240 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0531 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02960  altronate hydrolase  80.89 
 
 		 495 aa  838    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0531  Altronate dehydratase  100 
 
 		 496 aa  1031    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0610  Altronate dehydratase  80.89 
 
 		 495 aa  838    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4320  Altronate dehydratase  85.69 
 
 		 496 aa  894    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0748  Altronate dehydratase  98.39 
 
 		 496 aa  1016    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3559  altronate dehydratase  81.1 
 
 		 495 aa  840    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1102  altronate hydrolase  85.89 
 
 		 496 aa  891    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3383  altronate dehydratase  80.89 
 
 		 495 aa  838    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3509  Altronate dehydratase  88.51 
 
 		 496 aa  921    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3274  altronate dehydratase  80.89 
 
 		 495 aa  838    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0556  Altronate dehydratase  85.89 
 
 		 496 aa  891    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.370951  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0493  altronate dehydratase  86.09 
 
 		 496 aa  895    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02911  hypothetical protein  80.89 
 
 		 495 aa  838    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0609  Altronate dehydratase  80.89 
 
 		 495 aa  838    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3383  Altronate dehydratase  88.91 
 
 		 496 aa  923    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3545  D-altronate dehydratase  81.71 
 
 		 495 aa  838    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.444536 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3527  altronate dehydratase  80.69 
 
 		 495 aa  838    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0691  Altronate dehydratase  60.97 
 
 		 496 aa  642    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4406  altronate dehydratase  80.89 
 
 		 495 aa  838    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.731196 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2740  Altronate dehydratase  53.29 
 
 		 493 aa  554  1e-156  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000642568  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1575  Altronate dehydratase  50.3 
 
 		 498 aa  497  1e-139  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0800  Altronate dehydratase  47.89 
 
 		 512 aa  489  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1754  Altronate dehydratase  50.1 
 
 		 514 aa  491  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3043  Altronate dehydratase  47.38 
 
 		 500 aa  455  1e-127  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.551416  normal  0.217859 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0228  D-altronate dehydratase  48.28 
 
 		 503 aa  438  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3512  D-altronate dehydratase  46.92 
 
 		 507 aa  438  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  37.7 
 
 		 533 aa  298  1e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  35.31 
 
 		 500 aa  296  6e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  35.11 
 
 		 500 aa  294  3e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  34.91 
 
 		 500 aa  292  8e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1749  Altronate dehydratase  35.93 
 
 		 510 aa  290  3e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.548358  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  35.44 
 
 		 510 aa  290  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07160  altronate dehydratase  36.88 
 
 		 508 aa  289  7e-77  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0589773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  35.86 
 
 		 511 aa  286  5e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6828  Altronate dehydratase  34.72 
 
 		 548 aa  286  5.999999999999999e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  34.75 
 
 		 513 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  34.88 
 
 		 513 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  33.88 
 
 		 508 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  34.18 
 
 		 508 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  34.55 
 
 		 513 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  35.16 
 
 		 514 aa  283  4.0000000000000003e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  34.82 
 
 		 526 aa  282  8.000000000000001e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  34.69 
 
 		 517 aa  282  1e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  35.16 
 
 		 514 aa  282  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  35.23 
 
 		 508 aa  280  4e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  36.96 
 
 		 512 aa  280  6e-74  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1735  Altronate dehydratase  33.77 
 
 		 546 aa  279  6e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.969827  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  37.01 
 
 		 525 aa  278  1e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  35.81 
 
 		 507 aa  277  4e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6103  D-galactarate dehydratase  33.53 
 
 		 510 aa  275  1.0000000000000001e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  36.06 
 
 		 507 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  36.06 
 
 		 507 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  34.97 
 
 		 509 aa  274  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  35.23 
 
 		 507 aa  274  3e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3225  Altronate dehydratase  34.77 
 
 		 501 aa  274  3e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  35.53 
 
 		 516 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  35.98 
 
 		 507 aa  273  6e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  33.74 
 
 		 507 aa  272  8.000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  34.21 
 
 		 514 aa  272  9e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  34 
 
 		 508 aa  272  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  34.62 
 
 		 507 aa  272  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4785  Altronate dehydratase  34.23 
 
 		 551 aa  271  2e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.241325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1064  altronate hydrolase  34.7 
 
 		 505 aa  271  2e-71  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.343724  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  33.8 
 
 		 513 aa  271  2e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  35.1 
 
 		 515 aa  271  2.9999999999999997e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4258  Altronate dehydratase  33.02 
 
 		 540 aa  270  5e-71  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.350711  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  32.93 
 
 		 509 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  33.6 
 
 		 523 aa  269  8e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4671  Altronate dehydratase  33.33 
 
 		 523 aa  269  1e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  33.33 
 
 		 508 aa  267  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  34.05 
 
 		 533 aa  265  1e-69  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  33.4 
 
 		 523 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  32.24 
 
 		 508 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  33.13 
 
 		 538 aa  264  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  32.8 
 
 		 508 aa  263  6e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  34.57 
 
 		 507 aa  263  6.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1615  putative altronate hydrolase (ALTRONIC acid hydratase) protein  32.86 
 
 		 519 aa  262  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.135092  normal  0.0340906 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0416  Altronate dehydratase  32.68 
 
 		 582 aa  260  4e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.9023 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  32.68 
 
 		 515 aa  259  1e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1161  Altronate dehydratase  30.98 
 
 		 550 aa  258  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  32.8 
 
 		 513 aa  257  3e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5503  Altronate dehydratase  30.73 
 
 		 554 aa  257  4e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0031137 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  32.79 
 
 		 509 aa  252  1e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  32.52 
 
 		 507 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5737  Altronate dehydratase  31.08 
 
 		 551 aa  247  3e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10366 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  33.47 
 
 		 507 aa  246  9e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1952  Galactarate dehydratase  33.2 
 
 		 507 aa  245  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0154  Altronate dehydratase  34.13 
 
 		 500 aa  243  5e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0475003  normal  0.0157822 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3576  Altronate dehydratase  33.27 
 
 		 510 aa  243  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.190933 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4019  Altronate dehydratase  31.65 
 
 		 552 aa  243  6e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0160  Galactarate dehydratase  34 
 
 		 500 aa  242  9e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00621613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  33.06 
 
 		 509 aa  241  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0495  Altronate dehydratase  32.59 
 
 		 509 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1451  altronate hydrolase  33.08 
 
 		 388 aa  237  3e-61  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0207  Altronate dehydratase  35.73 
 
 		 390 aa  231  3e-59  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  32.79 
 
 		 516 aa  223  9e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3275  Altronate dehydratase  34.95 
 
 		 385 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.549273  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  31.26 
 
 		 564 aa  220  5e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  32.31 
 
 		 530 aa  218  1e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  32.83 
 
 		 517 aa  218  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>