserine dehydrogenase  42.92 
 
 		 445 aa  331  2e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000414031  normal  0.35034 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0253  homoserine dehydrogenase  42.76 
 
 		 448 aa  325  1e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000322184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1629  homoserine dehydrogenase  39.49 
 
 		 436 aa  324  2e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000170153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0279  homoserine dehydrogenase  42.54 
 
 		 448 aa  323  3e-87  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00103779  normal  0.156224 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3019  homoserine dehydrogenase  38.43 
 
 		 436 aa  323  3e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.196677  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1231  homoserine dehydrogenase  38.19 
 
 		 436 aa  322  7e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000207213 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2178  homoserine dehydrogenase  38.43 
 
 		 436 aa  318  1e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000677281  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1756  homoserine dehydrogenase  42.69 
 
 		 439 aa  317  3e-85  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  0.145723 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2504  homoserine dehydrogenase  46.45 
 
 		 437 aa  316  5e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.240754 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0882  homoserine dehydrogenase  43.4 
 
 		 427 aa  313  4.999999999999999e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00444587  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1451  homoserine dehydrogenase  39.71 
 
 		 436 aa  312  9e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0294426  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2410  homoserine dehydrogenase  45.99 
 
 		 430 aa  310  2e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.615883  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1218  homoserine dehydrogenase  41.89 
 
 		 440 aa  310  4e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0380399  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1307  homoserine dehydrogenase  42.62 
 
 		 432 aa  307  2.0000000000000002e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.336564 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1298  homoserine dehydrogenase  46.43 
 
 		 429 aa  306  3e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.220896  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0169  Homoserine dehydrogenase  40.97 
 
 		 423 aa  306  6e-82  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1693  homoserine dehydrogenase  37.96 
 
 		 436 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.240016  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2479  homoserine dehydrogenase  39.67 
 
 		 431 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1165  homoserine dehydrogenase  39.67 
 
 		 430 aa  301  1e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00607285  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1453  homoserine dehydrogenase  40.55 
 
 		 440 aa  301  2e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0771081  hitchhiker  0.000482851 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5527  homoserine dehydrogenase  38.41 
 
 		 431 aa  300  5e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000793551  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5333  homoserine dehydrogenase  41.13 
 
 		 433 aa  298  9e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.767379 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5085  homoserine dehydrogenase  38.41 
 
 		 431 aa  298  2e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  5.2100400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5583  homoserine dehydrogenase  38.41 
 
 		 431 aa  298  2e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000640216  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5102  homoserine dehydrogenase  38.41 
 
 		 431 aa  298  2e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000707166  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5499  homoserine dehydrogenase  38.41 
 
 		 431 aa  298  2e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5424  homoserine dehydrogenase  38.41 
 
 		 431 aa  298  2e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000131311  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5256  homoserine dehydrogenase  45.77 
 
 		 417 aa  296  6e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5654  homoserine dehydrogenase  45.77 
 
 		 417 aa  296  6e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>