More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3428 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_3428  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
352 aa  726    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1304  3-isopropylmalate dehydrogenase  82.39 
 
 
351 aa  610  1e-173  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3744  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.71 
 
 
360 aa  421  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2864  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.01 
 
 
372 aa  396  1e-109  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.020128  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5898  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.73 
 
 
358 aa  389  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.115502  normal  0.433986 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3671  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.69 
 
 
356 aa  383  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.252372 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.57 
 
 
356 aa  369  1e-101  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.69 
 
 
358 aa  365  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.01 
 
 
357 aa  362  5.0000000000000005e-99  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.72 
 
 
363 aa  361  1e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1546  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.59 
 
 
373 aa  360  2e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.178342  normal  0.073036 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1958  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.32 
 
 
367 aa  358  5e-98  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.43 
 
 
355 aa  357  9.999999999999999e-98  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.11 
 
 
359 aa  357  9.999999999999999e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.478678 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.84 
 
 
357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3900  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.27 
 
 
373 aa  356  2.9999999999999997e-97  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.527564  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.82 
 
 
362 aa  356  2.9999999999999997e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4439  3-isopropylmalate dehydrogenase  50 
 
 
357 aa  356  3.9999999999999996e-97  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  50 
 
 
356 aa  355  5e-97  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.56 
 
 
356 aa  355  5.999999999999999e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.29 
 
 
356 aa  353  2e-96  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.16 
 
 
357 aa  353  2.9999999999999997e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.44 
 
 
358 aa  351  8.999999999999999e-96  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.02 
 
 
357 aa  350  1e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0192  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.42 
 
 
373 aa  349  5e-95  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.86 
 
 
355 aa  348  6e-95  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.16 
 
 
371 aa  345  5e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1264  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.71 
 
 
355 aa  345  8e-94  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.41 
 
 
357 aa  344  1e-93  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0745  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.18 
 
 
365 aa  344  2e-93  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000247717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.72 
 
 
360 aa  341  9e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2917  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.86 
 
 
364 aa  340  1e-92  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.44 
 
 
360 aa  339  5e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2487  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.29 
 
 
352 aa  339  5e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.78 
 
 
358 aa  337  9.999999999999999e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.74 
 
 
357 aa  337  1.9999999999999998e-91  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.15 
 
 
352 aa  336  2.9999999999999997e-91  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.88 
 
 
353 aa  335  5.999999999999999e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.31 
 
 
358 aa  334  1e-90  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.32 
 
 
360 aa  334  2e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.6 
 
 
360 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.16 
 
 
360 aa  333  3e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.31 
 
 
350 aa  333  3e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.6 
 
 
360 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.6 
 
 
360 aa  333  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_04390  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.59 
 
 
375 aa  332  6e-90  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.930022 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.47 
 
 
360 aa  331  1e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.99 
 
 
359 aa  331  1e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0588  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.98 
 
 
358 aa  330  2e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.526273 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.31 
 
 
357 aa  330  3e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.91 
 
 
360 aa  330  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.6 
 
 
360 aa  329  4e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.34 
 
 
356 aa  329  5.0000000000000004e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.14 
 
 
355 aa  328  8e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.2 
 
 
371 aa  328  9e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.31 
 
 
355 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2075  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.75 
 
 
358 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0739  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.86 
 
 
362 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379297  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1732  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.75 
 
 
358 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156138  hitchhiker  0.00249428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.65 
 
 
360 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1807  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.33 
 
 
353 aa  325  7e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.833313  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.04 
 
 
357 aa  325  8.000000000000001e-88  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1754  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.3 
 
 
354 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.994905 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1886  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.33 
 
 
353 aa  324  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2070  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.33 
 
 
353 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1260  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.9 
 
 
357 aa  324  1e-87  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366056  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.59 
 
 
360 aa  323  2e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.61 
 
 
357 aa  323  2e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3336  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.01 
 
 
353 aa  322  7e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08261  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.05 
 
 
359 aa  321  9.999999999999999e-87  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.842173  normal  0.408942 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0740  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.87 
 
 
353 aa  320  1.9999999999999998e-86  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.31 
 
 
357 aa  319  3.9999999999999996e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.24 
 
 
354 aa  319  3.9999999999999996e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.22 
 
 
356 aa  318  6e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0194  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.76 
 
 
359 aa  317  1e-85  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18652  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.99 
 
 
353 aa  317  1e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0788  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.55 
 
 
357 aa  318  1e-85  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0487359  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.6 
 
 
369 aa  317  2e-85  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17341  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.3 
 
 
357 aa  317  3e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_730  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.18 
 
 
365 aa  316  3e-85  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000128158  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.31 
 
 
359 aa  316  4e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.11 
 
 
362 aa  316  4e-85  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.89 
 
 
357 aa  316  4e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1720  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.3 
 
 
353 aa  315  5e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.424747 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3548  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.96 
 
 
341 aa  315  6e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.11 
 
 
356 aa  315  6e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.35 
 
 
359 aa  315  8e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0826  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.63 
 
 
365 aa  315  9.999999999999999e-85  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1320  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.96 
 
 
343 aa  314  9.999999999999999e-85  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1170  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.2 
 
 
345 aa  313  1.9999999999999998e-84  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3576  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.11 
 
 
355 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.490614 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4415  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.11 
 
 
355 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3952  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.11 
 
 
355 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.201991 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.33 
 
 
357 aa  313  3.9999999999999997e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.85 
 
 
359 aa  312  4.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.13 
 
 
360 aa  312  4.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.18 
 
 
363 aa  312  4.999999999999999e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.06 
 
 
357 aa  312  4.999999999999999e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.93 
 
 
357 aa  311  6.999999999999999e-84  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0597  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.03 
 
 
523 aa  311  7.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000598819  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>