201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1721 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011353  ECH74115_4442  galactarate dehydratase  62.6 
 
 		 523 aa  686    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.648393 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02993  (D)-galactarate dehydrogenase  62.6 
 
 		 523 aa  685    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0577  galactarate dehydratase  62.4 
 
 		 523 aa  683    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3425  galactarate dehydratase  63.01 
 
 		 523 aa  684    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3601  D-galactarate dehydratase, putative  63.62 
 
 		 517 aa  669    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.271934  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0830  D-galactarate dehydratase  66.09 
 
 		 533 aa  698    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.107434 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4547  D-galactarate dehydratase  64.56 
 
 		 517 aa  676    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.457968  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4225  galactarate dehydratase  64.56 
 
 		 517 aa  678    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2315  galactarate dehydratase  63.62 
 
 		 517 aa  669    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.761535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05250  D-galactarate dehydratase  65.08 
 
 		 517 aa  679    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3690  galactarate dehydratase  78.78 
 
 		 524 aa  838    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0572  galactarate dehydratase  62.6 
 
 		 523 aa  684    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0830  galactarate dehydratase  66.67 
 
 		 517 aa  698    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.15069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0333  galactarate dehydratase  76.53 
 
 		 517 aa  788    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0190  D-galactarate dehydratase  64.29 
 
 		 564 aa  679    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4952  galactarate dehydratase  76.72 
 
 		 517 aa  786    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.966649  normal  0.0126934 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3104  galactarate dehydratase  86.42 
 
 		 548 aa  937    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1801  galactarate dehydratase  75.33 
 
 		 529 aa  795    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.335556  hitchhiker  0.00101481 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2484  galactarate dehydratase  86.5 
 
 		 533 aa  930    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000132334 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4448  galactarate dehydratase  66.28 
 
 		 533 aa  696    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0860733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0840  galactarate dehydratase  61.73 
 
 		 524 aa  684    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4734  galactarate dehydratase  79.54 
 
 		 530 aa  855    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.481286  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4865  galactarate dehydratase  74.95 
 
 		 529 aa  808    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0784645  normal  0.0391217 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3050  galactarate dehydratase  76.72 
 
 		 517 aa  785    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1721  galactarate dehydratase  100 
 
 		 529 aa  1080    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0799571  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4675  galactarate dehydratase  76.34 
 
 		 517 aa  789    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.654315 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5316  galactarate dehydratase  76.72 
 
 		 517 aa  785    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.522817 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3558  galactarate dehydratase  63.53 
 
 		 524 aa  696    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2595  galactarate dehydratase  87.91 
 
 		 518 aa  918    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.865762  normal  0.097428 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1597  galactarate dehydratase  85.53 
 
 		 532 aa  934    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1998  galactarate dehydratase  87.05 
 
 		 520 aa  930    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.257982  normal  0.434412 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1138  galactarate dehydratase  76 
 
 		 523 aa  814    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2816  galactarate dehydratase  62.86 
 
 		 517 aa  658    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0628742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3265  galactarate dehydratase  67.18 
 
 		 530 aa  690    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.133789 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1778  galactarate dehydratase  65.83 
 
 		 534 aa  697    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479447  normal  0.643906 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3513  galactarate dehydratase  64.16 
 
 		 523 aa  692    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3570  galactarate dehydratase  63.97 
 
 		 523 aa  691    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.631935 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1218  galactarate dehydratase  64.52 
 
 		 518 aa  682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0502126  normal  0.0293032 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3550  galactarate dehydratase  64.16 
 
 		 523 aa  692    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0864027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6382  galactarate dehydratase  74.81 
 
 		 530 aa  801    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.695023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6490  (D)-galactarate dehydrogenase  66.73 
 
 		 513 aa  715    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3100  galactarate dehydratase  63.24 
 
 		 517 aa  665    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3398  galactarate dehydratase  62.76 
 
 		 524 aa  691    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0806  galactarate dehydratase  63.33 
 
 		 524 aa  701    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5203  galactarate dehydratase  76.34 
 
 		 517 aa  786    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.175909 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3444  galactarate dehydratase  64.16 
 
 		 523 aa  692    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4582  galactarate dehydratase  66.28 
 
 		 533 aa  696    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.699937  normal  0.473159 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3318  galactarate dehydratase  62.4 
 
 		 523 aa  682    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3608  galactarate dehydratase  62.6 
 
