More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3907 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3907  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
242 aa  498  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180445  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6063  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.51 
 
 
244 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  81.33 
 
 
243 aa  394  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.720898 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.58 
 
 
243 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.5 
 
 
243 aa  390  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.477245  normal  0.933916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2881  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  80.5 
 
 
243 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.959841  normal  0.948307 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0817  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  74.6 
 
 
270 aa  388  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2901  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  80.5 
 
 
243 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.997812  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6052  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.99 
 
 
244 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.110774  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4725  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  78.84 
 
 
246 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5354  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.93 
 
 
246 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.495414  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  71.9 
 
 
242 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.735069  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4197  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.29 
 
 
298 aa  362  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.18326  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.83 
 
 
242 aa  335  2.9999999999999997e-91  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.100527  hitchhiker  0.00000000000000573842 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0192  putative short chain dehydrogenase  65 
 
 
242 aa  329  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01430  putative short chain dehydrogenase  64.17 
 
 
242 aa  323  2e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.66 
 
 
244 aa  290  2e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.0912876 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.76 
 
 
243 aa  270  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.824433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5150  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.08 
 
 
245 aa  260  1e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.855408  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.7 
 
 
247 aa  256  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000237685 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.25 
 
 
245 aa  246  2e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.167282  normal  0.978745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.58 
 
 
245 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0314  putative acetoin(diacetyl) reductase  49.58 
 
 
245 aa  241  7.999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.417582  normal  0.615312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0022  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
245 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
245 aa  241  9e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2560  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.42 
 
 
248 aa  231  9e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1429  putative short chain dehydrogenase  46.12 
 
 
255 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0142778 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0125  putative short-chain dehydrogenase  45.66 
 
 
251 aa  198  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3013  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
236 aa  198  7e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0908  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.44 
 
 
246 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.700496  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
246 aa  191  6e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0431623 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.08 
 
 
246 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1166  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.87 
 
 
253 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.932986  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1240  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.26 
 
 
258 aa  184  8e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2436  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.26 
 
 
292 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0714  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.84 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1712  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.84 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.595621  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0749  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.84 
 
 
258 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.66118  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
242 aa  178  7e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.73156 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4758  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.43 
 
 
229 aa  170  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000972291  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1562  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.84 
 
 
278 aa  169  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4172  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.09 
 
 
246 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03293  conserved hypothetical protein  32.02 
 
 
264 aa  159  5e-38  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00545103 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
231 aa  156  2e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02694  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G14000)  35.57 
 
 
243 aa  155  7e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5693  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
232 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.406883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7134  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.02 
 
 
233 aa  152  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.269687  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
236 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 
233 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
233 aa  149  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.286182  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0240  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.87 
 
 
233 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.377738  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5092  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.51 
 
 
251 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
233 aa  143  3e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.325516  hitchhiker  0.000000000000965184 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.56 
 
 
233 aa  141  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.585089  normal  0.589272 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.14 
 
 
233 aa  138  7e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.32958  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.71 
 
 
233 aa  136  4e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0675753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
234 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.623849  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2193  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.93 
 
 
233 aa  129  5.0000000000000004e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_20677  predicted protein  34.66 
 
 
236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.732911  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.74 
 
 
217 aa  105  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0937479  normal  0.693303 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31 
 
 
223 aa  103  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0806926  normal  0.0269236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7237  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 
219 aa  97.8  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.154876 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1794  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.12 
 
 
238 aa  96.3  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1097  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.89 
 
 
247 aa  92.8  4e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000264481  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0422  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  30.23 
 
 
265 aa  93.2  4e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0026318  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
251 aa  92.4  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
259 aa  92.8  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0150364  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
249 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.311099  normal  0.357873 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04541  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  31.06 
 
 
250 aa  92  7e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0716484  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
251 aa  92  8e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.383425 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  32.33 
 
 
254 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.27 
 
 
249 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.476786  normal  0.058074 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.4 
 
 
259 aa  91.3  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.45 
 
 
251 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
253 aa  90.5  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2536  short chain dehydrogenase  27.8 
 
 
241 aa  90.1  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0890  short chain dehydrogenase  33.05 
 
 
254 aa  89.7  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3471  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
254 aa  88.2  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0865  short chain dehydrogenase  32.64 
 
 
254 aa  87.8  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.02 
 
 
243 aa  87  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.433437  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
254 aa  87.4  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1259  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.28 
 
 
245 aa  86.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3025  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.41 
 
 
245 aa  86.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.431336  normal  0.905045 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ00930  conserved hypothetical protein  40 
 
 
252 aa  86.3  4e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 
254 aa  86.3  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.44 
 
 
255 aa  85.9  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3095  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  28.12 
 
 
246 aa  85.9  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.025547 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.97 
 
 
246 aa  85.9  5e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2512  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  27.27 
 
 
236 aa  85.9  6e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0588198  normal  0.237046 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6404  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  28.12 
 
 
246 aa  85.5  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1896  short chain dehydrogenase  30.61 
 
 
260 aa  85.5  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.506281 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4456  short chain dehydrogenase  32.18 
 
 
258 aa  84.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.968852  decreased coverage  0.00124263 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.14 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 
257 aa  84.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3155  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
249 aa  84.3  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  28.14 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0698  sorbitol-6-phosphate dehydrogenase  27.95 
 
 
259 aa  84  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00117968  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 
249 aa  84.3  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 
252 aa  83.6  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.35 
 
 
239 aa  84  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.420603  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>