227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1952 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  78.9 
 
 		 519 aa  830    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  81.85 
 
 		 507 aa  869    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  100 
 
 		 507 aa  1043    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  84.78 
 
 		 510 aa  887    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  86.56 
 
 		 509 aa  908    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  85.54 
 
 		 509 aa  886    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  80.83 
 
 		 507 aa  852    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  62.3 
 
 		 515 aa  673    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  71.74 
 
 		 509 aa  753    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  54.79 
 
 		 508 aa  582  1.0000000000000001e-165  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  55.42 
 
 		 523 aa  572  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  54.74 
 
 		 513 aa  568  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  54.13 
 
 		 513 aa  565  1e-160  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  55.01 
 
 		 523 aa  567  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  55.05 
 
 		 523 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  53.23 
 
 		 508 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  53.23 
 
 		 509 aa  556  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  53.25 
 
 		 508 aa  557  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  55.23 
 
 		 515 aa  552  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  53.16 
 
 		 508 aa  548  1e-155  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  52.95 
 
 		 510 aa  545  1e-154  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  52.65 
 
 		 513 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  52.89 
 
 		 509 aa  545  1e-153  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  53.07 
 
 		 533 aa  544  1e-153  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  51.09 
 
 		 514 aa  542  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  52.4 
 
 		 514 aa  538  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  52.46 
 
 		 513 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  52.67 
 
 		 508 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  52.46 
 
 		 513 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  51.09 
 
 		 508 aa  538  1e-151  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  53.82 
 
 		 507 aa  537  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  52.35 
 
 		 517 aa  533  1e-150  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  52.2 
 
 		 514 aa  535  1e-150  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  52.76 
 
 		 507 aa  534  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  52.75 
 
 		 507 aa  526  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  52.85 
 
 		 508 aa  521  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  53.95 
 
 		 507 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  51.68 
 
 		 516 aa  512  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  52.65 
 
 		 538 aa  514  1e-144  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  52.25 
 
 		 507 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  52.96 
 
 		 507 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  52.33 
 
 		 510 aa  506  9.999999999999999e-143  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  52.26 
 
 		 507 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  52.26 
 
 		 507 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  52.58 
 
 		 511 aa  507  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  50.29 
 
 		 512 aa  486  1e-136  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  48.1 
 
 		 508 aa  469  1.0000000000000001e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  47.91 
 
 		 510 aa  468  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  49.27 
 
 		 525 aa  466  9.999999999999999e-131  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  48.9 
 
 		 500 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  48.5 
 
 		 500 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  47.19 
 
 		 533 aa  457  1e-127  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  48.5 
 
 		 500 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  49.9 
 
 		 501 aa  455  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  45.7 
 
 		 526 aa  445  1e-123  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  47.62 
 
 		 500 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  47.42 
 
 		 500 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  39.92 
 
 		 498 aa  306  5.0000000000000004e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1998  galactarate dehydratase  35.91 
 
 		 520 aa  287  2e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257982  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0207  Altronate dehydratase  39.5 
 
 		 390 aa  288  2e-76  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  36.97 
 
 		 518 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4865  galactarate dehydratase  34.17 
 
 		 529 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0784645  normal  0.0391217 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  33.73 
 
 		 505 aa  283  5.000000000000001e-75  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  35.63 
 
 		 533 aa  283  6.000000000000001e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  35.77 
 
 		 524 aa  283  6.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  38.1 
 
 		 514 aa  282  8.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  37.58 
 
 		 517 aa  282  8.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  35.11 
 
 		 524 aa  282  8.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3104  galactarate dehydratase  34.31 
 
 		 548 aa  282  1e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2595  galactarate dehydratase  35.61 
 
 		 518 aa  280  3e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.865762  normal  0.097428 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  34.7 
 
 		 533 aa  279  7e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  34.7 
 
 		 533 aa  279  7e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  37.27 
 
 		 517 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  36.44 
 
 		 516 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  34.86 
 
 		 533 aa  278  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  34.14 
 
 		 493 aa  278  2e-73  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  36.71 
 
 		 517 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  35.18 
 
 		 524 aa  276  5e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  34.66 
 
 		 523 aa  276  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  37.2 
 
 		 530 aa  276  8e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  37.07 
 
 		 517 aa  276  9e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  34.66 
 
 		 523 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  34.66 
 
 		 523 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  34.66 
 
 		 523 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1138  galactarate dehydratase  34.93 
 
 		 523 aa  274  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  35.35 
 
 		 513 aa  274  3e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3601  D-galactarate dehydratase, putative  36.87 
 
 		 517 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  34.86 
 
 		 564 aa  273  6e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1597  galactarate dehydratase  34.26 
 
 		 532 aa  272  1e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  34.58 
 
 		 524 aa  271  2e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  35.56 
 
 		 517 aa  270  5e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0256  galactarate dehydratase  33.8 
 
 		 521 aa  270  5e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.808997  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1721  galactarate dehydratase  33.33 
 
 		 529 aa  270  5e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0799571  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3690  galactarate dehydratase  33.87 
 
 		 524 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  34.52 
 
 		 512 aa  269  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  33.87 
 
 		 523 aa  268  1e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1161  Altronate dehydratase  31.99 
 
 		 550 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0333  galactarate dehydratase  33.93 
 
 		 517 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  35.76 
 
 		 517 aa  266  5e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  33.87 
 
 		 523 aa  266  5e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>