242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2068 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  100 
 
 		 511 aa  1035    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  63.35 
 
 		 508 aa  642    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  63.1 
 
 		 507 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  63.1 
 
 		 507 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  63.04 
 
 		 507 aa  626  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  63.04 
 
 		 507 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  63.1 
 
 		 507 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  61.18 
 
 		 509 aa  620  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  60.78 
 
 		 508 aa  620  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  60.31 
 
 		 523 aa  616  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  59.61 
 
 		 508 aa  615  1e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  61.3 
 
 		 513 aa  611  9.999999999999999e-175  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  60.59 
 
 		 523 aa  608  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  60.95 
 
 		 513 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  61.14 
 
 		 513 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  57.38 
 
 		 533 aa  604  1.0000000000000001e-171  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  59.24 
 
 		 508 aa  598  1e-170  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  60.55 
 
 		 513 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  59.65 
 
 		 515 aa  597  1e-169  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  57.56 
 
 		 508 aa  584  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  58.74 
 
 		 507 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  59.25 
 
 		 513 aa  580  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  58.14 
 
 		 507 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  57.79 
 
 		 523 aa  569  1e-161  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  57.89 
 
 		 538 aa  568  1e-161  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  58.46 
 
 		 514 aa  565  1e-160  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  57.09 
 
 		 514 aa  566  1e-160  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  57.28 
 
 		 507 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  58.27 
 
 		 514 aa  563  1.0000000000000001e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  56.04 
 
 		 507 aa  559  1e-158  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  55.25 
 
 		 509 aa  555  1e-157  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  54.79 
 
 		 517 aa  555  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  55.95 
 
 		 507 aa  549  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  53.54 
 
 		 519 aa  544  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  53.23 
 
 		 510 aa  541  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  55.58 
 
 		 501 aa  543  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  54.08 
 
 		 508 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  54.47 
 
 		 510 aa  540  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  55.14 
 
 		 510 aa  535  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  54.92 
 
 		 516 aa  536  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  52.58 
 
 		 508 aa  534  1e-150  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  52.18 
 
 		 509 aa  534  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  54.29 
 
 		 512 aa  529  1e-149  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  52.78 
 
 		 509 aa  529  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  54.96 
 
 		 508 aa  527  1e-148  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  52.58 
 
 		 507 aa  525  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  53.77 
 
 		 509 aa  527  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  51.09 
 
 		 515 aa  526  1e-148  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  53.07 
 
 		 525 aa  520  1e-146  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  54.87 
 
 		 500 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  54.87 
 
 		 500 aa  513  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  52.17 
 
 		 500 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  52.17 
 
 		 500 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  51.98 
 
 		 500 aa  503  1e-141  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  51.57 
 
 		 510 aa  500  1e-140  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  50.57 
 
 		 533 aa  493  9.999999999999999e-139  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  48.95 
 
 		 526 aa  494  9.999999999999999e-139  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  41.94 
 
 		 498 aa  334  2e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  39.92 
 
 		 524 aa  334  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  40.48 
 
 		 514 aa  332  8e-90  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  42.54 
 
 		 530 aa  330  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  41.82 
 
 		 516 aa  330  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  36.36 
 
 		 505 aa  328  1.0000000000000001e-88  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  39.12 
 
 		 524 aa  322  9.000000000000001e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  39.57 
 
 		 524 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  42.16 
 
 		 517 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  42.18 
 
 		 534 aa  319  6e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  39.88 
 
 		 533 aa  318  1e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  38.98 
 
 		 524 aa  318  1e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  40.55 
 
 		 517 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  38.03 
 
 		 533 aa  317  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  36.38 
 
 		 493 aa  317  3e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  40.7 
 
 		 518 aa  317  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  40.34 
 
 		 517 aa  317  4e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  40.12 
 
 		 517 aa  316  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  39.39 
 
 		 513 aa  316  8e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  39.16 
 
 		 523 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  39.16 
 
 		 523 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  39.16 
 
 		 523 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  39.16 
 
 		 523 aa  315  1.9999999999999998e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3043  Altronate dehydratase  40 
 
 		 500 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.551416  normal  0.217859 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3601  D-galactarate dehydratase, putative  39.92 
 
 		 517 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271934  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  39.2 
 
 		 533 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  39.2 
 
 		 533 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  38.55 
 
 		 523 aa  311  1e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  38.76 
 
 		 523 aa  312  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  38.55 
 
 		 523 aa  311  2e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  38.55 
 
 		 523 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  38.55 
 
 		 523 aa  310  4e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  38.55 
 
 		 523 aa  310  4e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.648393 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  38.55 
 
 		 523 aa  310  4e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  35.59 
 
 		 512 aa  310  5e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  38.35 
 
 		 523 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  40.2 
 
 		 564 aa  307  3e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1735  Altronate dehydratase  37.66 
 
 		 546 aa  305  9.000000000000001e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.969827  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0748  Altronate dehydratase  36.27 
 
 		 496 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3383  altronate dehydratase  38.04 
 
 		 495 aa  305  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3527  altronate dehydratase  38.04 
 
 		 495 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1138  galactarate dehydratase  38.2 
 
 		 523 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3559  altronate dehydratase  38.04 
 
 		 495 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>