More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccel_0128 on replicon NC_011898
Organism: Clostridium cellulolyticum H10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
356 aa  723    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  73.73 
 
 
362 aa  531  1e-150  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0114  3-isopropylmalate dehydrogenase  67.7 
 
 
352 aa  480  1e-134  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2099  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.84 
 
 
355 aa  470  1.0000000000000001e-131  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000153808  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.8 
 
 
358 aa  468  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3358  3-isopropylmalate dehydrogenase  64.04 
 
 
360 aa  461  1e-129  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.03 
 
 
357 aa  456  1e-127  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.13 
 
 
358 aa  457  1e-127  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.17 
 
 
357 aa  448  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.36 
 
 
371 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0017  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.02 
 
 
355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.84 
 
 
360 aa  444  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.56 
 
 
360 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.9 
 
 
363 aa  442  1e-123  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.28 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.28 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.99 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.28 
 
 
360 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.93 
 
 
356 aa  436  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.86 
 
 
360 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.41 
 
 
357 aa  435  1e-121  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.93 
 
 
358 aa  437  1e-121  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.32 
 
 
364 aa  437  1e-121  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.3 
 
 
360 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.01 
 
 
360 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.3 
 
 
360 aa  434  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.67 
 
 
363 aa  433  1e-120  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.66 
 
 
357 aa  431  1e-120  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.58 
 
 
357 aa  428  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.73 
 
 
360 aa  428  1e-119  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  63.28 
 
 
360 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.97 
 
 
362 aa  429  1e-119  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.11 
 
 
361 aa  430  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.11 
 
 
361 aa  430  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.67 
 
 
357 aa  425  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0908  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
362 aa  426  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0378851  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4403  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.99 
 
 
360 aa  424  1e-118  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.798665 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0788  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.43 
 
 
357 aa  422  1e-117  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0487359  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0348  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.15 
 
 
363 aa  423  1e-117  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000128786  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  62.43 
 
 
357 aa  423  1e-117  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.49 
 
 
371 aa  424  1e-117  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.96 
 
 
356 aa  422  1e-117  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.6 
 
 
357 aa  422  1e-117  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1264  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.97 
 
 
355 aa  423  1e-117  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0045  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.59 
 
 
362 aa  422  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0146911  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.83 
 
 
354 aa  420  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.54 
 
 
363 aa  418  1e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.15 
 
 
357 aa  419  1e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.72 
 
 
355 aa  420  1e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.1 
 
 
362 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.1 
 
 
363 aa  419  1e-116  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3353  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.04 
 
 
362 aa  419  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.133211 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.31 
 
 
359 aa  415  9.999999999999999e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1045  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.76 
 
 
362 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.18231  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.7 
 
 
363 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.43 
 
 
350 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1732  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.43 
 
 
358 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00156138  hitchhiker  0.00249428 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1904  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.46 
 
 
365 aa  414  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000997715  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.76 
 
 
362 aa  414  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000206723  normal  0.0345378 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.29 
 
 
353 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.94 
 
 
363 aa  416  9.999999999999999e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2075  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.43 
 
 
358 aa  415  9.999999999999999e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.49 
 
 
358 aa  416  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1539  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.3 
 
 
357 aa  417  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.23 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1483  3-isopropylmalate dehydrogenase  61.3 
 
 
357 aa  415  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.607612  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2879  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.91 
 
 
362 aa  413  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.46 
 
 
363 aa  411  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1014  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.55 
 
 
362 aa  411  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.79 
 
 
357 aa  411  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.32 
 
 
356 aa  412  1e-114  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1247  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 
359 aa  412  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.81 
 
 
363 aa  410  1e-113  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.56 
 
 
360 aa  410  1e-113  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3536  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.81 
 
 
363 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2987  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.86 
 
 
362 aa  409  1e-113  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0123626  normal  0.372327 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2937  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.81 
 
 
363 aa  409  1e-113  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.32 
 
 
357 aa  410  1e-113  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.91 
 
 
359 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.68 
 
 
351 aa  409  1e-113  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.87 
 
 
363 aa  410  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.81 
 
 
363 aa  408  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.59 
 
 
356 aa  410  1e-113  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.06 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.14 
 
 
353 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2173  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.59 
 
 
352 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17341  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.74 
 
 
357 aa  406  1.0000000000000001e-112  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1865  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.14 
 
 
357 aa  406  1.0000000000000001e-112  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.436203  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  54.34 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.34 
 
 
363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>