224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6103 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  100 
 
 		 510 aa  1049    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  63.94 
 
 		 514 aa  667    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  63.35 
 
 		 513 aa  659    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  61.06 
 
 		 509 aa  634    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  62.65 
 
 		 523 aa  659    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  63.75 
 
 		 514 aa  665    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  63.14 
 
 		 514 aa  672    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  56.89 
 
 		 508 aa  588  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  56.23 
 
 		 508 aa  582  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  56.84 
 
 		 513 aa  582  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  55.03 
 
 		 508 aa  580  1e-164  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  55.66 
 
 		 523 aa  580  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  55.4 
 
 		 523 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  55.18 
 
 		 508 aa  571  1e-161  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  58.42 
 
 		 538 aa  570  1e-161  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  54.17 
 
 		 508 aa  565  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  54.98 
 
 		 509 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  56.59 
 
 		 510 aa  561  1.0000000000000001e-159  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  55.34 
 
 		 517 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  56.15 
 
 		 507 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  54.81 
 
 		 510 aa  556  1e-157  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  54.39 
 
 		 515 aa  554  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  53.45 
 
 		 533 aa  553  1e-156  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  53.85 
 
 		 519 aa  548  1e-155  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  52.36 
 
 		 507 aa  551  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  54.26 
 
 		 507 aa  550  1e-155  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  55.71 
 
 		 507 aa  550  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  55.67 
 
 		 513 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  55.07 
 
 		 513 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  52.95 
 
 		 507 aa  545  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  55.79 
 
 		 516 aa  546  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  55.53 
 
 		 513 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  53.14 
 
 		 509 aa  540  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  52.96 
 
 		 510 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  52.67 
 
 		 508 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  53.19 
 
 		 525 aa  529  1e-149  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  52.95 
 
 		 509 aa  530  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  54.76 
 
 		 511 aa  521  1e-147  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  51.76 
 
 		 509 aa  524  1e-147  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  52.49 
 
 		 508 aa  519  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  51.97 
 
 		 507 aa  520  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  53.59 
 
 		 512 aa  512  1e-144  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  52.41 
 
 		 501 aa  506  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  49.01 
 
 		 515 aa  503  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  50.3 
 
 		 507 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  51.69 
 
 		 533 aa  493  9.999999999999999e-139  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  50.4 
 
 		 507 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  50 
 
 		 507 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  50.3 
 
 		 507 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  50 
 
 		 507 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  49.71 
 
 		 500 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  51.79 
 
 		 500 aa  488  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  51.39 
 
 		 500 aa  482  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  49.12 
 
 		 500 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  49.31 
 
 		 500 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  44.68 
 
 		 526 aa  452  1.0000000000000001e-126  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  47.09 
 
 		 508 aa  442  1e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  38.05 
 
 		 514 aa  323  5e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  39.18 
 
 		 534 aa  307  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  34.51 
 
 		 505 aa  299  8e-80  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  36.88 
 
 		 523 aa  295  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  36.88 
 
 		 523 aa  295  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  35.47 
 
 		 524 aa  294  2e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  36.88 
 
 		 523 aa  295  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  36.88 
 
 		 523 aa  295  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0691  Altronate dehydratase  34.67 
 
 		 496 aa  295  2e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  36.88 
 
 		 523 aa  294  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  36.88 
 
 		 523 aa  294  3e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.648393 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  36.88 
 
 		 523 aa  293  4e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  36.88 
 
 		 523 aa  293  4e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  38.68 
 
 		 516 aa  293  6e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  37.4 
 
 		 513 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  38.17 
 
 		 498 aa  289  1e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  37.89 
 
 		 530 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  35.79 
 
 		 524 aa  287  4e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  34.88 
 
 		 493 aa  286  5e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  36.44 
 
 		 523 aa  286  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  36.44 
 
 		 523 aa  286  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  36.44 
 
 		 523 aa  286  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  36.44 
 
 		 523 aa  286  5.999999999999999e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  35.51 
 
 		 524 aa  285  9e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  34.3 
 
 		 512 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  36.2 
 
 		 564 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5503  Altronate dehydratase  34.12 
 
 		 554 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031137 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  37.47 
 
 		 517 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  35.29 
 
 		 524 aa  283  5.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1161  Altronate dehydratase  34.55 
 
 		 550 aa  283  7.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  35.46 
 
 		 533 aa  282  9e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  35.19 
 
 		 533 aa  282  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  35.19 
 
 		 533 aa  282  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  36.99 
 
 		 517 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3570  galactarate dehydratase  35.14 
 
 		 523 aa  280  4e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.631935 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  36.33 
 
 		 517 aa  280  6e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4320  Altronate dehydratase  34.14 
 
 		 496 aa  279  9e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0748  Altronate dehydratase  33.73 
 
 		 496 aa  278  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3383  Altronate dehydratase  33.13 
 
 		 496 aa  277  3e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4785  Altronate dehydratase  34.55 
 
 		 551 aa  277  4e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  36.98 
 
 		 518 aa  277  4e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3509  Altronate dehydratase  33.4 
 
 		 496 aa  276  9e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0531  Altronate dehydratase  33.53 
 
 		 496 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>