83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2619 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2619  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 235 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0254896  normal  0.89864 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44540  hypothetical protein  67.69 
 
 		 284 aa  306  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.508928  normal  0.389288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3792  hypothetical protein  68.14 
 
 		 279 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3820  TetR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 212 aa  153  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1957  TetR family transcriptional regulator  45.5 
 
 		 229 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0421083  normal  0.138407 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2300  transcriptional regulator, TetR family  44.55 
 
 		 229 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1272  TetR family transcriptional regulator  42.92 
 
 		 226 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0129  DNA-binding transcriptional repressor FabR  40.41 
 
 		 218 aa  100  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.555645  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3786  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.37 
 
 		 212 aa  99.8  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.55352  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4197  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35.45 
 
 		 215 aa  98.2  9e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00988726  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4053  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.92 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  0.0185922 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03848  DNA-binding transcriptional repressor  34.92 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0143191  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4504  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.92 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00559066  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4410  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.92 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0500651  normal  0.0177189 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4449  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.92 
 
 		 215 aa  97.8  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.563556  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5426  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.92 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0614494  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03797  hypothetical protein  34.92 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0112282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4023  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 234 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4916  TetR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 211 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00715752  hitchhiker  0.000000000695443 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4023  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.04 
 
 		 213 aa  96.3  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.23914  normal  0.0336938 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0189  DNA-binding transcriptional repressor FabR  39.04 
 
 		 213 aa  96.3  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.368893  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4859  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 211 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.203125  hitchhiker  0.0000563821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4737  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 222 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0397829  hitchhiker  0.000000987598 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4076  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.36 
 
 		 211 aa  95.9  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0120  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.36 
 
 		 211 aa  95.9  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102544  normal  0.553113 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0139  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.36 
 
 		 211 aa  95.9  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0390891  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4773  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.36 
 
 		 212 aa  95.5  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00222933  hitchhiker  0.00284138 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0195  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.36 
 
 		 213 aa  95.1  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.685771  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002153  unsaturated fatty acid biosythesis repressor FabR  38.26 
 
 		 213 aa  94.7  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000110455  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03580  DNA-binding transcriptional repressor FabR  36.05 
 
 		 197 aa  93.6  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.163329  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00264  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.58 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2369  DNA-binding transcriptional repressor FabR  38.26 
 
 		 213 aa  93.2  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123396  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4652  TetR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 210 aa  92.8  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104872  hitchhiker  0.00491998 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3068  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 207 aa  86.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0906512  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1708  DNA-binding transcriptional repressor FabR  29.77 
 
 		 219 aa  86.3  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000453712  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4031  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.26 
 
 		 199 aa  85.1  8e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.224768  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2889  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.56 
 
 		 232 aa  84.3  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0433096  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1493  DNA-binding transcriptional repressor FabR  35 
 
 		 202 aa  83.2  0.000000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.132494  normal  0.0684627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0564  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0896844  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0667  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 232 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.764927  normal  0.0361684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0124  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.48 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000427607  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0335  DNA-binding transcriptional repressor FabR  37.59 
 
 		 210 aa  82  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0230  DNA-binding transcriptional repressor FabR  34.48 
 
 		 205 aa  82  0.000000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220471  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1578  regulatory protein TetR  31.22 
 
 		 231 aa  80.5  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.358729  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4450  regulatory protein, TetR  27.19 
 
 		 210 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.870367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4908  transcriptional regulator, TetR family  27.19 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0178  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00155373  normal  0.944765 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0175  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0116142  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4180  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0026827  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0179  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00396424  normal  0.0559762 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4078  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00684362  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0198  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3541  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.018845  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0172  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.291893  normal  0.0249459 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0177  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0234685  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0192  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.74 
 
 		 204 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0188643  normal  0.031406 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0137  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.52 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00297198  normal  0.372296 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0163  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.79 
 
 		 225 aa  77  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000509997  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5663  transcriptional regulator, TetR family  29.5 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4711  DNA-binding transcriptional repressor FabR  33.1 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000633687  normal  0.0908035 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4339  DNA-binding transcriptional repressor FabR  32.64 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000022912  hitchhiker  0.00000127177 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1730  regulatory protein, TetR  28.57 
 
 		 201 aa  69.7  0.00000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03880  transcriptional regulator TetR family  28.91 
 
 		 226 aa  69.7  0.00000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.568548  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64640  TetR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 209 aa  69.3  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0359  transcriptional regulator, TetR family  32.62 
 
 		 233 aa  68.6  0.00000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1912  TetR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000376024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2287  transcriptional regulator, TetR family  43.02 
 
 		 218 aa  68.6  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.101004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1626  TetR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 222 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0432632 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1257  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 224 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1283  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 224 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.20735  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1274  TetR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 224 aa  68.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.941811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5613  hypothetical protein  29.19 
 
 		 209 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4816  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 244 aa  66.2  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0244477 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0892  hypothetical protein  25 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1526  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.97703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2738  TetR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 181 aa  47.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000104447  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4442  TetR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 192 aa  43.9  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75286  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3195  regulatory protein  32.14 
 
 		 181 aa  42  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4828  transcriptional regulator, TetR family  44.26 
 
 		 207 aa  42  0.007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10053  putative TetR transcriptional regulator  25.74 
 
 		 194 aa  42  0.008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.205087  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0957  TetR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 199 aa  41.6  0.009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.962367  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0975  TetR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 199 aa  41.6  0.009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0353361 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0978  TetR family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 199 aa  42  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>