187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0960 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0960  major facilitator transporter  100 
 
 		 381 aa  748    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0816  major facilitator transporter  44.09 
 
 		 450 aa  300  4e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.678777  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2641  major facilitator transporter  42.15 
 
 		 396 aa  290  4e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.990355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4736  major facilitator transporter  34.77 
 
 		 393 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.601804 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3076  major facilitator transporter  34.38 
 
 		 401 aa  189  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.297998 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2488  major facilitator superfamily transporter  35.56 
 
 		 395 aa  189  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0416147 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1372  major facilitator superfamily MFS_1  35.83 
 
 		 395 aa  189  7e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2167  major facilitator transporter  34.94 
 
 		 403 aa  187  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.215044  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3303  major facilitator superfamily transporter  35.38 
 
 		 414 aa  181  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.176544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2071  major facilitator superfamily transporter  35.5 
 
 		 368 aa  176  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00490774 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1776  major facilitator superfamily MFS_1  35.04 
 
 		 387 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1515  putative inner membrane efflux protein  34.55 
 
 		 401 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.158169 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0104  major facilitator superfamily MFS_1  28.37 
 
 		 391 aa  79  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1989  major facilitator transporter  28.42 
 
 		 392 aa  71.6  0.00000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.143925  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2048  major facilitator superfamily transporter  25.68 
 
 		 366 aa  70.9  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.424567  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0775  major facilitator superfamily MFS_1  23.5 
 
 		 385 aa  68.9  0.0000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0960  major facilitator superfamily MFS_1  24.83 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.272153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0840  major facilitator superfamily MFS_1  25.18 
 
 		 413 aa  63.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2983  major facilitator superfamily MFS_1  24.72 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1455  major facilitator transporter  26.38 
 
 		 404 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0640  multidrug resistance protein  22.19 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0674  multidrug resistance protein  22.19 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00116506  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1716  major facilitator transporter  24.81 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.354748  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0729  putative multidrug resistance protein  22.19 
 
 		 392 aa  57.4  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.97646e-50 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3626  major facilitator superfamily MFS_1  25.71 
 
 		 414 aa  57  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2556  amino acid/peptide transporter  32.89 
 
 		 484 aa  57  0.0000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.109155  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0741  multidrug resistance protein, putative  21.89 
 
 		 390 aa  55.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0188639  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0584  multidrug ABC transporter  21.89 
 
 		 390 aa  55.8  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0583  multidrug ABC transporter  21.89 
 
 		 390 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1478  major facilitator superfamily MFS_1  24.47 
 
 		 399 aa  55.5  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.311538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3462  major facilitator transporter  22.52 
 
 		 412 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0107746 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0801  putative multidrug resistance protein  21.89 
 
 		 390 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000590572  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0995  major facilitator superfamily MFS_1  26.59 
 
 		 394 aa  54.7  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0113  major facilitator superfamily permease  23.24 
 
 		 387 aa  53.9  0.000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000201698  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0717  multidrug resistance protein  27.21 
 
 		 408 aa  53.1  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.29522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3032  major facilitator transporter  23.21 
 
 		 428 aa  52.8  0.000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2776  major facilitator superfamily MFS_1  23.49 
 
 		 406 aa  52.8  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00570116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2528  major facilitator superfamily MFS_1  24.32 
 
 		 417 aa  52.4  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.387633  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0588  major facilitator transporter  21.89 
 
 		 384 aa  52.8  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0912003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0657  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  27.9 
 
 		 398 aa  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2468  putative transport protein  23.01 
 
 		 390 aa  51.6  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4340  major facilitator transporter  29.17 
 
 		 480 aa  51.6  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.199167  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0894  major facilitator superfamily MFS_1  24.02 
 
 		 403 aa  51.2  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0209  major facilitator superfamily MFS_1  28.7 
 
 		 452 aa  51.2  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3078  major facilitator superfamily MFS_1  25.08 
 
 		 457 aa  50.8  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.493541  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4260  major facilitator superfamily MFS_1  27.18 
 
 		 429 aa  50.4  0.00005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3798  major facilitator transporter  33.33 
 
 		 452 aa  50.4  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.120406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0353  quinolone resistance protein NorA  22.87 
 
 		 387 aa  50.1  0.00006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.390077  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4118  major facilitator transporter  23.01 
 
 		 416 aa  50.1  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0207731  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0169  major facilitator superfamily permease  23.01 
 
 		 411 aa  50.1  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3792  amino acid/peptide transporter  27.33 
 
