36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3376 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3376  lyase, putative  100 
 
 		 222 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0555978  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3605  lyase, putative  94.59 
 
 		 222 aa  441  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0508  lyase, putative  64.55 
 
 		 223 aa  286  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0463  hypothetical protein  60.91 
 
 		 227 aa  285  5e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5256  lyase, putative  63.06 
 
 		 222 aa  284  8e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5015  lyase, putative  63.06 
 
 		 223 aa  278  7e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3057  hypothetical protein  51.12 
 
 		 238 aa  212  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0328593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1666  hypothetical protein  46.9 
 
 		 226 aa  206  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.398713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49320  hypothetical protein  45.33 
 
 		 223 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.52458  normal  0.0698049 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4213  hypothetical protein  44.89 
 
 		 223 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2102  hypothetical protein  45.02 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00164411  normal  0.0561114 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41500  putative lyase  43.91 
 
 		 231 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3520  hypothetical protein  43.91 
 
 		 231 aa  190  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.909306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2582  hypothetical protein  33.05 
 
 		 370 aa  115  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0495255  hitchhiker  0.0081508 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7491  Alginate lyase 2  37.72 
 
 		 417 aa  115  7.999999999999999e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1606  Alginate lyase 2  38.43 
 
 		 274 aa  112  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.139119  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31810  alginate lyase  36.12 
 
 		 237 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23960  alginate lyase  31.82 
 
 		 240 aa  103  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2129  alginate lyase 2  31.53 
 
 		 224 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000350709  hitchhiker  0.00000589655 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  34.87 
 
 		 417 aa  83.2  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3774  alginate lyase 2  30.29 
 
 		 224 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000761294 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1989  alginate lyase 2  29.88 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0130582  hitchhiker  0.000160106 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0492  alginate lyase 2  28.45 
 
 		 1556 aa  77.4  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2873  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  25.64 
 
 		 1554 aa  71.6  0.000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0258698 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2547  translation initiation factor SUI1  27.88 
 
 		 611 aa  70.9  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.858491  hitchhiker  0.00146085 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2401  hypothetical protein  30.9 
 
 		 264 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2478  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.78 
 
 		 524 aa  66.6  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3286  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  28.89 
 
 		 343 aa  61.6  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00739048  normal  0.539484 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3336  Alginate lyase 2  27.59 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906115  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11483  hypothetical protein  27 
 
 		 301 aa  53.9  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3207  alginate lyase 2  25.63 
 
 		 224 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.841642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01238  putative alginate lyase  23.83 
 
 		 530 aa  46.6  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2458  alginate lyase  22.45 
 
 		 228 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.116563  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3639  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  24.37 
 
 		 375 aa  43.9  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665057  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1507  hypothetical protein  29.92 
 
 		 873 aa  43.1  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.48117  hitchhiker  0.0000051412 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2839  Poly(beta-D-mannuronate) lyase  24 
 
 		 367 aa  43.5  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000000000472325  normal  0.357499 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>