72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1278 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1278  phage integrase  100 
 
 		 677 aa  1363    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1702  Phage integrase  29.75 
 
 		 660 aa  252  2e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3807  phage integrase  24.41 
 
 		 346 aa  80.9  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0944  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  23.04 
 
 		 720 aa  78.6  0.0000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3808  hypothetical protein  23.89 
 
 		 325 aa  77  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1597  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  24.09 
 
 		 739 aa  63.2  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1386  lipopolysaccharide biosynthesis  22.12 
 
 		 734 aa  62.4  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0284  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.23 
 
 		 642 aa  56.6  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.49921  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  29.38 
 
 		 275 aa  56.2  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  30.46 
 
 		 295 aa  55.5  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0285  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.71 
 
 		 643 aa  55.1  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5043  integrase family protein  27.56 
 
 		 160 aa  53.5  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1347  tyrosine recombinase XerD  29.67 
 
 		 306 aa  52.4  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.816733  normal  0.74121 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2183  lipopolysaccharide biosynthesis  19.78 
 
 		 745 aa  52.4  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.903272  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.98 
 
 		 295 aa  51.6  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0431  phage integrase  32.67 
 
 		 291 aa  51.2  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.173073 
 
 
-
 
NC_008696  Tpen_1891  phage integrase family protein  31.21 
 
 		 278 aa  50.1  0.0001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0772  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 324 aa  50.1  0.0001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1412  integrase family protein  23.58 
 
 		 323 aa  50.1  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.157207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4846  lipopolysaccharide biosynthesis  22.76 
 
 		 742 aa  50.1  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0566173  normal  0.0374732 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  29.59 
 
 		 315 aa  50.1  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.44 
 
 		 320 aa  49.3  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  28.76 
 
 		 295 aa  49.7  0.0002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0684  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 324 aa  48.9  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.631001  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  28.57 
 
 		 310 aa  48.5  0.0004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  19.57 
 
 		 487 aa  48.5  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22220  lipopolysaccharide biosynthesis protein  19.47 
 
 		 474 aa  48.5  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  30.25 
 
 		 381 aa  48.1  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1431  phage integrase  31.21 
 
 		 309 aa  48.1  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.145363  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  30.57 
 
 		 292 aa  47.8  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  20.48 
 
 		 295 aa  47.4  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0142  integrase family protein  28.46 
 
 		 292 aa  47.4  0.0009  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  27.17 
 
 		 387 aa  47.4  0.0009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0492  phage integrase family site specific recombinase  27.61 
 
 		 294 aa  47.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0248661  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  25.15 
 
 		 372 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2684  lipopolysaccharide biosynthesis  24.66 
 
 		 742 aa  47  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0586325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1385  hypothetical protein  23.08 
 
 		 756 aa  47.4  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444045  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1413  capsular exopolysaccharide family  26.75 
 
 		 735 aa  46.6  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.44637  normal  0.40956 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  19.17 
 
 		 779 aa  46.2  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.51 
 
 		 298 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  30.41 
 
 		 304 aa  46.6  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0927  tyrosine recombinase XerD  26.92 
 
 		 304 aa  45.8  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1073  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.51 
 
 		 298 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.344511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  18.46 
 
 		 730 aa  45.8  0.002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.51 
 
 		 298 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1114  phage integrase family protein  32.28 
 
 		 637 aa  46.2  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  24.4 
 
 		 298 aa  45.4  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3844  lipopolysaccharide biosynthesis  28.57 
 
 		 740 aa  45.4  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2834  integrase family protein  30.95 
 
 		 314 aa  45.8  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.061361  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3191  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.06 
 
 		 477 aa  45.4  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  26.95 
 
 		 290 aa  45.4  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  24.34 
 
 		 313 aa  45.8  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.78 
 
 		 299 aa  45.1  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  27.2 
 
 		 317 aa  45.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  25 
 
 		 367 aa  44.7  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4210  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.48 
 
 		 548 aa  44.7  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3321  lipopolysaccharide biosynthesis  20.62 
 
 		 772 aa  44.7  0.005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.134805 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.3 
 
 		 298 aa  44.7  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4806  phage integrase  27.75 
 
 		 291 aa  44.7  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.92941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02665  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.29 
 
 		 336 aa  44.7  0.006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  20.85 
 
 		 296 aa  44.3  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1639  integrase family protein  21.6 
 
 		 301 aa  44.3  0.008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0514216  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1008  lipopolysaccharide biosynthesis  25.34 
 
 		 687 aa  43.9  0.009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.597439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.17 
 
 		 303 aa  44.3  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.17 
 
 		 303 aa  44.3  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.85 
 
 		 301 aa  43.9  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  25.48 
 
 		 284 aa  43.9  0.009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.17 
 
 		 303 aa  44.3  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3012  tyrosine recombinase XerD subunit  31.71 
 
 		 295 aa  43.9  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.146868  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1670  non-specific protein-tyrosine kinase  22.12 
 
 		 790 aa  43.9  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00511169  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4164  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.97 
 
 		 311 aa  43.9  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1478  integrase/recombinase XerD  27.74 
 
 		 298 aa  43.9  0.01  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0755097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>