More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2464 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_3656  putative AMP-binding protein  76.76 
 
 		 555 aa  914    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.330411  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4205  AMP-dependent synthetase and ligase  74.59 
 
 		 551 aa  872    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2464  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 555 aa  1144    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.105323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43610  putative AMP-binding protein  76.58 
 
 		 555 aa  912    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0297438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1090  AMP-dependent synthetase and ligase  53.42 
 
 		 555 aa  629  1e-179  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.022153  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0267  AMP-dependent synthetase and ligase  49.46 
 
 		 563 aa  541  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0284  long-chain-fatty-acid-CoA ligase, putative  48.63 
 
 		 553 aa  520  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2888  AMP-dependent synthetase and ligase  49.46 
 
 		 560 aa  520  1e-146  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0719534  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1154  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  48.63 
 
 		 598 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2780  AMP-binding domain-containing protein  48.63 
 
 		 598 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2935  AMP-binding domain-containing protein  48.45 
 
 		 553 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2479  AMP-dependent synthetase and ligase  47.39 
 
 		 559 aa  513  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0998  AMP-dependent synthetase and ligase  47.29 
 
 		 546 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.231761  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01022  AMP-binding protein  45.77 
 
 		 559 aa  503  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5098  AMP-dependent synthetase and ligase  46.9 
 
 		 566 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.183916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2970  AMP-dependent synthetase and ligase  46.73 
 
 		 546 aa  486  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.383632  normal  0.0772174 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  42.62 
 
 		 551 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000026311  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0261  AMP-dependent synthetase and ligase  42.91 
 
 		 551 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000998406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4587  AMP-dependent synthetase and ligase  43.44 
 
 		 551 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000231553  unclonable  0.0000000387525 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0356  AMP-dependent synthetase and ligase  41.7 
 
 		 554 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000116911  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0349  AMP-dependent synthetase and ligase  41.7 
 
 		 554 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000814911  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  44.2 
 
 		 547 aa  456  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  41.88 
 
 		 554 aa  456  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0359  AMP-dependent synthetase and ligase  41.8 
 
 		 554 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00409412  decreased coverage  0.000000000100216 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0351  AMP-dependent synthetase and ligase  41.8 
 
 		 554 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.597598  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0355  AMP-binding protein  41.99 
 
 		 554 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0331  AMP-dependent synthetase and ligase  42.8 
 
 		 555 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.167581 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0326  AMP-dependent synthetase and ligase  41.7 
 
 		 554 aa  455  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.87525  normal  0.942531 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0361  AMP-dependent synthetase and ligase  43.69 
 
 		 575 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  41.7 
 
 		 554 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.354824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3437  AMP-dependent synthetase and ligase  41.88 
 
 		 555 aa  449  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.915272  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3502  AMP-dependent synthetase and ligase  39.5 
 
 		 551 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1920  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.57 
 
 		 563 aa  436  1e-121  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.022094  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3634  AMP-dependent synthetase and ligase  41.14 
 
 		 554 aa  432  1e-120  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00109176  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03363  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.96 
 
 		 563 aa  429  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002639  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.89 
 
 		 563 aa  421  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.409821  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3811  AMP-dependent synthetase and ligase  41.86 
 
 		 547 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.12372  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0675  AMP-binding protein  40.79 
 
 		 547 aa  405  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0631  putative AMP-binding acetyl-CoA synthetase  38.91 
 
 		 558 aa  405  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.365879  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1015  hypothetical protein  36.86 
 
 		 555 aa  397  1e-109  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0982  hypothetical protein  36.31 
 
 		 555 aa  394  1e-108  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  33.69 
 
 		 596 aa  270  7e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0972  long-chain fatty-acid-CoA ligase  32.85 
 
 		 610 aa  265  2e-69  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  30.42 
 
 		 610 aa  256  7e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1299  AMP-dependent synthetase and ligase  30.23 
 
 		 609 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  31.53 
 
 		 607 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  31.81 
 
 		 604 aa  255  2.0000000000000002e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06190  probable long chain fatty-acid CoA ligase  33.89 
 
 		 592 aa  254  3e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 607 aa  251  2e-65  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1135  long-chain fatty-acid-CoA ligase  31.24 
 
 		 610 aa  250  5e-65  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.420204  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1487  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 610 aa  249  1e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1374  AMP-dependent synthetase and ligase  31.39 
 
 		 590 aa  248  1e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  30.14 
 
 		 626 aa  248  2e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4728  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 592 aa  247  4e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.710201  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  35.2 
 
 		 596 aa  245  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 600 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  33.77 
 
 		 587 aa  242  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 597 aa  242  1e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3057  AMP-dependent synthetase and ligase  30.73 
 
 		 605 aa  242  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  30.46 
 
 		 616 aa  241  2e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1391  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 610 aa  242  2e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  31.47 
 
 		 630 aa  240  5.999999999999999e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2594  AMP-dependent synthetase and ligase  30.9 
 
 		 608 aa  238  1e-61  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2038  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 609 aa  239  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 		 599 aa  238  3e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 605 aa  237  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 		 601 aa  237  5.0000000000000005e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  29.89 
 
 		 623 aa  237  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  30.69 
 
 		 599 aa  234  3e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.658552  normal  0.476459 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  29.43 
 
 		 618 aa  234  3e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  30.2 
 
 		 611 aa  233  5e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  31.79 
 
 		 604 aa  233  6e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3606  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 		 601 aa  233  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 		 604 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  31.38 
 
 		 612 aa  231  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24290  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.29 
 
 		 599 aa  230  4e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.954614  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1856  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 622 aa  230  4e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1847  AMP-dependent synthetase and ligase  31.46 
 
 		 609 aa  231  4e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 		 604 aa  230  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 602 aa  229  7e-59  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2127  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 620 aa  229  7e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148266  normal  0.516077 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3508  AMP-dependent synthetase and ligase  31.78 
 
 		 607 aa  229  7e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0185945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  29.34 
 
 		 610 aa  229  8e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 602 aa  229  1e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  30.97 
 
 		 602 aa  229  1e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1901  AMP-dependent synthetase and ligase  32.73 
 
 		 606 aa  228  2e-58  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.122495  hitchhiker  0.0000327223 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.9 
 
 		 601 aa  228  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  32.27 
 
 		 613 aa  228  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  30.36 
 
 		 602 aa  227  4e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.29 
 
 		 597 aa  226  8e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  32.87 
 
 		 612 aa  226  8e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0747  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 		 602 aa  226  9e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3131  AMP-dependent synthetase and ligase  30.1 
 
 		 599 aa  226  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  32.56 
 
 		 509 aa  226  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.429001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2597  long-chain fatty-acid-CoA ligase  32.26 
 
 		 602 aa  224  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.366446 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  30.24 
 
 		 616 aa  224  2e-57  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  32.36 
 
 		 600 aa  225  2e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0095  AMP-dependent synthetase and ligase  28.78 
 
 		 663 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  31.71 
 
 		 633 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.41 
 
 		 592 aa  223  6e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>