More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3358 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 360 aa  739    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.04 
 
 		 356 aa  461  1e-129  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.6 
 
 		 358 aa  443  1e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.96 
 
 		 352 aa  437  1e-121  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.05 
 
 		 362 aa  436  1e-121  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.83 
 
 		 357 aa  428  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.94 
 
 		 355 aa  430  1e-119  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.73 
 
 		 357 aa  426  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.01 
 
 		 360 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.61 
 
 		 358 aa  424  1e-117  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.73 
 
 		 360 aa  424  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.91 
 
 		 360 aa  418  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.73 
 
 		 360 aa  421  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.83 
 
 		 371 aa  421  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.46 
 
 		 357 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.66 
 
 		 358 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.73 
 
 		 360 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.06 
 
 		 371 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.18 
 
 		 360 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.14 
 
 		 360 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.18 
 
 		 360 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.32 
 
 		 363 aa  412  1e-114  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.22 
 
 		 360 aa  412  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.18 
 
 		 360 aa  414  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.8 
 
 		 359 aa  411  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  60 
 
 		 355 aa  409  1e-113  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.46 
 
 		 357 aa  410  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.52 
 
 		 357 aa  408  1e-113  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.86 
 
 		 356 aa  409  1e-113  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.94 
 
 		 363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.91 
 
 		 360 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.51 
 
 		 357 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.18 
 
 		 360 aa  404  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.3 
 
 		 350 aa  398  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.87 
 
 		 362 aa  400  9.999999999999999e-111  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.52 
 
 		 357 aa  396  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0597  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.33 
 
 		 523 aa  395  1e-109  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000598819  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.59 
 
 		 357 aa  391  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.21 
 
 		 356 aa  392  1e-108  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.25 
 
 		 357 aa  393  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.1 
 
 		 365 aa  392  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.15 
 
 		 353 aa  393  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.8 
 
 		 354 aa  391  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.18 
 
 		 369 aa  392  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.96 
 
 		 358 aa  393  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.97 
 
 		 361 aa  393  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.97 
 
 		 362 aa  392  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.42 
 
 		 355 aa  390  1e-107  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.7 
 
 		 362 aa  390  1e-107  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.99 
 
 		 362 aa  391  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.6 
 
 		 359 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.03 
 
 		 364 aa  390  1e-107  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.25 
 
 		 357 aa  391  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  55 
 
 		 351 aa  389  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1264  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.59 
 
 		 355 aa  391  1e-107  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.26 
 
 		 356 aa  389  1e-107  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.03 
 
 		 361 aa  388  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.78 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2222  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.55 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2075  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.21 
 
 		 358 aa  385  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.14 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.85 
 
 		 357 aa  386  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.18 
 
 		 357 aa  386  1e-106  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.06 
 
 		 363 aa  386  1e-106  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.03 
 
 		 361 aa  388  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0192  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.34 
 
 		 373 aa  385  1e-106  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1732  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.21 
 
 		 358 aa  385  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156138  hitchhiker  0.00249428 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.94 
 
 		 358 aa  385  1e-106  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.63 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.63 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.31 
 
 		 362 aa  382  1e-105  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2987  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.42 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0123626  normal  0.372327 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  53.63 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.22 
 
 		 363 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.9 
 
 		 355 aa  381  1e-105  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.22 
 
 		 363 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.18 
 
 		 357 aa  384  1e-105  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0745  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.43 
 
 		 365 aa  382  1e-105  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000247717  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.89 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.22 
 
 		 363 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0767  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.34 
 
 		 356 aa  384  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1054  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.34 
 
 		 356 aa  382  1e-105  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.347892 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.35 
 
 		 363 aa  384  1e-105  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.63 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.22 
 
 		 363 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.63 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.22 
 
 		 363 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.1 
 
 		 359 aa  382  1e-105  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.63 
 
 		 363 aa  383  1e-105  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.31 
 
 		 362 aa  379  1e-104  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.15 
 
 		 363 aa  379  1e-104  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378872  normal  0.141872 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.29 
 
 		 363 aa  381  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0631  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.07 
 
 		 363 aa  378  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305099  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.76 
 
 		 362 aa  380  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.25 
 
 		 359 aa  379  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.02 
 
 		 363 aa  379  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2472  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.42 
 
 		 355 aa  378  1e-104  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278486  normal  0.454857 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.35 
 
 		 363 aa  381  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.35 
 
 		 363 aa  378  1e-104  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.07 
 
 		 362 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>