More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3304 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3304  secretion protein HlyD  100 
 
 		 396 aa  775    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  81.45 
 
 		 399 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  64.14 
 
 		 416 aa  440  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  64.09 
 
 		 427 aa  435  1e-121  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  58.4 
 
 		 404 aa  425  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0320  RND family efflux transporter MFP subunit  66.47 
 
 		 407 aa  421  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  60.86 
 
 		 419 aa  420  1e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.35175  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1362  RND family efflux transporter MFP subunit  66.27 
 
 		 418 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168892  decreased coverage  0.00389749 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0869  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  64.72 
 
 		 409 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.988771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  55.41 
 
 		 396 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3429  secretion protein HlyD  63.46 
 
 		 411 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.39 
 
 		 420 aa  394  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0646106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1619  AcrB/AcrD/AcrF family mulitdrug efflux protein  59.42 
 
 		 386 aa  385  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3045  RND family efflux transporter MFP subunit  60.92 
 
 		 414 aa  384  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.561818 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4358  RND family efflux transporter MFP subunit  59.22 
 
 		 421 aa  384  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  54.9 
 
 		 396 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  57.61 
 
 		 396 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1902  secretion protein HlyD  59.14 
 
 		 409 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.555792  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.33 
 
 		 396 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1349  RND family efflux transporter MFP subunit  60.06 
 
 		 423 aa  358  8e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0063  RND family efflux transporter MFP subunit  52.93 
 
 		 402 aa  353  2.9999999999999997e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4335  secretion protein HlyD  50 
 
 		 410 aa  328  8e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387273  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.32 
 
 		 436 aa  327  3e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.32 
 
 		 436 aa  327  3e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4867  cation/multidrug efflux system membrane protein  47.94 
 
 		 411 aa  325  6e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00045993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1112  transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  51.72 
 
 		 438 aa  325  1e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.794261  normal  0.680549 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  50.7 
 
 		 408 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  49.73 
 
 		 409 aa  318  7e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  49.73 
 
 		 409 aa  318  7e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  49.73 
 
 		 406 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  49.73 
 
 		 406 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  49.73 
 
 		 406 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0513  multidrug efflux pump BpeE  49.73 
 
 		 409 aa  318  1e-85  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.7 
 
 		 424 aa  318  1e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  50.42 
 
 		 418 aa  316  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  49.3 
 
 		 405 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  49.3 
 
 		 405 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  49.3 
 
 		 405 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  49.3 
 
 		 405 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  49.3 
 
 		 405 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  49.55 
 
 		 387 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  48.74 
 
 		 405 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1298  secretion protein HlyD  64.44 
 
 		 253 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1792  secretion protein HlyD  48.94 
 
 		 412 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.567297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4634  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 		 429 aa  302  9e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.24851 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3373  RND family efflux transporter MFP subunit  49.3 
 
 		 405 aa  293  4e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  46.27 
 
 		 414 aa  290  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  47.11 
 
 		 417 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2181  RND family efflux transporter MFP subunit  45.16 
 
 		 412 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.179253  normal  0.0467643 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2967  secretion protein HlyD  44.63 
 
 		 413 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.400142  normal  0.180224 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2891  RND efflux system membrane fusion protein  49.13 
 
 		 391 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.81851  normal  0.755183 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0887  secretion protein HlyD  42.74 
 
 		 398 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3099  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexE  43.44 
 
 		 414 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.165228  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32400  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  46.52 
 
 		 414 aa  272  9e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2745  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE precursor  46.35 
 
 		 414 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33860  multidrug efflux RND membrane protein, HlyD family  46.88 
 
 		 412 aa  267  2.9999999999999995e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3425  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.29 
 
 		 413 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2337  RND family efflux transporter MFP subunit  43.29 
 
 		 413 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  44.07 
 
 		 412 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  44.07 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.07 
 
 		 412 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2511  RND family efflux transporter MFP subunit  44.9 
 
 		 413 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.504694  normal  0.653168 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  43.79 
 
 		 412 aa  262  6e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  43.49 
 
 		 412 aa  262  8e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  40.92 
 
 		 428 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5121  RND family efflux transporter MFP subunit  45.13 
 
 		 396 aa  258  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2448  RND family efflux transporter MFP subunit  44.61 
 
 		 413 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  43.52 
 
 		 412 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  43.52 
 
 		 412 aa  256  4e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  43.52 
 
 		 412 aa  256  6e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  43.6 
 
 		 476 aa  253  3e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  44.74 
 
 		 392 aa  254  3e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3985  RND family efflux transporter MFP subunit  40.46 
 
 		 410 aa  250  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4124  RND family efflux transporter MFP subunit  39.23 
 
 		 415 aa  246  3e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.626146  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2359  RND family efflux transporter MFP subunit  40.29 
 
 		 392 aa  244  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  43.12 
 
 		 400 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1596  HlyD family multidrug efflux protein  39.3 
 
 		 371 aa  243  5e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.616153  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  40.38 
 
 		 382 aa  242  7e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  37.79 
 
 		 418 aa  241  2e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.82 
 
 		 408 aa  239  8e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3814  RND family efflux transporter MFP subunit  40.86 
 
 		 414 aa  237  2e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.14573  normal  0.243008 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.22 
 
 		 392 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  40.28 
 
 		 393 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  39.18 
 
 		 414 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5071  RND family efflux transporter MFP subunit  39.25 
 
 		 377 aa  233  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.212583  normal  0.0344609 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0042  secretion protein HlyD  41.26 
 
 		 391 aa  230  3e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  39.04 
 
 		 430 aa  230  4e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  43.49 
 
 		 414 aa  229  6e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  39.19 
 
 		 384 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.66626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  40.73 
 
 		 385 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  37.76 
 
 		 388 aa  227  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.12 
 
 		 391 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5362  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.98 
 
 		 377 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  38.62 
 
 		 391 aa  226  5.0000000000000005e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1624  RND efflux membrane fusion protein precursor  43.1 
 
 		 385 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.000143743  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3238  secretion protein HlyD  40.26 
 
 		 393 aa  226  6e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  43.22 
 
 		 400 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  43.22 
 
 		 400 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  43.22 
 
 		 400 aa  226  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18760  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  41.4 
 
 		 385 aa  225  9e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0384088  normal  0.0956018 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>