120 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1703 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_1703  antibiotic biosynthesis monooxygenase  100 
 
 
100 aa  204  5e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.12592 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1741  hypothetical protein  67 
 
 
100 aa  140  4e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20250  hypothetical protein  66 
 
 
100 aa  138  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.25525  normal  0.833496 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4571  antibiotic biosynthesis monooxygenase  60.2 
 
 
100 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.683113  normal  0.464576 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0727  antibiotic biosynthesis monooxygenase  60.2 
 
 
100 aa  131  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.235106  normal  0.0173261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4706  antibiotic biosynthesis monooxygenase  59.18 
 
 
100 aa  130  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00216246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4705  antibiotic biosynthesis monooxygenase  57.89 
 
 
97 aa  124  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190187  normal  0.040711 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3619  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  45.45 
 
 
103 aa  89  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0564  antibiotic biosynthesis monooxygenase  48.57 
 
 
110 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0547682  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6899  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  48.57 
 
 
109 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1575  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  43.06 
 
 
106 aa  69.3  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6277  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  46.58 
 
 
97 aa  68.6  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000255974  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3392  hypothetical protein  43.06 
 
 
96 aa  65.9  0.0000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0842  antibiotic biosynthesis monooxygenase  36.08 
 
 
105 aa  63.9  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3531  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  39.76 
 
 
97 aa  62.8  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.291132 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1842  antibiotic biosynthesis monooxygenase  40.45 
 
 
96 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0851122  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1816  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  32.93 
 
 
104 aa  61.6  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.148462  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3526  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  38.55 
 
 
96 aa  60.8  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0863  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  38.55 
 
 
96 aa  60.8  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3655  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  38.55 
 
 
96 aa  60.8  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0535  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  47.54 
 
 
101 aa  61.2  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.494763  normal  0.309514 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1383  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  36.14 
 
 
97 aa  60.8  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2501  antibiotic biosynthesis monooxygenase  38.46 
 
 
96 aa  60.5  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.180823  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3507  hypothetical protein  32.05 
 
 
102 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3152  antibiotic biosynthesis monooxygenase  32.05 
 
 
102 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.106564 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4662  antibiotic biosynthesis monooxygenase  38.36 
 
 
104 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.134123  normal  0.994103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4524  antibiotic biosynthesis monooxygenase  38.36 
 
 
104 aa  58.2  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451369  normal  0.693828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4657  antibiotic biosynthesis monooxygenase  38.36 
 
 
104 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.494563  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0841  antibiotic biosynthesis monooxygenase  37.66 
 
 
137 aa  57.4  0.00000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0327839 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0385  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  34.09 
 
 
104 aa  57.4  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0306824 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0774  antibiotic biosynthesis monooxygenase  38.57 
 
 
104 aa  57  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.924912  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_92362  predicted protein  38.95 
 
 
272 aa  57  0.00000009  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.038448  normal  0.165435 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4408  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  34.94 
 
 
97 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.884642  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4325  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  34.94 
 
 
97 aa  56.6  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0873  antibiotic biosynthesis monooxygenase  38.75 
 
 
107 aa  55.8  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4410  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  34.94 
 
 
109 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.266111  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4295  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  34.94 
 
 
109 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4478  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  34.94 
 
 
109 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.519027  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0418  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  29.89 
 
 
104 aa  54.7  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.324945  hitchhiker  0.00133248 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1276  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  29.41 
 
 
148 aa  53.9  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.484559 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0717  antibiotic biosynthesis monooxygenase  35.06 
 
 
104 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0840  antibiotic biosynthesis monooxygenase  29.67 
 
 
129 aa  53.1  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0327839 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1600  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  34.94 
 
 
96 aa  53.1  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.895383  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0204  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  32.18 
 
 
99 aa  52.4  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_38325  predicted protein  45.07 
 
 
117 aa  52.4  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.910141  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18180  hypothetical protein  37.84 
 
 
97 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1578  hypothetical protein  37.84 
 
 
97 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.594105  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0400  hypothetical protein  30.99 
 
 
94 aa  51.2  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01475  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  33.73 
 
 
96 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2128  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  33.73 
 
 
96 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.254894  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01486  hypothetical protein  33.73 
 
 
96 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2140  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  33.73 
 
 
96 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1654  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  33.73 
 
 
96 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.282836  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2131  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  33.73 
 
 
96 aa  50.4  0.000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.840351  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3826  antibiotic biosynthesis monooxygenase  39.39 
 
