More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3166 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3166  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 279 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2627  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  71.43 
 
 		 280 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0539096  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1134  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  58.33 
 
 		 305 aa  300  1e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.276726  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5765  extracellular solute-binding protein  54.42 
 
 		 286 aa  292  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000625971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1889  extracellular solute-binding protein family 3  61.79 
 
 		 268 aa  280  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21410  ABC transporter, substrate binding protein, family 3  53.56 
 
 		 292 aa  272  5.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.334752  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5767  extracellular solute-binding protein  52.87 
 
 		 272 aa  264  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244611 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1129  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.36 
 
 		 283 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5170  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  53.15 
 
 		 278 aa  245  6e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5766  extracellular solute-binding protein  45.64 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3310  extracellular solute-binding protein  36.09 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0117  extracellular solute-binding protein  36.78 
 
 		 272 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1051  extracellular solute-binding protein family 3  34.77 
 
 		 274 aa  122  6e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5520  extracellular solute-binding protein  34.27 
 
 		 281 aa  106  5e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0222381  normal  0.174811 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8012  extracellular solute-binding protein family 3  32.67 
 
 		 281 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2434  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.84 
 
 		 274 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2806  extracellular solute-binding protein family 3  29.61 
 
 		 281 aa  95.9  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2257  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  34.84 
 
 		 284 aa  95.5  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.780862  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  29.46 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1779  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 276 aa  94  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357898 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1429  extracellular solute-binding protein  32.31 
 
 		 271 aa  93.2  4e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3976  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 		 268 aa  92.8  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.108857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0690  extracellular solute-binding protein  30.41 
 
 		 282 aa  92.4  8e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.370968  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1548  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.22 
 
 		 272 aa  91.3  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159181  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2153  extracellular solute-binding protein family 3  32.63 
 
 		 273 aa  90.9  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0684055 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2069  extracellular solute-binding protein family 3  31.19 
 
 		 281 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0404874  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2462  extracellular solute-binding protein family 3  31.19 
 
 		 281 aa  90.5  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3472  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 266 aa  90.9  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5218  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4525  extracellular solute-binding protein  29.67 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.335654  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0127  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.98 
 
 		 272 aa  89.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6677  extracellular solute-binding protein  33.85 
 
 		 277 aa  89  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2764  extracellular solute-binding protein  28.5 
 
 		 275 aa  89  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7227  extracellular solute-binding protein  32.64 
 
 		 262 aa  88.6  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1539  extracellular solute-binding protein family 3  29.56 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4213  extracellular solute-binding protein family 3  33.16 
 
 		 278 aa  86.7  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3152  extracellular solute-binding protein family 3  28.21 
 
 		 271 aa  86.3  6e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0865808 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4927  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 266 aa  85.5  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4038  extracellular solute-binding protein family 3  30.09 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4271  extracellular solute-binding protein family 3  30.81 
 
 		 278 aa  84.7  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4591  extracellular solute-binding protein family 3  30.81 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4004  extracellular solute-binding protein family 3  31.75 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3691  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  34.21 
 
 		 267 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.634474 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3110  extracellular solute-binding protein family 3  34.5 
 
 		 278 aa  84  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0693  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding lipoprotein  29.26 
 
 		 275 aa  84.3  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2212  extracellular solute-binding protein  33.67 
 
 		 267 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1898  extracellular solute-binding protein family 3  32.64 
 
 		 290 aa  84  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1137  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1593  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.227678  normal  0.74753 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1617  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4514  extracellular solute-binding protein  34.27 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.968225  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1538  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133709  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1515  extracellular solute-binding protein  33.17 
 
 		 271 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 		 270 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2450  extracellular solute-binding protein  34.07 
 
 		 271 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6372  extracellular solute-binding protein family 3  29.41 
 
 		 280 aa  82.8  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1635  extracellular solute-binding protein family 3  29.65 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0931  extracellular solute-binding protein family 3  33.52 
 
 		 267 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1513  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  38.16 
 
 		 260 aa  82.4  0.000000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2787  extracellular solute-binding protein family 3  27.72 
 
 		 275 aa  82.4  0.000000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1621  extracellular solute-binding protein  34.22 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0810697  normal  0.181323 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0917  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 		 270 aa  82  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4165  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.95 
 
 		 284 aa  80.9  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3211  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 263 aa  80.9  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1670  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.720486  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0806  CjaA protein  27.08 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.834  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2051  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0325389  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1895  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.09 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1029  extracellular solute-binding protein  40.62 
 
 		 265 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0000261026  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1883  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.09 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0326  polar amino acid ABC uptake transporter substrate binding protein  32.09 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.178009  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0835  extracellular solute-binding protein  32.09 
 
 		 271 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447071  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1001  CjaA protein  27.08 
 
 		 279 aa  81.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05402  amino-acid-binding periplasmic ABC transporter protein  29.65 
 
 		 280 aa  80.1  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4191  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  32.95 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0122303 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4132  putative ABC transporter binding protein subunit  28.57 
 
 		 273 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4237  extracellular solute-binding protein  32.95 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3925  extracellular solute-binding protein family 3  34.25 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4039  extracellular solute-binding protein family 3  34.25 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1064  surface antigen, CjaA  26.67 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.433625  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4762  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  32.24 
 
 		 271 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  0.149517 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3313  extracellular solute-binding protein family 3  27.8 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0228  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.946575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3333  extracellular solute-binding protein  29.46 
 
 		 275 aa  79.3  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.166718 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3469  extracellular solute-binding protein family 3  28.19 
 
 		 268 aa  79.3  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1172  extracellular solute-binding protein family 3  28.64 
 
 		 306 aa  79  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3667  extracellular solute-binding protein family 3  26.95 
 
 		 266 aa  78.6  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.200232  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2595  extracellular solute-binding protein family 3  28.96 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2071  extracellular solute-binding protein  27.83 
 
 		 255 aa  78.6  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5245  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.44 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2941  extracellular solute-binding protein  31.53 
 
 		 290 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.343687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3868  extracellular solute-binding protein  30.4 
 
 		 268 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2218  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 		 275 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.120709  normal  0.459989 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47920  putative binding protein component of ABC transporter  28.16 
 
 		 273 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0688655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2029  extracellular solute-binding protein family 3  27.67 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00497658  hitchhiker  0.00148627 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0461  amino acid ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.41 
 
 		 286 aa  77  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0298  extracellular solute-binding protein  34.64 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5459  extracellular solute-binding protein  34.57 
 
 		 261 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4582  extracellular solute-binding protein family 3  31.6 
 
 		 297 aa  77  0.0000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000918358  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>