More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2205 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  96.95 
 
 
393 aa  786    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
393 aa  803    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  57.11 
 
 
397 aa  483  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  59.74 
 
 
413 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  60.31 
 
 
413 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  59.74 
 
 
413 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  59.2 
 
 
414 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  56.63 
 
 
417 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  56.63 
 
 
417 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  60.98 
 
 
416 aa  458  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  57.07 
 
 
422 aa  455  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  56.54 
 
 
420 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  60.11 
 
 
391 aa  452  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  60.43 
 
 
418 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  56.54 
 
 
420 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  60.54 
 
 
426 aa  451  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  58.49 
 
 
421 aa  449  1e-125  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  59.57 
 
 
392 aa  450  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.16 
 
 
421 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.29 
 
 
416 aa  447  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  59.45 
 
 
410 aa  442  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.97 
 
 
424 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  59.08 
 
 
414 aa  444  1e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.97 
 
 
424 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  58.97 
 
 
424 aa  442  1e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  59.46 
 
 
414 aa  440  9.999999999999999e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  54.3 
 
 
422 aa  437  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  55.37 
 
 
419 aa  432  1e-120  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  56.27 
 
 
418 aa  431  1e-120  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  54.41 
 
 
420 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  58.42 
 
 
422 aa  431  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  55.04 
 
 
418 aa  425  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  53.87 
 
 
421 aa  417  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  52.09 
 
 
419 aa  402  1e-111  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  54.35 
 
 
443 aa  397  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  54.79 
 
 
438 aa  392  1e-108  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  51.52 
 
 
405 aa  385  1e-106  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  53.68 
 
 
440 aa  387  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  52.19 
 
 
423 aa  381  1e-104  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  48.61 
 
 
407 aa  378  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
402 aa  369  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  49.58 
 
 
402 aa  367  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  49.58 
 
 
421 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  50.14 
 
 
421 aa  365  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  49.58 
 
 
421 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  49.86 
 
 
463 aa  364  1e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  49.03 
 
 
413 aa  359  5e-98  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  49.6 
 
 
431 aa  348  7e-95  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  46.15 
 
 
411 aa  347  2e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  50.27 
 
 
425 aa  345  8e-94  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  49.86 
 
 
431 aa  344  2e-93  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  47.2 
 
 
405 aa  341  1e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  44.09 
 
 
404 aa  340  2e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  50.82 
 
 
425 aa  339  4e-92  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  50.82 
 
 
425 aa  339  5e-92  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  46.96 
 
 
840 aa  338  7e-92  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  50 
 
 
425 aa  330  2e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  50 
 
 
425 aa  330  3e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  44.33 
 
 
420 aa  330  4e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.67 
 
 
421 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  44.95 
 
 
418 aa  327  3e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.55 
 
 
421 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  45.05 
 
 
423 aa  325  9e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  48.52 
 
 
432 aa  324  1e-87  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1870  urea ABC transporter, urea binding protein  44.95 
 
 
418 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.510403  normal  0.303887 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  43.81 
 
 
422 aa  325  1e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  44.55 
 
 
421 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.55 
 
 
421 aa  323  3e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  44.55 
 
 
421 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  44.31 
 
 
421 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  44.31 
 
 
421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  44.31 
 
 
421 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  44.55 
 
 
421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0590  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  43.42 
 
 
421 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  43.07 
 
 
422 aa  320  3e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  44.88 
 
 
418 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0994  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  45.95 
 
 
454 aa  320  3.9999999999999996e-86  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.603537  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  44.7 
 
 
419 aa  319  5e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0954  urea ABC transporter, urea binding protein  43.94 
 
 
431 aa  318  9e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4014  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.7 
 
 
435 aa  318  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0416471  normal  0.65931 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  45.43 
 
 
418 aa  317  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0880  urea ABC transporter, urea binding protein  44.44 
 
 
435 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.824913 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2482  urea ABC transporter, urea binding protein  44.7 
 
 
435 aa  317  3e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0431  twin-arginine translocation pathway signal  44.44 
 
 
435 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0910  ABC-type branched-chain amino acid transport system periplasmic component  44.44 
 
 
435 aa  317  3e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988343  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0798  urea ABC transporter, urea binding protein  44.44 
 
 
435 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.398503  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  43.7 
 
 
422 aa  315  8e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  43.7 
 
 
422 aa  315  9e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  43.7 
 
 
422 aa  315  9e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  42.7 
 
 
428 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  42.96 
 
 
417 aa  315  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0787  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.44 
 
 
435 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.238628  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  43.81 
 
 
425 aa  313  3.9999999999999997e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3683  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.32 
 
 
432 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.277595 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  43 
 
 
423 aa  312  6.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  44.59 
 
 
420 aa  312  7.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  42.33 
 
 
422 aa  311  1e-83  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  43.14 
 
 
419 aa  311  2e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  42.72 
 
 
428 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1202  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  44 
 
 
419 aa  310  4e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>