240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5795 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  70.38 
 
 
513 aa  736    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  70.58 
 
 
513 aa  739    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  69.16 
 
 
515 aa  738    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  77.09 
 
 
509 aa  816    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  68.64 
 
 
508 aa  739    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  67.39 
 
 
508 aa  721    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  69.03 
 
 
513 aa  727    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  68.64 
 
 
508 aa  729    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  100 
 
 
523 aa  1071    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  91.4 
 
 
523 aa  983    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  70.78 
 
 
513 aa  740    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  59.77 
 
 
517 aa  631  1e-179  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  61.81 
 
 
507 aa  630  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  61.26 
 
 
507 aa  624  1e-178  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  58.99 
 
 
533 aa  622  1e-177  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  59.06 
 
 
507 aa  617  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  57.25 
 
 
508 aa  609  1e-173  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  58.43 
 
 
538 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  58.9 
 
 
516 aa  601  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  55.88 
 
 
508 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  58.38 
 
 
523 aa  593  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  60.31 
 
 
511 aa  589  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  55.29 
 
 
508 aa  585  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  56.53 
 
 
509 aa  581  1.0000000000000001e-165  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  56.56 
 
 
508 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  55.62 
 
 
519 aa  579  1e-164  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  56.24 
 
 
507 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  55.01 
 
 
510 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  56.8 
 
 
507 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  55.4 
 
 
510 aa  574  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  53.56 
 
 
515 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  56.23 
 
 
513 aa  571  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  56.8 
 
 
507 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  55.01 
 
 
507 aa  567  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  54.65 
 
 
507 aa  561  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  54.78 
 
 
514 aa  560  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  53.24 
 
 
509 aa  553  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  53.53 
 
 
509 aa  551  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  54.56 
 
 
514 aa  547  1e-154  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  53.82 
 
 
509 aa  547  1e-154  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  53.75 
 
 
507 aa  544  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  55.04 
 
 
512 aa  543  1e-153  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  54.37 
 
 
514 aa  544  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  54.39 
 
 
510 aa  539  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  53.86 
 
 
525 aa  539  9.999999999999999e-153  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  53.36 
 
 
507 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  53.36 
 
 
507 aa  536  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  51.68 
 
 
510 aa  528  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  52.26 
 
 
508 aa  516  1.0000000000000001e-145  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  53.27 
 
 
501 aa  510  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  50.89 
 
 
500 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  50.93 
 
 
533 aa  506  9.999999999999999e-143  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  50.7 
 
 
500 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  50.89 
 
 
500 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  51.19 
 
 
500 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  50.1 
 
 
500 aa  478  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  46.46 
 
 
526 aa  467  9.999999999999999e-131  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  39.76 
 
 
533 aa  332  8e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  39.26 
 
 
518 aa  332  1e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  39.15 
 
 
524 aa  330  3e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  39.15 
 
 
524 aa  330  4e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  39.41 
 
 
523 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  43.17 
 
 
516 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  39.41 
 
 
523 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  39.41 
 
 
523 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  39.41 
 
 
523 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  39.41 
 
 
523 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  38.95 
 
 
524 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  39.41 
 
 
523 aa  327  3e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.648393 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  39.41 
 
 
523 aa  327  3e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  39.41 
 
 
523 aa  327  3e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  40.36 
 
 
513 aa  326  8.000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  40.28 
 
 
498 aa  325  9e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  39.49 
 
 
533 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  39.49 
 
 
533 aa  325  1e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  39.96 
 
 
564 aa  324  2e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  39.39 
 
 
533 aa  324  3e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  40.32 
 
 
517 aa  324  3e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  39.72 
 
 
524 aa  324  3e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  40 
 
 
523 aa  323  4e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  40 
 
 
523 aa  323  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  40 
 
 
523 aa  323  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  40 
 
 
523 aa  323  5e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1998  galactarate dehydratase  40.2 
 
 
520 aa  323  6e-87  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257982  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  36.62 
 
 
493 aa  322  9.999999999999999e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  41.62 
 
 
530 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  39.52 
 
 
514 aa  319  7e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0256  galactarate dehydratase  39.8 
 
 
521 aa  319  7.999999999999999e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.808997  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  37.38 
 
 
512 aa  319  9e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  41.28 
 
 
534 aa  318  2e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  39.84 
 
 
517 aa  317  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  34.69 
 
 
505 aa  315  9e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  40.4 
 
 
517 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  41.08 
 
 
517 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3570  galactarate dehydratase  39.21 
 
 
523 aa  313  4.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.631935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0830  galactarate dehydratase  39.61 
 
 
517 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15069  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1721  galactarate dehydratase  38.03 
 
 
529 aa  308  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0799571  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2595  galactarate dehydratase  38.25 
 
 
518 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.865762  normal  0.097428 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  40.64 
 
 
517 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3104  galactarate dehydratase  37.67 
 
 
548 aa  307  3e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>