More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3484 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
326 aa  669    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0127971 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3266  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.75 
 
 
321 aa  104  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.53 
 
 
349 aa  99.8  6e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0230  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 
304 aa  91.3  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0624037  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0447  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.03 
 
 
316 aa  89  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00302715  hitchhiker  0.000000109049 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0763  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.63 
 
 
320 aa  85.9  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0206  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.95 
 
 
352 aa  84.7  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.68 
 
 
319 aa  82.4  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20730  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase, RmlD  25 
 
 
340 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.989981  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1783  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.33 
 
 
334 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.81312  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.89 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.116288 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1412  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.28 
 
 
322 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.175759 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1376  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 
372 aa  79.3  0.00000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0612  UDP-glucose 4-epimerase  25.26 
 
 
324 aa  79  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.520934  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2506  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.52 
 
 
321 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3092  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.24 
 
 
321 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13818  dTDP-glucose-4,6-dehydratase  26.39 
 
 
326 aa  77  0.0000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2639  UDP-glucose 4-epimerase  24.52 
 
 
323 aa  77  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3129  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  23.24 
 
 
321 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1978  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  22.94 
 
 
321 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.364672  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3152  UDP-glucose 4-epimerase  22.94 
 
 
321 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1840  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  22.94 
 
 
321 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.79417  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36590  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.37 
 
 
330 aa  75.5  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2765  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  22.94 
 
 
321 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.162172  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  22.94 
 
 
321 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.109062  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.33 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0827  hypothetical protein  23.81 
 
 
318 aa  74.3  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44260  NAD dependent epimerase/dehydratase  25.87 
 
 
303 aa  73.9  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.94 
 
 
321 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3986  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.43 
 
 
320 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.93 
 
 
336 aa  73.2  0.000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.111318  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1803  UDP-sugar epimerase  24.55 
 
 
323 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.198516  normal  0.133544 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1873  putative UDP-glucose 4-epimerase  24 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
330 aa  72.8  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2597  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.15 
 
 
306 aa  72.8  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.42 
 
 
327 aa  72.4  0.000000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1954  NAD dependent epimerase/reductase-related protein  24.8 
 
 
339 aa  71.6  0.00000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0847  domain of unknown function DUF1731  27.11 
 
 
307 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.120266  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.94 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0885  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.94 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0774  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.71 
 
 
321 aa  72  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3261  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  25.23 
 
 
304 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1377  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.824049  hitchhiker  0.00256302 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4014  oxidoreductase domain protein  23.97 
 
 
680 aa  71.6  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.876961 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.75 
 
 
320 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0798  hypothetical protein  23.53 
 
 
318 aa  70.5  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1781  hopanoid-associated sugar epimerase  25.17 
 
 
329 aa  70.9  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.889296  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5571  hypothetical protein  27.08 
 
 
464 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2122  hypothetical protein  25.17 
 
 
329 aa  70.9  0.00000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.744824  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  28.46 
 
 
319 aa  70.5  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0091  domain of unknown function DUF1731  28.36 
 
 
313 aa  70.5  0.00000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein/3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase family protein  28.17 
 
 
330 aa  70.5  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.42 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.43 
 
 
328 aa  70.5  0.00000000004  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1117  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.03 
 
 
332 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.481935 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3443  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  24.15 
 
 
304 aa  70.1  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1543  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.09 
 
 
319 aa  69.7  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0124132  normal  0.0261393 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0551  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.99 
 
 
333 aa  69.7  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4056  dehydrogenase, putative  27.97 
 
 
330 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3156  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  24.7 
 
 
304 aa  69.3  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.02 
 
 
315 aa  69.3  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23450  putative NAD dependent epimerase/dehydratase  21.85 
 
 
317 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000292756  hitchhiker  0.00536132 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.8 
 
 
331 aa  68.9  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.633416 
 
 
-
 
NC_011698  PHATRDRAFT_31257  predicted protein  23.15 
 
 
354 aa  68.6  0.0000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.367524  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4470  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
331 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.578152  normal  0.10133 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1372  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  23.35 
 
 
376 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0957  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.23 
 
 
330 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.387082  normal  0.15426 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1439  epimerase/dehydratase, putative  27.71 
 
 
329 aa  68.2  0.0000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.62 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271761 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2444  hopanoid-associated sugar epimerase  28.49 
 
 
329 aa  67.8  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4516  domain of unknown function DUF1731  26.72 
 
 
307 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0231327 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0873  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.79 
 
 
319 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1481  epimerase/dehydratase  23.01 
 
 
332 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1190  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  24.63 
 
 
331 aa  68.2  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.380145  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3985  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.65 
 
 
351 aa  68.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0448  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.25 
 
 
323 aa  67.4  0.0000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1020  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  24.63 
 
 
331 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.280879  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1830  hopanoid-associated sugar epimerase  23.46 
 
 
363 aa  67.4  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.24 
 
 
318 aa  67.4  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.514194  hitchhiker  0.0000234209 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.63 
 
 
331 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979048  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1741  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.72 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.58 
 
 
320 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3186  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.7 
 
 
305 aa  67.4  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2976  UDP-N-acetylglucosamine 4-epimerase  24.63 
 
 
331 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000873093  hitchhiker  0.00000190147 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1506  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.37 
 
 
364 aa  67.4  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185126  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02852  conserved hypothetical protein  24.7 
 
 
304 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000137618  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2599  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.82 
 
 
324 aa  67  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3578  domain of unknown function DUF1731  24.65 
 
 
307 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02802  hypothetical protein  24.7 
 
 
304 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000121739  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.78 
 
 
333 aa  67  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2535  domain of unknown function DUF1731  24.65 
 
 
307 aa  67  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.18148 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1198  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  26.38 
 
 
332 aa  67  0.0000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0883945  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
304 aa  67  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.18 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.215962 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0206  hypothetical protein  25.43 
 
 
306 aa  66.6  0.0000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.886073  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0547  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like  25.97 
 
 
347 aa  66.6  0.0000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.403557 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1105  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  25.98 
 
 
332 aa  66.6  0.0000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1185  steroid dehydrogenase  25.45 
 
 
351 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.809029 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2000  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  24.37 
 
 
357 aa  66.6  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>