More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1486 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1486  Crp/FNR family transcriptional regulator  100 
 
 		 240 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2083  CRP/FNR family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 258 aa  148  7e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.193038 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6152  Crp/FNR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 256 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4199  cyclic nucleotide-binding protein  35.81 
 
 		 260 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1475  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 260 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3348  cyclic nucleotide-binding  37.21 
 
 		 254 aa  125  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.181039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3673  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.21 
 
 		 254 aa  125  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.43296  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6158  cyclic nucleotide-binding protein  37.5 
 
 		 251 aa  124  9e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4187  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36.45 
 
 		 254 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.338954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4881  putative cyclic-AMP receptor-like protein  37.71 
 
 		 281 aa  112  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal  0.139273 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0675  cyclic nucleotide-binding protein  36.36 
 
 		 240 aa  105  5e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.35129  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  79  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1284  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.42 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.304913  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5808  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.77 
 
 		 231 aa  74.7  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.254135  normal  0.0101482 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3800  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 225 aa  73.6  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0106  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  23.2 
 
 		 352 aa  73.6  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1167  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.37 
 
 		 239 aa  73.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000625437  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 236 aa  72  0.000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0719  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.95 
 
 		 257 aa  71.6  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000204419 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.86 
 
 		 236 aa  70.5  0.00000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.86 
 
 		 236 aa  70.1  0.00000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0602  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.628877 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.1  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0517  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.1 
 
 		 224 aa  65.1  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  25.87 
 
 		 210 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3212  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 229 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0543887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.19 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.85 
 
 		 226 aa  63.9  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.86 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  24.63 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  24.63 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  24.63 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  24.63 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3421  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 241 aa  63.2  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1678  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.1 
 
 		 234 aa  62.8  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0092  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.2 
 
 		 230 aa  62.4  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000552774  hitchhiker  0.0000198015 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  62  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4447  CRP/FNR family transcriptional regulator  22.89 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 232 aa  62  0.000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  61.6  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0253  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 		 224 aa  61.6  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1677  cyclic nucleotide-binding protein  27.75 
 
 		 258 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.506462  normal  0.511537 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  61.2  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 214 aa  60.5  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.98 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2016  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 229 aa  60.8  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776172  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3233  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 256 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  25.37 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1234  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0139  cAMP-regulatory protein  25.13 
 
 		 214 aa  60.8  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.23 
 
 		 227 aa  60.1  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.23 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.571672  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2737  cAMP-regulatory protein  24.88 
 
 		 210 aa  59.7  0.00000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4520  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 		 236 aa  59.7  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1371  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0955358 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36130  cAMP-binding protein  24.3 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.758224 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  24.14 
 
 		 211 aa  59.7  0.00000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  21.83 
 
 		 247 aa  59.3  0.00000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5435  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 224 aa  59.7  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.397858 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  24.38 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2867  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  0.792405 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0388  cAMP-regulatory protein  24.26 
 
 		 212 aa  59.3  0.00000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0189183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1119  catabolite gene activator (cAMP receptor protein) (cAMP-regulatory protein)  23.12 
 
 		 222 aa  58.9  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.106899 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0608  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.02 
 
 		 225 aa  58.5  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.847542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25400  cAMP-binding protein  24.87 
 
 		 225 aa  58.9  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13707  Cpr/FNR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 224 aa  58.2  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333343 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.52 
 
 		 235 aa  58.2  0.0000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0117  cyclic nucleotide-binding: regulatory protein, Crp  29.41 
 
 		 228 aa  58.5  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0755  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 235 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.027549  normal  0.149867 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>