209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0724 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  62.3 
 
 		 507 aa  673    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  63.31 
 
 		 519 aa  681    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  62.9 
 
 		 507 aa  684    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  63.29 
 
 		 510 aa  676    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  62.6 
 
 		 509 aa  674    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  63.31 
 
 		 509 aa  663    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  63.42 
 
 		 507 aa  676    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  100 
 
 		 515 aa  1065    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  62.5 
 
 		 509 aa  645    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  54.39 
 
 		 508 aa  589  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  54.15 
 
 		 509 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  56.41 
 
 		 513 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  56.21 
 
 		 513 aa  578  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  53.56 
 
 		 523 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  54.72 
 
 		 515 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  53.62 
 
 		 508 aa  570  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  55.42 
 
 		 513 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  55.4 
 
 		 507 aa  567  1e-160  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  52.46 
 
 		 513 aa  561  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  52.77 
 
 		 523 aa  561  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  51.79 
 
 		 508 aa  552  1e-156  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  53.16 
 
 		 517 aa  545  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  51.46 
 
 		 523 aa  542  1e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  51.58 
 
 		 508 aa  538  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  52.88 
 
 		 507 aa  540  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  50.8 
 
 		 508 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  53.25 
 
 		 507 aa  538  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  52.99 
 
 		 509 aa  537  1e-151  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  50.57 
 
 		 533 aa  538  1e-151  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  53.37 
 
 		 538 aa  528  1e-149  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  52.37 
 
 		 516 aa  526  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  51.19 
 
 		 513 aa  527  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  50.89 
 
 		 508 aa  522  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  49.7 
 
 		 514 aa  513  1e-144  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  49.8 
 
 		 508 aa  511  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  48.52 
 
 		 514 aa  512  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  49.5 
 
 		 514 aa  510  1e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  50.8 
 
 		 507 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  50.89 
 
 		 511 aa  505  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  50.6 
 
 		 507 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  49.01 
 
 		 510 aa  503  1e-141  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  50.4 
 
 		 507 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  50.4 
 
 		 507 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  49.8 
 
 		 507 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  49.6 
 
 		 510 aa  493  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  50.1 
 
 		 510 aa  484  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  47.12 
 
 		 525 aa  475  1e-133  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  47.92 
 
 		 512 aa  471  1.0000000000000001e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  47.8 
 
 		 500 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  47.2 
 
 		 500 aa  456  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  48.4 
 
 		 501 aa  457  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  47.2 
 
 		 500 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  45.76 
 
 		 508 aa  453  1.0000000000000001e-126  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  47.9 
 
 		 500 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  42.7 
 
 		 533 aa  441  9.999999999999999e-123  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  47.11 
 
 		 500 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  44.91 
 
 		 526 aa  433  1e-120  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  37.1 
 
 		 514 aa  305  1.0000000000000001e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  37.63 
 
 		 518 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  35.85 
 
 		 524 aa  300  6e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3104  galactarate dehydratase  36.67 
 
 		 548 aa  299  1e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  37.83 
 
 		 517 aa  292  9e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  37.42 
 
 		 517 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  35.47 
 
 		 533 aa  292  1e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  35.38 
 
 		 524 aa  291  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  35.71 
 
 		 524 aa  291  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6828  Altronate dehydratase  35.45 
 
 		 548 aa  290  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  37.73 
 
 		 513 aa  290  3e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  36.69 
 
 		 505 aa  289  7e-77  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  36.55 
 
 		 517 aa  289  8e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  34.84 
 
 		 524 aa  288  1e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  37.56 
 
 		 517 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1138  galactarate dehydratase  36.07 
 
 		 523 aa  288  1e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  34.51 
 
 		 512 aa  288  2e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1998  galactarate dehydratase  35.29 
 
 		 520 aa  288  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257982  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  37.11 
 
 		 517 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  34.69 
 
 		 533 aa  287  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1597  galactarate dehydratase  35.91 
 
 		 532 aa  287  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2595  galactarate dehydratase  36.84 
 
 		 518 aa  286  5e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.865762  normal  0.097428 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  35.16 
 
 		 533 aa  286  7e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  35.16 
 
 		 533 aa  286  7e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  37.11 
 
 		 517 aa  286  8e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3601  D-galactarate dehydratase, putative  36.95 
 
 		 517 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1161  Altronate dehydratase  33.21 
 
 		 550 aa  283  5.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4865  galactarate dehydratase  33.53 
 
 		 529 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0784645  normal  0.0391217 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0207  Altronate dehydratase  40 
 
 		 390 aa  283  5.000000000000001e-75  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0256  galactarate dehydratase  35.41 
 
 		 521 aa  283  6.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.808997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  35.74 
 
 		 530 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  36.22 
 
 		 516 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  34.41 
 
 		 493 aa  282  8.000000000000001e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1721  galactarate dehydratase  34.87 
 
 		 529 aa  282  8.000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0799571  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4734  galactarate dehydratase  34.7 
 
 		 530 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.481286  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  33.95 
 
 		 523 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  33.95 
 
 		 523 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  33.95 
 
 		 523 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  33.95 
 
 		 523 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  33.47 
 
 		 523 aa  280  5e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0830  galactarate dehydratase  36.57 
 
 		 517 aa  280  6e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15069  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  33.47 
 
 		 523 aa  279  9e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  33.47 
 
 		 523 aa  279  9e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>