More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2029 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2029  short chain dehydrogenase  100 
 
 
259 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0740  short chain dehydrogenase  97.68 
 
 
259 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4577  short chain dehydrogenase  78.68 
 
 
259 aa  404  1.0000000000000001e-112  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.795837 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.64 
 
 
259 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.64 
 
 
259 aa  367  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.787894 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0279  short chain dehydrogenase  70.98 
 
 
259 aa  365  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946845  normal  0.64471 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4368  short chain dehydrogenase  70.54 
 
 
259 aa  360  9e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.494566  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3998  short chain dehydrogenase  70.54 
 
 
259 aa  360  9e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.219529  normal  0.855518 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0368  short chain dehydrogenase  75.97 
 
 
259 aa  358  7e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6404  short chain dehydrogenase  73.23 
 
 
259 aa  349  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.327689 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3525  short chain dehydrogenase  70.54 
 
 
259 aa  347  1e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5172  short chain dehydrogenase  68.22 
 
 
259 aa  334  7e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.144134  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4387  short chain dehydrogenase  66.02 
 
 
260 aa  315  6e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3349  short chain dehydrogenase  63.85 
 
 
260 aa  315  6e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0350  short chain dehydrogenase  64.86 
 
 
260 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0339  short chain dehydrogenase  64.64 
 
 
263 aa  312  2.9999999999999996e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6983  short chain dehydrogenase  57.87 
 
 
261 aa  274  9e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.129744  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0878  short chain dehydrogenase  52.17 
 
 
261 aa  266  2e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.787197  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.97 
 
 
262 aa  259  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.845671  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  51.18 
 
 
264 aa  248  6e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3849  short chain dehydrogenase  50 
 
 
260 aa  246  4e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2733  short chain dehydrogenase  54.51 
 
 
262 aa  245  4.9999999999999997e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.126682  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
264 aa  239  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4318  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
264 aa  218  5e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.319531  normal  0.0832513 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4622  short chain dehydrogenase  53.88 
 
 
258 aa  209  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.73 
 
 
176 aa  190  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5339  short chain dehydrogenase  43.41 
 
 
264 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146559  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5428  short chain dehydrogenase  43.41 
 
 
264 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.819965  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5718  short chain dehydrogenase  43.02 
 
 
264 aa  172  5e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5918  short chain dehydrogenase  41.96 
 
 
264 aa  169  5e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0943  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 
264 aa  167  1e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3622  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
262 aa  156  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.154401  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2190  short chain dehydrogenase  40.87 
 
 
258 aa  152  5.9999999999999996e-36  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
261 aa  146  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 
262 aa  145  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3004  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
268 aa  139  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1531  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.64 
 
 
268 aa  135  8e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4239  short chain dehydrogenase  35.98 
 
 
268 aa  134  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0369625 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
263 aa  134  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.288132 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16490  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
255 aa  125  8.000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.104801  normal  0.849017 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.1 
 
 
248 aa  124  1e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31260  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  33.95 
 
 
266 aa  122  4e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.974628  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.88 
 
 
261 aa  122  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2611  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
262 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0252898  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4328  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
294 aa  120  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0610  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.69 
 
 
268 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2001  putative short-chain alcohol dehydrogenase  36.84 
 
 
262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.354016 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
267 aa  119  3.9999999999999996e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00177695  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3588  hypothetical protein  32.57 
 
 
254 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00208776  normal  0.410255 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  33.46 
 
 
261 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
261 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4180  putative oxidoreductase  34.24 
 
 
260 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.66264  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02326  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02287  hypothetical protein  32.56 
 
 
263 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.08 
 
 
246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1535  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.71 
 
 
261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0579067  normal  0.028281 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1857  glucose 1-dehydrogenase, putative  32.71 
 
 
261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.637675  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.17 
 
 
263 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  32.17 
 
 
263 aa  113  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.2 
 
 
256 aa  113  3e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00849421 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1253  short chain dehydrogenase  32.17 
 
 
263 aa  113  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  32.17 
 
 
263 aa  113  3e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2798  short chain dehydrogenase  32.17 
 
 
263 aa  113  3e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  32.17 
 
 
263 aa  113  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2590  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4563  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.5 
 
 
250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.332785  normal  0.123242 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.74 
 
 
262 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2852  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
256 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2639  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2811  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0497  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
245 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2705  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.856225  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2681  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.08 
 
 
251 aa  112  5e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.7 
 
 
256 aa  112  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
263 aa  112  5e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 
262 aa  112  5e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
256 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.0058487  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
246 aa  112  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.86578  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1400  short chain dehydrogenase  31.4 
 
 
264 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.473326  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
260 aa  112  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.628756 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
265 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.60133 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02908  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.78 
 
 
245 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.32 
 
 
262 aa  111  9e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.33 
 
 
277 aa  111  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1545  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00435006  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1131  acetoacetyl-CoA reductase  34.35 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.735079  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0839  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.544381  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2412  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  30.95 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1699  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  30.95 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0105879 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.95 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2582  short chain dehydrogenase  35.64 
 
 
269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1799  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.45 
 
 
261 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6325  putative short-chain dehydrogenase  36.03 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.27 
 
 
260 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2992  short chain dehydrogenase  35.61 
 
 
269 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>