213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0940 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0940  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  100 
 
 
335 aa  667    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2599  ABC transporter, periplasmic substrate binding protein  98.81 
 
 
335 aa  662    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2975  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  91.96 
 
 
336 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.459543  normal  0.113322 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1941  NMT1/THI5 family protein  75.91 
 
 
337 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000780337 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3755  NMT1/THI5-like domain-containing protein  56.35 
 
 
335 aa  366  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1097  NMT1/THI5-like domain-containing protein  42.12 
 
 
362 aa  245  9e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.93236 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0392  twin-arginine translocation pathway signal  42.94 
 
 
352 aa  237  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00263227 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1093  twin-arginine translocation pathway signal  41.48 
 
 
346 aa  231  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1395  NMT1/THI5 like domain-containing protein  40.45 
 
 
339 aa  229  5e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.311199 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1138  NMT1/THI5-like domain-containing protein  39.94 
 
 
345 aa  219  3.9999999999999997e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.847412  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3737  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  36.54 
 
 
353 aa  219  7e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0457967  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3959  NMT1/THI5 like domain protein  39.24 
 
 
344 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2680  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  37.54 
 
 
353 aa  210  3e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0955  hypothetical protein  37.13 
 
 
349 aa  208  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2129  hypothetical protein  37.82 
 
 
341 aa  203  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.243208 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3607  NMT1/THI5-like domain-containing protein  33.12 
 
 
351 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1136  NMT1/THI5-like domain-containing protein  34.95 
 
 
351 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3969  NMT1/THI5 like domain protein  32.81 
 
 
346 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0791999  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1084  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  31.71 
 
 
340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  34.03 
 
 
338 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.62 
 
 
331 aa  126  6e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3120  twin-arginine translocation pathway signal  29.21 
 
 
340 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.41 
 
 
344 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 
1238 aa  103  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.91 
 
 
1075 aa  98.6  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2349  NMT1/THI5 like domain protein  29.18 
 
 
333 aa  98.6  1e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.54 
 
 
342 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  28.99 
 
 
335 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3110  twin-arginine translocation pathway signal  29.96 
 
 
346 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.995497  normal  0.585688 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  26.27 
 
 
339 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  30.77 
 
 
778 aa  95.9  9e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4102  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.63 
 
 
336 aa  95.9  9e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000394257 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  28.06 
 
 
326 aa  95.9  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.24 
 
 
915 aa  94  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  28.63 
 
 
686 aa  93.6  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6283  NMT1/THI5 like domain protein  27.89 
 
 
381 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.101312  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2085  hydroxymethylpyrimidine-binding protein  27.4 
 
 
328 aa  92.4  9e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  25.82 
 
 
329 aa  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  25.34 
 
 
375 aa  90.9  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4595  NMT1/THI5 like domain protein  28.37 
 
 
323 aa  90.5  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.22 
 
 
345 aa  90.1  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  24.15 
 
 
360 aa  88.6  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0619  putative sulfonate/nitrate transport system substrate-binding protein  25.21 
 
 
336 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.1 
 
 
342 aa  86.7  6e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.72 
 
 
331 aa  85.5  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.71 
 
 
330 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  26.75 
 
 
336 aa  83.6  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  25.52 
 
 
674 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2388  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.69 
 
 
348 aa  77.8  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.69 
 
 
332 aa  77.4  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  25.27 
 
 
342 aa  77  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2573  NMT1/THI5 like domain protein  26.61 
 
 
385 aa  76.6  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.946083 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  25.3 
 
 
323 aa  76.3  0.0000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3755  twin-arginine translocation pathway signal  29.22 
 
 
344 aa  75.9  0.0000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.698144  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.8 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3812  NMT1/THI5 like domain protein  31.25 
 
 
365 aa  75.1  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2733  NMT1/THI5 like domain protein  28.15 
 
 
349 aa  75.1  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.546218  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  26.92 
 
 
331 aa  73.9  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3143  perplasmic binding protein of ABC transporter  27.3 
 
 
351 aa  73.6  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.786011  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  25.32 
 
 
593 aa  73.2  0.000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5692  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.78 
 
 
360 aa  72.4  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2117  putative sulfonate transport system substrate-binding protein  25.28 
 
 
342 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1642  NMT1/THI5 like domain protein  27.78 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.377547  normal  0.604576 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0644  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.39 
 
 
333 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  22.82 
 
 
324 aa  71.2  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2762  membrane lipoprotein lipid attachment site  24.62 
 
 
347 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  26.24 
 
 
357 aa  70.9  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  23.68 
 
 
348 aa  70.9  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0615  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.08 
 
 
333 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4526  NMT1/THI5-like domain-containing protein  28.92 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.600337  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  24.29 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4546  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.16 
 
 
333 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0574771  normal  0.650232 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0798  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  27.16 
 
 
333 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0882  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.5 
 
 
333 aa  69.7  0.00000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00238227  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0638  ABC transporter, substrate-binding protein  27.16 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  23.36 
 
 
775 aa  69.3  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0805  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.16 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.5096200000000002e-46 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0785  putative ABC transporter, substrate-binding protein  27.16 
 
 
333 aa  69.3  0.00000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.299641  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0638  ABC transporter, substrate-binding protein  27.16 
 
 
333 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0694  ABC transporter substrate-binding protein  27.16 
 
 
333 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6053  NMT1/THI5 like domain protein  26.03 
 
 
323 aa  67.8  0.0000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.184042  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0728  ABC transporter substrate-binding protein  27.16 
 
 
333 aa  67.8  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.245129  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2098  NMT1/THI5 like domain protein  25.61 
 
 
359 aa  67.4  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  24.2 
 
 
323 aa  67.8  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  23.62 
 
 
323 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24150  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system, periplasmic component  24.55 
 
 
382 aa  67.4  0.0000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481096  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0179  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  24.81 
 
 
326 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1812  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  24.81 
 
 
326 aa  66.6  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.661868  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  26.09 
 
 
343 aa  66.2  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  28.18 
 
 
365 aa  66.2  0.0000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4359  twin-arginine translocation pathway signal  26.46 
 
 
331 aa  66.2  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  25.55 
 
 
354 aa  65.5  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0666  NMT1/THI5 like domain protein  28.68 
 
 
359 aa  65.5  0.000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1152  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.41 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4269  NMT1/THI5-like domain-containing protein  27.04 
 
 
341 aa  65.1  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.933987  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  22.83 
 
 
821 aa  63.9  0.000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1358  NMT1/THI5 like domain protein  24.82 
 
 
330 aa  64.3  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.502461  normal  0.023119 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1075  NMT1/THI5 like domain-containing protein  24.57 
 
 
325 aa  64.3  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.469481 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1437  NMT1/THI5 like domain protein  26.77 
 
 
378 aa  64.3  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.608485 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7652  ABC nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, inner membrane subunit  23.44 
 
 
332 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422947  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>