122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3070 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3070  D-serine dehydratase  100 
 
 		 449 aa  918    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3112  D-serine dehydratase  92.81 
 
 		 445 aa  828    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3266  D-serine dehydratase  70.4 
 
 		 446 aa  587  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20650  D-serine dehydratase  67.04 
 
 		 448 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00676968  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1773  D-serine dehydratase  66.37 
 
 		 448 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02276  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 442 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1291  D-serine ammonia-lyase  65.35 
 
 		 442 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02237  hypothetical protein  65.58 
 
 		 442 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0362  D-serine dehydratase  63.59 
 
 		 441 aa  564  1.0000000000000001e-159  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2503  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 442 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.270405  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2652  D-serine dehydratase  65.58 
 
 		 442 aa  563  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1303  D-serine dehydratase  65.35 
 
 		 442 aa  561  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.29121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2516  D-serine dehydratase  65.2 
 
 		 438 aa  560  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.232923  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3597  D-serine dehydratase  65.12 
 
 		 442 aa  560  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00277726 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4082  D-serine dehydratase  65.81 
 
 		 440 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4132  D-serine dehydratase  65.81 
 
 		 440 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.293568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4027  D-serine dehydratase  66.05 
 
 		 440 aa  558  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4190  D-serine dehydratase  65.81 
 
 		 440 aa  555  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02609  D-serine dehydratase  63.93 
 
 		 443 aa  553  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3449  D-serine dehydratase  63.72 
 
 		 441 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4011  D-serine dehydratase  65.81 
 
 		 440 aa  554  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003747  D-serine dehydratase  63.53 
 
 		 443 aa  550  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0243202  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4659  D-serine dehydratase  61.86 
 
 		 443 aa  541  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.347338  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2515  D-serine dehydratase  65.51 
 
 		 445 aa  538  9.999999999999999e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.790637 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1855  D-serine dehydratase  59.86 
 
 		 443 aa  536  1e-151  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.478558  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3934  D-serine ammonia-lyase  60 
 
 		 451 aa  535  1e-151  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3545  D-serine dehydratase  59.86 
 
 		 443 aa  531  1e-150  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1600  D-serine dehydratase  58.96 
 
 		 446 aa  528  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.99334  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1650  D-serine dehydratase  60.18 
 
 		 445 aa  530  1e-149  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.351732  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1653  D-serine dehydratase  58.73 
 
 		 446 aa  527  1e-148  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1631  D-serine dehydratase  58.73 
 
 		 446 aa  525  1e-148  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.325851  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1784  D-serine dehydratase  58.73 
 
 		 446 aa  527  1e-148  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.936434  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1833  D-serine dehydratase  58.73 
 
 		 464 aa  527  1e-148  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2017  D-serine dehydratase  58.9 
 
 		 464 aa  525  1e-148  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1907  D-serine dehydratase  58.96 
 
 		 443 aa  525  1e-148  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000531501  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1796  D-serine dehydratase  59.18 
 
 		 443 aa  525  1e-148  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.395569  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0021  D-serine dehydratase  63.4 
 
 		 434 aa  522  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4129  D-serine ammonia-lyase  58.6 
 
 		 456 aa  523  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2735  D-serine dehydratase  64.34 
 
 		 422 aa  523  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1718  D-serine dehydratase  60.61 
 
 		 432 aa  521  1e-146  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1151  D-serine ammonia-lyase  61.19 
 
 		 461 aa  503  1e-141  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3826  D-serine dehydratase  55.3 
 
 		 445 aa  496  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.419593 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2763  D-serine dehydratase  55.01 
 
 		 459 aa  492  9.999999999999999e-139  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2895  D-serine dehydratase  54.86 
 
 		 449 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0789  D-serine ammonia-lyase  48.97 
 
 		 438 aa  420  1e-116  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000399356  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1621  D-serine dehydratase  47.24 
 
 		 440 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.48816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4614  D-serine dehydratase  50 
 
 		 455 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2915  D-serine dehydratase  48.04 
 
 		 443 aa  385  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.464648  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2092  D-serine dehydratase  47.09 
 
