295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2087 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
434 aa  907    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.79 
 
 
434 aa  505  9.999999999999999e-143  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  54.37 
 
 
433 aa  488  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.01 
 
 
442 aa  482  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  53.44 
 
 
434 aa  477  1e-133  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.87 
 
 
431 aa  472  1e-132  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50 
 
 
438 aa  462  1e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.29 
 
 
497 aa  384  1e-105  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.91 
 
 
470 aa  377  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.07 
 
 
477 aa  375  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.87 
 
 
481 aa  370  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.03 
 
 
511 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.08 
 
 
484 aa  363  3e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.72 
 
 
493 aa  358  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.04 
 
 
515 aa  357  1.9999999999999998e-97  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.46 
 
 
490 aa  357  1.9999999999999998e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.5 
 
 
493 aa  356  5e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 
492 aa  350  2e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.34 
 
 
488 aa  348  9e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.34 
 
 
488 aa  347  2e-94  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.46 
 
 
492 aa  347  2e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.81 
 
 
462 aa  347  3e-94  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.48 
 
 
499 aa  342  8e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.76 
 
 
499 aa  341  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.11 
 
 
479 aa  339  5.9999999999999996e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.7 
 
 
525 aa  336  5e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.7 
 
 
504 aa  333  3e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.46 
 
 
513 aa  332  1e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.11 
 
 
518 aa  320  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.48 
 
 
518 aa  317  3e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.23 
 
 
486 aa  317  3e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.3 
 
 
467 aa  317  3e-85  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.37 
 
 
491 aa  314  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.48 
 
 
487 aa  312  9e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.96 
 
 
475 aa  309  5.9999999999999995e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.12 
 
 
481 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.82 
 
 
474 aa  303  5.000000000000001e-81  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.91 
 
 
481 aa  302  7.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.88 
 
 
479 aa  300  3e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.02 
 
 
500 aa  295  9e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.59 
 
 
484 aa  294  2e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1611  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.62 
 
 
445 aa  291  1e-77  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.21 
 
 
479 aa  291  1e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.82 
 
 
499 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.74 
 
 
505 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1151  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.79 
 
 
452 aa  289  8e-77  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.146213  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.82 
 
 
499 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.39 
 
 
466 aa  287  2e-76  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.52 
 
 
512 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.38 
 
 
482 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.66 
 
 
477 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03651  putative DNA photolyase  32.49 
 
 
504 aa  281  2e-74  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305782  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.73 
 
 
471 aa  280  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.22 
 
 
493 aa  280  3e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.02 
 
 
470 aa  280  3e-74  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.86 
 
 
497 aa  280  5e-74  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.59 
 
 
493 aa  279  7e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.96 
 
 
483 aa  279  8e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1651  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.33 
 
 
493 aa  278  1e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309463  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.92 
 
 
475 aa  278  1e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.59 
 
 
493 aa  278  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.8 
 
 
471 aa  278  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.17 
 
 
493 aa  278  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  31.78 
 
 
514 aa  277  3e-73  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  34.74 
 
 
471 aa  275  1.0000000000000001e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  34.74 
 
 
471 aa  274  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.26 
 
 
478 aa  274  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  34.52 
 
 
469 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.03 
 
 
477 aa  273  4.0000000000000004e-72  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.16 
 
 
435 aa  273  6e-72  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.4 
 
 
475 aa  272  7e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.21 
 
 
472 aa  271  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  35.79 
 
 
473 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.21 
 
 
472 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.79 
 
 
472 aa  271  2e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.79 
 
 
472 aa  271  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.12 
 
 
477 aa  271  2e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  35.16 
 
 
474 aa  271  2e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.31 
 
 
434 aa  271  2e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.58 
 
 
472 aa  270  4e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.39 
 
 
470 aa  270  4e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.29 
 
 
472 aa  268  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  34.03 
 
 
479 aa  268  2e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.33 
 
 
482 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.97 
 
 
475 aa  268  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.76 
 
 
473 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.37 
 
 
472 aa  266  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.13 
 
 
477 aa  266  5e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.1 
 
 
473 aa  266  7e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.39 
 
 
473 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.78 
 
 
482 aa  263  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.39 
 
 
473 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.12 
 
 
476 aa  263  4e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.97 
 
 
473 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  35.51 
 
 
456 aa  261  1e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.97 
 
 
473 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  34.04 
 
 
477 aa  259  6e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.59 
 
 
470 aa  259  8e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.13 
 
 
488 aa  259  8e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  33.97 
 
 
478 aa  259  8e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>