96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3240 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 271 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  92.99 
 
 		 271 aa  501  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  91.88 
 
 		 271 aa  498  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  87.45 
 
 		 271 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  74.91 
 
 		 271 aa  401  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  71.22 
 
 		 271 aa  387  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  64.21 
 
 		 271 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  48.68 
 
 		 278 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  44.65 
 
 		 273 aa  238  8e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  44.19 
 
 		 270 aa  215  5.9999999999999996e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  43.46 
 
 		 277 aa  202  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  45.38 
 
 		 287 aa  201  7e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  43.03 
 
 		 275 aa  180  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  42.58 
 
 		 276 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  36.98 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  39.1 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  36.86 
 
 		 263 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.42 
 
 		 269 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  38.43 
 
 		 268 aa  149  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  39.84 
 
 		 266 aa  149  7e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.61 
 
 		 274 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  36.58 
 
 		 278 aa  134  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  40.51 
 
 		 275 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  33.45 
 
 		 286 aa  132  6.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.3 
 
 		 280 aa  122  9e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  34.15 
 
 		 279 aa  99  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  33.58 
 
 		 279 aa  97.1  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  36.09 
 
 		 288 aa  96.7  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  33.33 
 
 		 270 aa  95.5  8e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  29.69 
 
 		 299 aa  92.4  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  31.6 
 
 		 283 aa  82  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  29.36 
 
 		 277 aa  82  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  33.15 
 
 		 283 aa  76.3  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  30.36 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.68 
 
 		 291 aa  71.2  0.00000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  27.17 
 
 		 284 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  29.59 
 
 		 626 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.84 
 
 		 615 aa  63.5  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  42.86 
 
 		 280 aa  60.8  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.65 
 
 		 628 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.65 
 
 		 628 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.63 
 
 		 313 aa  60.1  0.00000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  32.72 
 
 		 635 aa  60.1  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  30.97 
 
 		 687 aa  58.5  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  28.15 
 
 		 617 aa  58.5  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.61 
 
 		 638 aa  57.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.78 
 
 		 627 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.06 
 
 		 632 aa  57  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.21 
 
 		 624 aa  55.8  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.78 
 
 		 627 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.03 
 
 		 628 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  34.13 
 
 		 477 aa  55.5  0.0000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.37 
 
 		 615 aa  55.5  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.56 
 
 		 635 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.56 
 
 		 635 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.56 
 
 		 635 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.3 
 
 		 630 aa  52.8  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  27.5 
 
 		 297 aa  51.6  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4079  xylose isomerase domain-containing protein  28.03 
 
 		 629 aa  52  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.5 
 
 		 631 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  30.22 
 
 		 629 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.19 
 
 		 633 aa  51.2  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.56 
 
 		 623 aa  51.2  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.1 
 
 		 631 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.22 
 
 		 630 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.49 
 
 		 630 aa  50.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.61 
 
 		 637 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1656  xylose isomerase domain-containing protein  29.65 
 
 		 297 aa  49.7  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.876977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.5 
 
 		 630 aa  49.7  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2346  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  30.97 
 
 		 635 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0291  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.67 
 
 		 305 aa  49.3  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.102645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.22 
 
 		 630 aa  49.3  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.92 
 
 		 630 aa  48.9  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.94 
 
 		 630 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.94 
 
 		 630 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.94 
 
 		 630 aa  48.9  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4905  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  32.26 
 
 		 633 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.44 
 
 		 624 aa  47.8  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5095  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  28.92 
 
 		 604 aa  47.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0443788 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  25.45 
 
 		 270 aa  47.4  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4090  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.41 
 
 		 645 aa  47  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2130  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.97 
 
 		 635 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0402618  normal  0.678263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.57 
 
 		 635 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.73 
 
 		 684 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5789  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.93 
 
 		 285 aa  45.8  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0619484 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.73 
 
 		 684 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.73 
 
 		 684 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  29.73 
 
 		 684 aa  45.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.46 
 
 		 687 aa  45.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  29.73 
 
 		 684 aa  45.8  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  29.73 
 
 		 684 aa  45.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1586  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.22 
 
 		 621 aa  45.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.435654  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  27.47 
 
 		 257 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38100  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.97 
 
 		 632 aa  44.7  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.749235  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2157  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.61 
 
 		 280 aa  43.9  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.03 
 
 		 627 aa  43.9  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>