228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_6599 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  60.75 
 
 		 508 aa  644    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  63.12 
 
 		 508 aa  662    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  60.82 
 
 		 513 aa  639    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  100 
 
 		 516 aa  1041    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  65.75 
 
 		 538 aa  686    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  93.42 
 
 		 517 aa  982    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  68.3 
 
 		 507 aa  710    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  58.35 
 
 		 523 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  57.7 
 
 		 523 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  57.93 
 
 		 513 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  57.97 
 
 		 533 aa  600  1e-170  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  57.73 
 
 		 513 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  57.23 
 
 		 509 aa  597  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  57.73 
 
 		 513 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  57 
 
 		 515 aa  586  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  57.65 
 
 		 507 aa  585  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  55.29 
 
 		 508 aa  582  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  57.06 
 
 		 508 aa  584  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  55.03 
 
 		 508 aa  580  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  54.28 
 
 		 508 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  56.15 
 
 		 523 aa  577  1.0000000000000001e-163  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  57.34 
 
 		 507 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  56.25 
 
 		 513 aa  560  1e-158  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  55.6 
 
 		 510 aa  561  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  54.06 
 
 		 514 aa  556  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  54.26 
 
 		 514 aa  551  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  54.67 
 
 		 509 aa  550  1e-155  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  54.15 
 
 		 510 aa  551  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  53.86 
 
 		 514 aa  547  1e-154  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  56.45 
 
 		 525 aa  542  1e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  56.21 
 
 		 512 aa  533  1e-150  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  52.37 
 
 		 515 aa  535  1e-150  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  54.76 
 
 		 507 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  54.76 
 
 		 507 aa  530  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  52.28 
 
 		 509 aa  525  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  54.6 
 
 		 507 aa  525  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  52.05 
 
 		 510 aa  525  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  54.88 
 
 		 501 aa  525  1e-148  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  51.77 
 
 		 508 aa  521  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  51.68 
 
 		 507 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  52.86 
 
 		 500 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  53.58 
 
 		 511 aa  520  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  51.28 
 
 		 519 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  51.29 
 
 		 507 aa  518  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  50.59 
 
 		 507 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  52.47 
 
 		 500 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  51.77 
 
 		 507 aa  508  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  51.88 
 
 		 509 aa  509  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  52.86 
 
 		 500 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  51.77 
 
 		 507 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  51.5 
 
 		 533 aa  499  1e-140  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  51.15 
 
 		 510 aa  496  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  52.37 
 
 		 500 aa  491  1e-137  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  51.98 
 
 		 500 aa  485  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  47.65 
 
 		 509 aa  478  1e-133  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  48.53 
 
 		 508 aa  471  1.0000000000000001e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  46.36 
 
 		 526 aa  464  1e-129  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  40.73 
 
 		 518 aa  341  2e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  41.14 
 
 		 513 aa  341  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  41.75 
 
 		 517 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1998  galactarate dehydratase  40.28 
 
 		 520 aa  333  4e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257982  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  42.16 
 
 		 530 aa  332  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  38.99 
 
 		 524 aa  325  1e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  38.37 
 
 		 533 aa  325  1e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  38.66 
 
 		 524 aa  325  2e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  35.81 
 
 		 505 aa  323  5e-87  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  40.49 
 
 		 534 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  39.84 
 
 		 523 aa  320  5e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  40.61 
 
 		 516 aa  320  5e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  39.84 
 
 		 523 aa  319  6e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  39.84 
 
 		 523 aa  319  7e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  39.84 
 
 		 523 aa  319  7e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  39.84 
 
 		 523 aa  319  7.999999999999999e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  38.37 
 
 		 524 aa  319  9e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  38.82 
 
 		 514 aa  318  1e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  39.84 
 
 		 523 aa  318  1e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  39.63 
 
 		 523 aa  317  2e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  39.63 
 
 		 523 aa  318  2e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.648393 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  37.77 
 
 		 524 aa  317  4e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  38.6 
 
 		 533 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  39.43 
 
 		 523 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  39.43 
 
 		 523 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  39.43 
 
 		 523 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  39.43 
 
 		 523 aa  313  4.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3570  galactarate dehydratase  39.02 
 
 		 523 aa  311  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.631935 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1721  galactarate dehydratase  38.07 
 
 		 529 aa  310  2.9999999999999997e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0799571  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  38.75 
 
 		 564 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4865  galactarate dehydratase  35.95 
 
 		 529 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0784645  normal  0.0391217 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  37.58 
 
 		 517 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1597  galactarate dehydratase  36.77 
 
 		 532 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  37.78 
 
 		 517 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  39.04 
 
 		 517 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  38.78 
 
 		 517 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1138  galactarate dehydratase  40 
 
 		 523 aa  306  6e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  33.74 
 
 		 493 aa  306  8.000000000000001e-82  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3601  D-galactarate dehydratase, putative  38.6 
 
 		 517 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  38 
 
 		 533 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  38 
 
 		 533 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  38.71 
 
 		 517 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2595  galactarate dehydratase  38.48 
 
 		 518 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.865762  normal  0.097428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>