More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3744 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3744  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
360 aa  736    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2864  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.82 
 
 
372 aa  422  1e-117  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.020128  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3428  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.71 
 
 
352 aa  421  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1304  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.71 
 
 
351 aa  409  1e-113  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1958  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.16 
 
 
367 aa  388  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1546  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.22 
 
 
373 aa  385  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.178342  normal  0.073036 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3671  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.76 
 
 
356 aa  384  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.252372 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.38 
 
 
371 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.48 
 
 
359 aa  373  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.478678 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4439  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.82 
 
 
357 aa  372  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5898  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.56 
 
 
358 aa  373  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.115502  normal  0.433986 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.93 
 
 
362 aa  374  1e-102  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.29 
 
 
371 aa  369  1e-101  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.76 
 
 
358 aa  363  2e-99  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.85 
 
 
358 aa  362  4e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.27 
 
 
356 aa  360  2e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0739  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.97 
 
 
362 aa  360  2e-98  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379297  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.41 
 
 
363 aa  359  4e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.56 
 
 
356 aa  357  9.999999999999999e-98  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0588  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.44 
 
 
358 aa  357  9.999999999999999e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.526273 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.5 
 
 
358 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.12 
 
 
356 aa  356  3.9999999999999996e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0192  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.37 
 
 
373 aa  355  5e-97  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.68 
 
 
355 aa  355  8.999999999999999e-97  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.83 
 
 
355 aa  354  1e-96  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.65 
 
 
357 aa  354  1e-96  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1754  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.86 
 
 
354 aa  354  1e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.994905 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.94 
 
 
357 aa  351  1e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.23 
 
 
359 aa  350  2e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.56 
 
 
358 aa  350  2e-95  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.86 
 
 
369 aa  349  5e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.13 
 
 
356 aa  348  6e-95  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2917  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.84 
 
 
364 aa  347  2e-94  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3900  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.57 
 
 
373 aa  347  3e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.527564  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1886  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.68 
 
 
353 aa  346  4e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.78 
 
 
363 aa  346  5e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2070  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.68 
 
 
353 aa  345  8.999999999999999e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1807  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.68 
 
 
353 aa  345  1e-93  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.833313  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.41 
 
 
355 aa  343  2e-93  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0597  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.35 
 
 
523 aa  343  2.9999999999999997e-93  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000598819  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.37 
 
 
363 aa  343  2.9999999999999997e-93  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.39 
 
 
358 aa  343  2.9999999999999997e-93  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.66 
 
 
357 aa  342  5e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.65 
 
 
363 aa  342  5.999999999999999e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3336  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.63 
 
 
353 aa  342  7e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.27 
 
 
364 aa  341  1e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 
360 aa  341  1e-92  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.71 
 
 
352 aa  341  1e-92  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1260  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.19 
 
 
357 aa  340  2e-92  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366056  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.58 
 
 
357 aa  340  2e-92  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.49 
 
 
364 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1264  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.86 
 
 
355 aa  340  2.9999999999999998e-92  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.65 
 
 
363 aa  338  9.999999999999999e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.96 
 
 
364 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0369  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.96 
 
 
364 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.23 
 
 
355 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.09 
 
 
363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.41 
 
 
364 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0283  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.99 
 
 
353 aa  336  2.9999999999999997e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0535154  normal  0.625423 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0745  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.49 
 
 
365 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000247717  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.51 
 
 
357 aa  336  3.9999999999999995e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3548  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.9 
 
 
341 aa  336  5e-91  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.41 
 
 
364 aa  335  1e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3760  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.41 
 
 
364 aa  334  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.930795  normal  0.184493 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.23 
 
 
363 aa  333  2e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.81 
 
 
363 aa  333  3e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.14 
 
 
354 aa  333  4e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.14 
 
 
354 aa  333  4e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.28 
 
 
357 aa  332  8e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.95 
 
 
364 aa  332  9e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 
363 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 
363 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 
363 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 
363 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 
363 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0472  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.59 
 
 
364 aa  330  2e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1732  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.2 
 
 
358 aa  330  2e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156138  hitchhiker  0.00249428 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2075  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.2 
 
 
358 aa  330  2e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0336  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.68 
 
 
364 aa  330  2e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.309261  normal  0.513692 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  51.68 
 
 
363 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.68 
 
 
363 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.68 
 
 
363 aa  330  3e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.68 
 
 
363 aa  330  3e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.68 
 
 
363 aa  330  3e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 
363 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.68 
 
 
363 aa  330  3e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.35 
 
 
360 aa  329  4e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.56 
 
 
357 aa  329  4e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 
363 aa  329  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3890  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.64 
 
 
354 aa  328  8e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.4 
 
 
363 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1312  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.5 
 
 
354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1285  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.5 
 
 
354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0412  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.04 
 
 
364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000160123 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1421  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.5 
 
 
354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1492  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.5 
 
 
354 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0386  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.04 
 
 
364 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1286  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.5 
 
 
354 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0398  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.04 
 
 
364 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.97 
 
 
363 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>