242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3225 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  79.6 
 
 		 500 aa  788    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  79.39 
 
 		 500 aa  792    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  100 
 
 		 501 aa  1013    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  60.27 
 
 		 500 aa  597  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  61.6 
 
 		 500 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  59.84 
 
 		 500 aa  588  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  56.86 
 
 		 513 aa  560  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  55.71 
 
 		 508 aa  545  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  54.72 
 
 		 508 aa  533  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  55.58 
 
 		 517 aa  534  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  53.56 
 
 		 533 aa  522  1e-147  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  52.87 
 
 		 515 aa  519  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  55.03 
 
 		 511 aa  520  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  53.35 
 
 		 509 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  53.39 
 
 		 507 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  53.83 
 
 		 507 aa  515  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  53.74 
 
 		 507 aa  511  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  53.61 
 
 		 507 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  55.21 
 
 		 538 aa  513  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  53.27 
 
 		 523 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  53.25 
 
 		 507 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  53.25 
 
 		 507 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  54.94 
 
 		 516 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  53.02 
 
 		 508 aa  510  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  53.29 
 
 		 514 aa  507  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  53.85 
 
 		 523 aa  508  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  52.41 
 
 		 510 aa  506  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  52.95 
 
 		 523 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  53.75 
 
 		 513 aa  503  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  52.29 
 
 		 509 aa  503  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  52.89 
 
 		 514 aa  503  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  53.37 
 
 		 513 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  52.37 
 
 		 508 aa  500  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  52.1 
 
 		 510 aa  501  1e-140  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  53.37 
 
 		 513 aa  501  1e-140  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  53.17 
 
 		 507 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  52.58 
 
 		 507 aa  495  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  52.09 
 
 		 508 aa  496  1e-139  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  53.17 
 
 		 513 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  52.07 
 
 		 510 aa  494  9.999999999999999e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  52.1 
 
 		 514 aa  493  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  50.79 
 
 		 508 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  51.79 
 
 		 508 aa  482  1e-135  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  50.89 
 
 		 508 aa  479  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  52.06 
 
 		 509 aa  476  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  50.3 
 
 		 507 aa  474  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  50.39 
 
 		 510 aa  474  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  52.17 
 
 		 512 aa  469  1.0000000000000001e-131  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  50.2 
 
 		 525 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  47.63 
 
 		 526 aa  468  9.999999999999999e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  49.7 
 
 		 519 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  51.21 
 
 		 507 aa  467  9.999999999999999e-131  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  51.41 
 
 		 509 aa  463  1e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  49.62 
 
 		 533 aa  459  9.999999999999999e-129  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  49.9 
 
 		 507 aa  455  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  48.4 
 
 		 515 aa  457  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  47.79 
 
 		 509 aa  457  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  41.89 
 
 		 514 aa  333  3e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3043  Altronate dehydratase  41.3 
 
 		 500 aa  316  6e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.551416  normal  0.217859 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  36.4 
 
 		 505 aa  310  5e-83  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0228  D-altronate dehydratase  40.43 
 
 		 503 aa  308  1.0000000000000001e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  40.32 
 
 		 498 aa  308  2.0000000000000002e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  37.4 
 
 		 524 aa  301  2e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  37.47 
 
 		 512 aa  299  8e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3512  D-altronate dehydratase  41.09 
 
 		 507 aa  296  5e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  37.68 
 
 		 524 aa  296  6e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  36.51 
 
 		 524 aa  296  8e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  37.15 
 
 		 518 aa  293  4e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  36.51 
 
 		 524 aa  293  7e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  36.24 
 
 		 523 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  38.95 
 
 		 517 aa  292  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  36.24 
 
 		 523 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  36.24 
 
 		 523 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  36.24 
 
 		 523 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  39.24 
 
 		 516 aa  290  3e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  36.04 
 
 		 523 aa  290  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  36.04 
 
 		 523 aa  290  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  38.95 
 
 		 517 aa  290  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  38.53 
 
 		 517 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  36.04 
 
 		 523 aa  289  9e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  35.84 
 
 		 523 aa  289  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  33.74 
 
 		 493 aa  289  1e-76  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  36.71 
 
 		 533 aa  288  1e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  35.84 
 
 		 523 aa  288  1e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.648393 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  35.84 
 
 		 523 aa  289  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  36.73 
 
 		 513 aa  288  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  37.33 
 
 		 533 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  35.84 
 
 		 523 aa  288  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  37.33 
 
 		 533 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  37.95 
 
 		 517 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  38.4 
 
 		 534 aa  286  4e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  36.76 
 
 		 517 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  35.64 
 
 		 523 aa  286  5e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4320  Altronate dehydratase  35.36 
 
 		 496 aa  286  8e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  37.95 
 
 		 517 aa  286  8e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  35.9 
 
 		 564 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3601  D-galactarate dehydratase, putative  37.31 
 
 		 517 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0830  galactarate dehydratase  38.62 
 
 		 517 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  37.72 
 
 		 530 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0493  altronate dehydratase  35.33 
 
 		 496 aa  280  3e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>