 		 442 aa  385  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.962214  normal  0.0544874 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1364  D-serine dehydratase  48.95 
 
 		 446 aa  380  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0658416 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2250  D-serine dehydratase  50.8 
 
 		 451 aa  373  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.81638 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1624  D-serine dehydratase  50.8 
 
 		 451 aa  374  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0245  D-serine dehydratase  49.18 
 
 		 444 aa  360  4e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0657  D-serine dehydratase  44.93 
 
 		 473 aa  352  5e-96  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2428  D-serine dehydratase  50 
 
 		 379 aa  348  1e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0232  D-serine dehydratase  48.46 
 
 		 429 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.910645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2980  D-serine dehydratase  48.15 
 
 		 445 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2856  D-serine dehydratase  48.15 
 
 		 445 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.298475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1220  D-serine dehydratase  47.92 
 
 		 445 aa  320  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1577  D-serine dehydratase  50.71 
 
 		 282 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1763  D-serine dehydratase  50.35 
 
 		 283 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.634059  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0329  D-serine dehydratase  42.35 
 
 		 110 aa  68.9  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1576  D-serine ammonia-lyase  44.8 
 
 		 155 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1762  D-serine dehydratase  44.8 
 
 		 155 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3965  diaminopropionate ammonia-lyase  23.84 
 
 		 415 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.456093  normal  0.0239506 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  23.4 
 
 		 403 aa  60.1  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  23.57 
 
 		 403 aa  56.6  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  23.57 
 
 		 403 aa  56.6  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  24.09 
 
 		 405 aa  55.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1662  diaminopropionate ammonia-lyase  24.35 
 
 		 405 aa  54.7  0.000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  23.7 
 
 		 514 aa  54.3  0.000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  23.08 
 
 		 753 aa  53.1  0.000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  24.89 
 
 		 408 aa  52.8  0.00001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0264  cysteine synthase A  24.33 
 
 		 290 aa  52.8  0.00001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0316091  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  24.39 
 
 		 520 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  26.69 
 
 		 321 aa  51.6  0.00003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0239  diaminopropionate ammonia-lyase  23.95 
 
 		 408 aa  51.6  0.00003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000784643  normal  0.351019 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  23.83 
 
 		 505 aa  51.2  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0266  cysteine synthase A  24.33 
 
 		 291 aa  51.2  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0459085  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  23.61 
 
 		 402 aa  50.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  26.27 
 
 		 321 aa  50.1  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2099  hypothetical protein  25.18 
 
 		 328 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0746  cysteine synthases  31.52 
 
 		 305 aa  50.1  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0730  hypothetical protein  24.6 
 
 		 321 aa  49.7  0.0001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0901199  normal  0.986029 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4911  diaminopropionate ammonia-lyase  22.81 
 
 		 396 aa  48.5  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5649  diaminopropionate ammonia-lyase  21.43 
 
 		 397 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1422  diaminopropionate ammonia-lyase  22.77 
 
 		 393 aa  49.3  0.0002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227055 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  21.53 
 
 		 403 aa  48.9  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2576  diaminopropionate ammonia-lyase  22.27 
 
 		 401 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264217  normal  0.398915 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0630  diaminopropionate ammonia-lyase  22.19 
 
 		 403 aa  46.6  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.140013 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2963  diaminopropionate ammonia-lyase  20.66 
 
 		 400 aa  46.6  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.917683  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  23.14 
 
 		 506 aa  46.2  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  23.14 
 
 		 506 aa  46.2  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2835  D-serine dehydratase (D-serine deaminase) (DSD)  46.51 
 
 		 46 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  hitchhiker  0.00000000706705 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3023  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  22.94 
 
 		 396 aa  45.4  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1293  tryptophan synthase subunit beta  22.47 
 
 		 451 aa  45.4  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.387586  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  23.95 
 
 		 311 aa  45.4  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0358  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  23.95 
 
 		 318 aa  45.4  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.1667  normal  0.162228 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02608  threonine dehydratase  25.74 
 
 		 356 aa  45.8  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  23.95 
 
 		 311 aa  45.1  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>