242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_0582 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  100 
 
 
533 aa  1060    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  59.43 
 
 
508 aa  633  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  59.36 
 
 
508 aa  626  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  58.99 
 
 
523 aa  622  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  58.61 
 
 
523 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  58.08 
 
 
509 aa  609  1e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  58.37 
 
 
523 aa  610  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  57.79 
 
 
517 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  57.39 
 
 
513 aa  605  9.999999999999999e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  60.65 
 
 
507 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  58.49 
 
 
513 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  60.74 
 
 
525 aa  595  1e-169  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  57.63 
 
 
508 aa  598  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  63.34 
 
 
512 aa  597  1e-169  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  58.68 
 
 
513 aa  598  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  58.3 
 
 
513 aa  594  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  56.12 
 
 
508 aa  588  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  58.88 
 
 
516 aa  587  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  59.96 
 
 
507 aa  587  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  56.31 
 
 
514 aa  582  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  56.84 
 
 
513 aa  583  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  55 
 
 
514 aa  579  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  56.66 
 
 
511 aa  577  1.0000000000000001e-163  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  55.92 
 
 
514 aa  577  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  56.29 
 
 
509 aa  575  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  56.44 
 
 
515 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  58.53 
 
 
508 aa  568  1e-160  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  54.32 
 
 
508 aa  567  1e-160  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  53.63 
 
 
508 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  57.53 
 
 
538 aa  565  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  52.99 
 
 
519 aa  558  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  56.07 
 
 
507 aa  559  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  58.65 
 
 
533 aa  556  1e-157  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  56.84 
 
 
507 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  55.38 
 
 
508 aa  555  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  56.07 
 
 
507 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  53.45 
 
 
510 aa  553  1e-156  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  56.07 
 
 
507 aa  551  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  52.85 
 
 
510 aa  548  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  53.07 
 
 
507 aa  544  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  52.6 
 
 
507 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  55.72 
 
 
510 aa  541  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  54 
 
 
507 aa  535  1e-151  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  50.57 
 
 
515 aa  538  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  54 
 
 
507 aa  533  1e-150  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  51.72 
 
 
509 aa  528  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  52.11 
 
 
507 aa  525  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  53.56 
 
 
501 aa  522  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  49.62 
 
 
509 aa  524  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  51.15 
 
 
510 aa  512  1e-144  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  51.73 
 
 
509 aa  512  1e-144  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  51.03 
 
 
500 aa  511  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  51.03 
 
 
500 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  52.98 
 
 
500 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  51.03 
 
 
500 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  52.59 
 
 
500 aa  501  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  48.3 
 
 
526 aa  492  9.999999999999999e-139  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  42.2 
 
 
517 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  43.17 
 
 
516 aa  325  2e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  41.51 
 
 
514 aa  323  5e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  41.79 
 
 
517 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3601  D-galactarate dehydratase, putative  41.79 
 
 
517 aa  320  6e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271934  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  40.08 
 
 
498 aa  320  6e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  41.92 
 
 
534 aa  317  3e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  42.15 
 
 
513 aa  317  3e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  43.06 
 
 
530 aa  317  4e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  40.7 
 
 
533 aa  315  1.9999999999999998e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  41.05 
 
 
517 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  35.26 
 
 
505 aa  313  2.9999999999999996e-84  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  40.64 
 
 
517 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  39.5 
 
 
518 aa  311  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  35.7 
 
 
493 aa  310  2.9999999999999997e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3559  altronate dehydratase  39.12 
 
 
495 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3527  altronate dehydratase  38.92 
 
 
495 aa  309  6.999999999999999e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  36.83 
 
 
512 aa  309  1.0000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  41 
 
 
517 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3383  altronate dehydratase  38.92 
 
 
495 aa  307  3e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0610  Altronate dehydratase  38.92 
 
 
495 aa  306  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  39.77 
 
 
533 aa  306  7e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  39.77 
 
 
533 aa  306  7e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02960  altronate hydrolase  38.72 
 
 
495 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0207  Altronate dehydratase  45.01 
 
 
390 aa  305  1.0000000000000001e-81  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4406  altronate dehydratase  38.72 
 
 
495 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.731196 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0609  Altronate dehydratase  38.72 
 
 
495 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02911  hypothetical protein  38.72 
 
 
495 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3274  altronate dehydratase  38.72 
 
 
495 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0830  galactarate dehydratase  41.1 
 
 
517 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15069  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  39.21 
 
 
524 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  40.99 
 
 
517 aa  303  5.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  37.27 
 
 
524 aa  303  5.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4320  Altronate dehydratase  39.56 
 
 
496 aa  302  9e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3383  Altronate dehydratase  38.12 
 
 
496 aa  301  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  39.21 
 
 
523 aa  301  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  39.21 
 
 
523 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  39.21 
 
 
523 aa  300  4e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  39.21 
 
 
523 aa  300  4e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  39.21 
 
 
523 aa  300  5e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  38.92 
 
 
523 aa  300  6e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.648393 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  39.29 
 
 
523 aa  299  7e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  39.21 
 
 
523 aa  299  7e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>