 		 523 aa  684    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3442  galactarate dehydratase  64.16 
 
 		 523 aa  692    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3409  galactarate dehydratase  77.29 
 
 		 518 aa  792    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.219407  normal  0.594385 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4684  galactarate dehydratase  66.03 
 
 		 516 aa  695    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.360454  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02944  hypothetical protein  62.6 
 
 		 523 aa  685    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0256  galactarate dehydratase  83.55 
 
 		 521 aa  891    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.808997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0179  galactarate dehydratase  38.72 
 
 		 507 aa  325  1e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1862  galactarate dehydratase  38.65 
 
 		 538 aa  320  6e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4928  galactarate dehydratase  38.14 
 
 		 508 aa  319  7e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4448  Altronate dehydratase  39.44 
 
 		 508 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2945  putative D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase  39.11 
 
 		 507 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0792126  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1027  galactarate dehydratase  38.14 
 
 		 509 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6583  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase domain protein  37.96 
 
 		 517 aa  310  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0600477  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5795  Altronate dehydratase  38.03 
 
 		 523 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.228862  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6599  galactarate dehydratase  38.36 
 
 		 516 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.257875 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3970  D-galactarate dehydratase/Altronate hydrolase-like  37.63 
 
 		 509 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0590  Galactarate dehydratase  38.16 
 
 		 512 aa  303  6.000000000000001e-81  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.413028  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05270  altronate dehydratase  37.79 
 
 		 525 aa  301  2e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3967  Altronate dehydratase  36.98 
 
 		 508 aa  301  3e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.816529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1702  Altronate dehydratase  38.52 
 
 		 508 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0783  Galactarate dehydratase  35.77 
 
 		 508 aa  298  1e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2834  UxaA family hydrolase  36.38 
 
 		 513 aa  297  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5792  Altronate dehydratase  37.79 
 
 		 523 aa  296  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2533  Galactarate dehydratase  36.89 
 
 		 533 aa  295  1e-78  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5478  Altronate dehydratase  36.15 
 
 		 508 aa  294  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0767398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2948  galactarate dehydratase  36.31 
 
 		 513 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439252  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3059  galactarate dehydratase  37.02 
 
 		 507 aa  292  1e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.364841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2855  Altronate dehydratase  35.81 
 
 		 513 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.547251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0955  glycogen debranching protein GlgX  35.12 
 
 		 508 aa  291  2e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00705486  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1537  Altronate dehydratase  37.18 
 
 		 513 aa  291  2e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5155  Altronate dehydratase  36.13 
 
 		 515 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.522272 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0582  Altronate dehydratase  37.31 
 
 		 533 aa  289  7e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.165825 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3898  uronate isomerase  36.13 
 
 		 510 aa  287  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.90307  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1221  Altronate dehydratase  36.04 
 
 		 507 aa  286  9e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4278  Altronate dehydratase  35.77 
 
 		 507 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.569461  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6467  Altronate dehydratase  35.91 
 
 		 507 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.457294  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6702  Altronate dehydratase  35.91 
 
 		 507 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.159063 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4262  galactarate dehydratase  34.84 
 
 		 507 aa  283  6.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.892671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0724  Altronate dehydratase  34.87 
 
 		 515 aa  282  9e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3904  galactarate dehydratase  35.18 
 
 		 514 aa  282  9e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1247  Altronate dehydratase  36.17 
 
 		 507 aa  282  1e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.665181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2068  Altronate dehydratase  36.49 
 
 		 511 aa  281  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.186874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6308  Altronate dehydratase  35.12 
 
 		 507 aa  279  7e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.859244 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1602  galactarate dehydratase  35.43 
 
 		 513 aa  279  8e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3799  Altronate dehydratase  34.46 
 
 		 526 aa  277  3e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1610  altronate hydrolase  35.76 
 
 		 500 aa  276  8e-73  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0756  UxaA family hydrolase  35.27 
 
 		 514 aa  274  3e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0264  Altronate dehydratase  35.37 
 
 		 500 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530336  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0806  UxaA family hydrolase  35.27 
 
 		 514 aa  272  1e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.941516  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0287  Altronate dehydratase  35.18 
 
 		 500 aa  271  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2347  galactarate dehydratase  33.07 
 
 		 509 aa  271  2e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2082  galactarate dehydratase  33.73 
 
 		 509 aa  270  5.9999999999999995e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.315134  normal  0.334548 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>