More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3098 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  75.1 
 
 
483 aa  719    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  83.13 
 
 
487 aa  798    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  71 
 
 
483 aa  635    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
487 aa  981    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  69.1 
 
 
481 aa  651    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  56.64 
 
 
478 aa  498  1e-140  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.41 
 
 
500 aa  496  1e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.48 
 
 
486 aa  488  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.61 
 
 
474 aa  473  1e-132  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.53 
 
 
475 aa  467  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.46 
 
 
478 aa  455  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  50.92 
 
 
483 aa  456  1e-127  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.38 
 
 
475 aa  458  1e-127  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  56.4 
 
 
486 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.21 
 
 
482 aa  450  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  56.2 
 
 
486 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  56.2 
 
 
486 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.79 
 
 
497 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.79 
 
 
486 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.8 
 
 
505 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.79 
 
 
534 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.42 
 
 
499 aa  445  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.9 
 
 
483 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.79 
 
 
486 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.45 
 
 
500 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.5 
 
 
518 aa  436  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.85 
 
 
486 aa  436  1e-121  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.87 
 
 
519 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.66 
 
 
525 aa  433  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.87 
 
 
519 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.32 
 
 
471 aa  430  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  47.19 
 
 
471 aa  431  1e-119  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  47.19 
 
 
471 aa  431  1e-119  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.87 
 
 
519 aa  428  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  49.28 
 
 
474 aa  426  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.75 
 
 
452 aa  422  1e-117  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.14 
 
 
477 aa  414  1e-114  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.12 
 
 
483 aa  402  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.37 
 
 
501 aa  399  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.83 
 
 
473 aa  399  9.999999999999999e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50 
 
 
479 aa  401  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.77 
 
 
463 aa  397  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.4 
 
 
484 aa  391  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.98 
 
 
454 aa  388  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.12 
 
 
471 aa  387  1e-106  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.5 
 
 
469 aa  388  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.67 
 
 
490 aa  384  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.72 
 
 
483 aa  383  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.08 
 
 
476 aa  382  1e-105  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.65 
 
 
476 aa  380  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.65 
 
 
476 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.65 
 
 
476 aa  379  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.54 
 
 
476 aa  381  1e-104  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.44 
 
 
476 aa  382  1e-104  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.44 
 
 
476 aa  379  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.58 
 
 
469 aa  376  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  46.99 
 
 
472 aa  374  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.64 
 
 
477 aa  369  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.95 
 
 
476 aa  363  3e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  38.43 
 
 
486 aa  362  8e-99  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.03 
 
 
471 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.15 
 
 
476 aa  354  2e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.95 
 
 
486 aa  353  5e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.61 
 
 
471 aa  351  2e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.03 
 
 
470 aa  342  8e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.43 
 
 
457 aa  331  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.73 
 
 
487 aa  330  3e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.56 
 
 
474 aa  325  1e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.29 
 
 
479 aa  312  7.999999999999999e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
491 aa  309  8e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.25 
 
 
468 aa  303  4.0000000000000003e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.93 
 
 
493 aa  302  9e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.32 
 
 
476 aa  296  7e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
486 aa  290  6e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.1 
 
 
488 aa  288  1e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.9 
 
 
488 aa  287  2.9999999999999996e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.26 
 
 
470 aa  285  1.0000000000000001e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.79 
 
 
481 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.66 
 
 
481 aa  281  2e-74  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  38.78 
 
 
468 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.7 
 
 
513 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.68 
 
 
468 aa  280  4e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.51 
 
 
471 aa  280  6e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.04 
 
 
481 aa  279  7e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.04 
 
 
450 aa  278  1e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.4 
 
 
525 aa  278  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.12 
 
 
518 aa  278  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.94 
 
 
511 aa  276  4e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.52 
 
 
518 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.06 
 
 
493 aa  276  5e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.59 
 
 
492 aa  276  8e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.2 
 
 
490 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.86 
 
 
475 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.27 
 
 
477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.63 
 
 
470 aa  273  5.000000000000001e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.07 
 
 
480 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  35.25 
 
 
514 aa  272  8.000000000000001e-72  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.45 
 
 
497 aa  270  5.9999999999999995e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.31 
 
 
475 aa  269  7e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.06 
 
 
480 aa  269  7e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>