 
99 aa  50.1  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.434397 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0405  antibiotic biosynthesis monooxygenase  47.5 
 
 
94 aa  50.4  0.000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00781134 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0056  autoinducer-2 (AI-2) modifying protein LsrG  33.33 
 
 
100 aa  49.7  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.140027  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3619  antibiotic biosynthesis monooxygenase  30.12 
 
 
94 aa  49.7  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55140  hypothetical protein  38.24 
 
 
98 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000327578 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3167  antibiotic biosynthesis monooxygenase  36.62 
 
 
98 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.347958  normal  0.104633 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2865  antibiotic biosynthesis monooxygenase  30.12 
 
 
135 aa  50.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0274269 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3014  antibiotic biosynthesis monooxygenase  36.67 
 
 
148 aa  49.3  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.704493 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4294  antibiotic biosynthesis monooxygenase  37.88 
 
 
99 aa  49.3  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.918403 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1604  antibiotic biosynthesis monooxygenase  38.81 
 
 
99 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714924  normal  0.202464 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4219  antibiotic biosynthesis monooxygenase  42.86 
 
 
99 aa  48.5  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.751157  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39960  hypothetical protein  38.46 
 
 
254 aa  48.1  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.228774  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3869  antibiotic biosynthesis monooxygenase  45.65 
 
 
95 aa  47.8  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.346738  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4018  antibiotic biosynthesis monooxygenase  30.12 
 
 
98 aa  47.8  0.00005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.409362  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0406  antibiotic biosynthesis monooxygenase  28.92 
 
 
94 aa  47.8  0.00005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5952  antibiotic biosynthesis monooxygenase  42.22 
 
 
99 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.49186  normal  0.673339 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0824  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  36.59 
 
 
97 aa  47.8  0.00005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.841443  normal  0.172785 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3962  antibiotic biosynthesis monooxygenase  38.1 
 
 
99 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4405  antibiotic biosynthesis monooxygenase  38.1 
 
 
99 aa  47.4  0.00006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.508922 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0491  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  35.14 
 
 
110 aa  47.8  0.00006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3498  antibiotic biosynthesis monooxygenase  31.11 
 
 
99 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4656  hypothetical protein  31.33 
 
 
126 aa  47.4  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03061  hypothetical protein  41.86 
 
 
94 aa  46.6  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1866  antibiotic biosynthesis monooxygenase  28.89 
 
 
99 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138048  normal  0.0354103 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2430  antibiotic biosynthesis monooxygenase  25.32 
 
 
150 aa  45.4  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4617  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  36.11 
 
 
104 aa  46.2  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2777  hypothetical protein  30.69 
 
 
102 aa  45.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0549  hypothetical protein  34.33 
 
 
129 aa  45.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.989851  normal  0.727681 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1875  antibiotic biosynthesis monooxygenase  41.3 
 
 
252 aa  45.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3369  antibiotic biosynthesis monooxygenase  30.16 
 
 
96 aa  45.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.226825  normal  0.261907 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2461  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  34.94 
 
 
107 aa  45.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2446  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  26.19 
 
 
106 aa  45.1  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0875  antibiotic biosynthesis monooxygenase  35 
 
 
106 aa  44.7  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.524457 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6175  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  31.87 
 
 
106 aa  44.7  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3087  antibiotic biosynthesis monooxygenase  25 
 
 
128 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.804464  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03040  hypothetical protein  35.29 
 
 
107 aa  43.9  0.0007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0667  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  34.21 
 
 
106 aa  43.5  0.0009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1214  Antibiotic biosynthesis monooxygenase  30.43 
 
 
110 aa  43.5  0.0009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.85027  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3393  antibiotic biosynthesis monooxygenase  28.57 
 
 
96 aa  43.5  0.0009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.130883 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1552  hypothetical protein  37.68 
 
 
129 aa  42.7  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.342709  normal  0.350764 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0437  hypothetical protein  31.58 
 
 
98 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2236  antibiotic biosynthesis monooxygenase  33.8 
 
 
97 aa  43.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0311  antibiotic biosynthesis monooxygenase  28.77 
 
 
99 aa  43.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2265  antibiotic biosynthesis monooxygenase  33.66 
 
 
98 aa  43.5  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.369863  normal 
 
 
-
 
NC_011693  PHATRDRAFT_8324  predicted protein  27.94 
 
 
68 aa  43.5  0.001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.817984  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3958  antibiotic biosynthesis monooxygenase  26.03 
 
 
94 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>