 		 482 aa  50.1  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0641583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2247  major facilitator transporter  26.95 
 
 		 399 aa  49.7  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.224163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4819  major facilitator superfamily MFS_1  29.86 
 
 		 489 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1943  major facilitator family transporter  24.9 
 
 		 404 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5283  major facilitator transporter  32.56 
 
 		 452 aa  49.3  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.595477  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1722  major facilitator family transporter  24.9 
 
 		 404 aa  48.9  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.636951  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1674  multidrug resistance protein B  24.9 
 
 		 404 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2570  hypothetical protein  23.81 
 
 		 410 aa  48.9  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2424  hypothetical protein  23.81 
 
 		 410 aa  48.9  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1858  major facilitator family transporter  24.9 
 
 		 404 aa  48.9  0.0001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.817955  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3049  major facilitator superfamily transporter  24.67 
 
 		 412 aa  49.3  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.128877  normal  0.0226422 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0422  major facilitator transporter  28.22 
 
 		 397 aa  48.9  0.0001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.186179  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0852  major facilitator transporter  23.53 
 
 		 410 aa  49.3  0.0001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.133449 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1262  major facilitator transporter  25.85 
 
 		 421 aa  49.3  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0631224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4472  major facilitator transporter  31.01 
 
 		 452 aa  48.1  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0753  drug resistance transporter, Bcr/CflA family protein  28.68 
 
 		 398 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.363927  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2032  multidrug-efflux transporter quinolene resistance protein NorA  24.22 
 
 		 396 aa  48.5  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5108  major facilitator transporter  31.01 
 
 		 452 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3029  major facilitator transporter  24.09 
 
 		 376 aa  48.1  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000550731  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0266  tetracycline resistance protein  31.03 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.968173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5022  major facilitator transporter  31.01 
 
 		 452 aa  48.1  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5751  major facilitator transporter  31.01 
 
 		 452 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.126582 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1974  major facilitator family transporter  25 
 
 		 404 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2746  amino acid/peptide transporter  28.67 
 
 		 482 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.210246  normal  0.74954 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0095  major facilitator superfamily MFS_1  23.19 
 
 		 395 aa  48.5  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1862  major facilitator transporter  27.08 
 
 		 440 aa  48.9  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144262  normal  0.586915 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3483  major facilitator family transporter  23.65 
 
 		 404 aa  48.5  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1882  major facilitator transporter  24.52 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.123167  hitchhiker  0.000918142 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0739  major facilitator superfamily MFS_1  32.06 
 
 		 504 aa  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.184033  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0861  major facilitator superfamily MFS_1  25.78 
 
 		 404 aa  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.152258  normal  0.126341 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1006  major facilitator superfamily MFS_1  23.64 
 
 		 407 aa  47.8  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1560  Bcr/CflA subfamily drug resistance transporter  29.87 
 
 		 401 aa  47.8  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5021  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.46 
 
 		 478 aa  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796578 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01049  predicted drug efflux system  22.39 
 
 		 408 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.256191  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2593  major facilitator superfamily MFS_1  22.39 
 
 		 408 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.288035  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1896  major facilitator family transporter  24.9 
 
 		 404 aa  47.8  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01057  hypothetical protein  22.39 
 
 		 408 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.276646  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2117  major facilitator superfamily MFS_1  29.73 
 
 		 391 aa  47.4  0.0004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000191868  normal  0.363164 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2547  drug efflux system protein MdtG  22.39 
 
 		 408 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0112458  normal  0.379099 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3163  major facilitator transporter  31.01 
 
 		 452 aa  47.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2077  drug efflux system protein MdtG  22.39 
 
 		 408 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.894184 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4632  bicyclomycin resistance protein  21.76 
 
 		 384 aa  47.4  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000966537  hitchhiker  0.00000000000000156092 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0704  bicyclomycin resistance protein  21.76 
 
 		 384 aa  47.4  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0412703  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1175  drug efflux system protein MdtG  22.31 
 
 		 409 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.504278  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1174  drug efflux system protein MdtG  22.39 
 
 		 408 aa  47.4  0.0004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.571838  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1699  multidrug resistance protein B  24.48 
 
 		 404 aa  47.4  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02690  4-hydroxybenzoate transporter PcaK  36.78 
 
 		 458 aa  47  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1859  major facilitator family transporter  24.48 
 
 		 404 aa  47  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.757692  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0925  major facilitator superfamily MFS_1  30.1 
 
 		 445 aa  47  0.0006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0793679  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02580  arabinose efflux permease family protein  29.65 
 
 		 476 aa  47  0.0006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>