More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3470 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3470  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
247 aa  485  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0938871  normal  0.0606806 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.26 
 
 
246 aa  249  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
250 aa  204  9e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
253 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4926  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
250 aa  119  6e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
249 aa  118  7.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.876035 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1276  short chain dehydrogenase  32.11 
 
 
245 aa  117  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.127244 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3166  sorbitol dehydrogenase  32.56 
 
 
269 aa  116  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138901  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1680  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.27 
 
 
251 aa  115  6.9999999999999995e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447885  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
258 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.64 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0163014 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.61 
 
 
257 aa  113  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
249 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.312016 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
250 aa  111  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.27381  normal  0.321582 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2637  short chain dehydrogenase  36.44 
 
 
249 aa  111  9e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.880192  normal  0.691513 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6149  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
250 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.767599  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4205  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 
249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1853  short chain dehydrogenase  31.05 
 
 
248 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0255739 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.27 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.466284  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.17 
 
 
246 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1489  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129489  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.21 
 
 
248 aa  109  4.0000000000000004e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5146  short chain dehydrogenase  30.86 
 
 
249 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.485132 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6442  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
250 aa  108  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.92 
 
 
249 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.78 
 
 
249 aa  108  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.743298  normal  0.331611 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1440  short chain dehydrogenase  29.27 
 
 
250 aa  107  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.637118  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1738  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
278 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0147369  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3696  short chain dehydrogenase  36.69 
 
 
278 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0367097  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 
246 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1510  short chain dehydrogenase  33.74 
 
 
249 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.360234 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
249 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.650053 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
248 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4922  short chain dehydrogenase  29.88 
 
 
248 aa  106  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4625  short chain dehydrogenase  28.69 
 
 
249 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402352  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1113  sorbitol dehydrogenase  31.56 
 
 
262 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 
249 aa  106  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.13 
 
 
254 aa  106  4e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1425  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
258 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.315018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4730  putative short-chain dehydrogenases/reductases (SDR) family protein  36.95 
 
 
260 aa  105  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2450  short chain dehydrogenase  30.2 
 
 
248 aa  104  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00157623  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5253  short chain dehydrogenase  31.3 
 
 
250 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5639  short chain dehydrogenase  31.05 
 
 
250 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.308131  hitchhiker  0.00207751 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
244 aa  104  1e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.317025 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4098  short chain dehydrogenase  35.46 
 
 
249 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277567  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4268  short chain dehydrogenase  35.46 
 
 
249 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29852  normal  0.279758 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1381  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.92 
 
 
248 aa  103  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.049098  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3531  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 
250 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 
247 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0185042  normal  0.0937687 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
248 aa  102  6e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.716912  normal  0.113643 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2266  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
244 aa  102  6e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000275266  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
256 aa  102  6e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
249 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143901  normal  0.269428 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
248 aa  102  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3231  short chain dehydrogenase  36 
 
 
245 aa  101  9e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.304941  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0013  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  33.07 
 
 
258 aa  100  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0010  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  33.07 
 
 
258 aa  100  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4169  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 
249 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00125324  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0694  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  34.78 
 
 
251 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0384392 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 
226 aa  100  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5929  sorbitol dehydrogenase  30.47 
 
 
258 aa  99.8  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
244 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000616439 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
261 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0637  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  34.78 
 
 
251 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0282  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.16 
 
 
241 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.550134  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0756  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  33.86 
 
 
251 aa  99.4  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.830611 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2727  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
252 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.932234  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.54 
 
 
247 aa  99.8  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.94 
 
 
241 aa  99.8  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6108  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 
255 aa  99.4  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4111  short chain dehydrogenase  32.67 
 
 
253 aa  99.4  5e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.173439 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0699  sorbitol dehydrogenase  30.08 
 
 
258 aa  99.4  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.504553 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3998  short chain dehydrogenase  32.67 
 
 
253 aa  99.4  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2001  putative short-chain alcohol dehydrogenase  33.7 
 
 
262 aa  98.6  7e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.354016 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0651  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  34.39 
 
 
251 aa  98.6  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.15 
 
 
250 aa  98.6  9e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0710  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  34.39 
 
 
251 aa  98.2  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.676639  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2622  sorbitol dehydrogenase  30.08 
 
 
258 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.726937  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2319  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.99 
 
 
259 aa  97.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
244 aa  97.8  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1988  sorbitol dehydrogenase  30.08 
 
 
276 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.921173  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2598  sorbitol dehydrogenase  30.08 
 
 
276 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0466  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  31.08 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.34924  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2439  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
249 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.427983  normal  0.121811 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2514  sorbitol dehydrogenase  30.47 
 
 
258 aa  97.4  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.449953 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2646  sorbitol dehydrogenase  30.08 
 
 
258 aa  97.1  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4444  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.740498  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0563  2,3-dihydroxybenzoate-2,3-dehydrogenase  32.14 
 
 
260 aa  97.1  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1917  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
248 aa  97.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.242165  hitchhiker  0.00000598098 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  33.59 
 
 
255 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
265 aa  96.7  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.110781  normal  0.215016 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22070  short chain dehydrogenase  30.3 
 
 
252 aa  96.7  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2147  sorbitol dehydrogenase  29.69 
 
 
256 aa  96.3  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000207425  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7235  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
263 aa  96.3  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126511 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7850  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.4 
 
 
256 aa  96.3  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1136  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 
249 aa  96.3  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.399133  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2290  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
244 aa  95.9  5e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.872863 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3883  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.75 
 
 
248 aa  95.9  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.445893 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1616  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
248 aa  95.9  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0140794 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
251 aa  95.9  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>