233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3898 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  100 
 
 		 510 aa  1043    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  56.49 
 
 		 507 aa  567  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  55.99 
 
 		 517 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  56.86 
 
 		 538 aa  562  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  57.23 
 
 		 516 aa  558  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  55.72 
 
 		 533 aa  541  9.999999999999999e-153  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  52.96 
 
 		 510 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  53.2 
 
 		 508 aa  531  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  53.28 
 
 		 514 aa  531  1e-149  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  50.3 
 
 		 509 aa  528  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  52.44 
 
 		 508 aa  530  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  52.65 
 
 		 508 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  52.67 
 
 		 508 aa  531  1e-149  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  51.68 
 
 		 523 aa  528  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  53.08 
 
 		 514 aa  529  1e-149  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  53.59 
 
 		 509 aa  526  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  51.98 
 
 		 514 aa  527  1e-148  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  51.19 
 
 		 513 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  50.89 
 
 		 523 aa  520  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  50.99 
 
 		 513 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  50.79 
 
 		 513 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  50.49 
 
 		 508 aa  516  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  51.44 
 
 		 513 aa  513  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  49.61 
 
 		 508 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  53.06 
 
 		 512 aa  506  9.999999999999999e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  51.98 
 
 		 523 aa  506  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  52.49 
 
 		 500 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  52.49 
 
 		 500 aa  502  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  51.56 
 
 		 507 aa  501  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  51.08 
 
 		 507 aa  496  1e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  51.69 
 
 		 500 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  50.1 
 
 		 515 aa  496  1e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  50.4 
 
 		 508 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  49.6 
 
 		 515 aa  493  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  52.07 
 
 		 501 aa  494  9.999999999999999e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  50.5 
 
 		 513 aa  491  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  49.7 
 
 		 510 aa  484  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  50 
 
 		 510 aa  483  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  50 
 
 		 519 aa  478  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  50 
 
 		 507 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  50.84 
 
 		 525 aa  481  1e-134  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  49.3 
 
 		 507 aa  480  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  50.2 
 
 		 507 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  50.2 
 
 		 500 aa  478  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  49.8 
 
 		 500 aa  475  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  51.09 
 
 		 511 aa  474  1e-132  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  48.33 
 
 		 533 aa  474  1e-132  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  47.91 
 
 		 507 aa  468  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  48.71 
 
 		 509 aa  470  1.0000000000000001e-131  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  49.22 
 
 		 507 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  49.12 
 
 		 507 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  49.12 
 
 		 507 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  48.47 
 
 		 508 aa  462  1e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  47.32 
 
 		 509 aa  458  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  47.71 
 
 		 509 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  48.22 
 
 		 507 aa  451  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  45.73 
 
 		 526 aa  447  1.0000000000000001e-124  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  38.7 
 
 		 517 aa  317  4e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  36.84 
 
 		 493 aa  315  1.9999999999999998e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  37.4 
 
 		 518 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  37.6 
 
 		 524 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  38.81 
 
 		 513 aa  305  9.000000000000001e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0691  Altronate dehydratase  36.75 
 
 		 496 aa  305  2.0000000000000002e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1138  galactarate dehydratase  38.28 
 
 		 523 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  38.05 
 
 		 514 aa  304  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  38.51 
 
 		 530 aa  302  9e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  36.6 
 
 		 524 aa  301  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  36.4 
 
 		 523 aa  301  2e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  37.68 
 
 		 564 aa  300  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4320  Altronate dehydratase  36.66 
 
 		 496 aa  300  4e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  36.2 
 
 		 523 aa  300  5e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  36.2 
 
 		 523 aa  300  5e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.648393 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  36.2 
 
 		 523 aa  300  6e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  36.2 
 
 		 523 aa  300  6e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  36.2 
 
 		 523 aa  299  7e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  36.2 
 
 		 523 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  36 
 
 		 523 aa  298  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3509  Altronate dehydratase  37.4 
 
 		 496 aa  298  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3527  altronate dehydratase  37.7 
 
 		 495 aa  298  2e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3559  altronate dehydratase  37.7 
 
 		 495 aa  297  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3383  altronate dehydratase  38.24 
 
 		 495 aa  297  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6828  Altronate dehydratase  35.33 
 
 		 548 aa  296  5e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  36.57 
 
 		 533 aa  296  6e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0748  Altronate dehydratase  35.44 
 
 		 496 aa  296  7e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02960  altronate hydrolase  37.5 
 
 		 495 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02911  hypothetical protein  37.5 
 
 		 495 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4406  altronate dehydratase  37.5 
 
 		 495 aa  295  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.731196 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0609  Altronate dehydratase  37.5 
 
 		 495 aa  295  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  37.3 
 
 		 534 aa  295  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3274  altronate dehydratase  37.5 
 
 		 495 aa  295  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0610  Altronate dehydratase  37.5 
 
 		 495 aa  294  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  37.88 
 
 		 516 aa  294  2e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  36.83 
 
 		 533 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  36.83 
 
 		 533 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  36.15 
 
 		 533 aa  294  3e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0493  altronate dehydratase  35.64 
 
 		 496 aa  292  8e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  36.2 
 
 		 523 aa  292  9e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  36.2 
 
 		 523 aa  292  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  36.2 
 
 		 523 aa  292  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  36.2 
 
 		 523 aa  292  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>