More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1428 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1428  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 329 aa  669    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35070  AraC family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2960  putative transcriptional regulator  32.83 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.236013  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2411  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 333 aa  102  9e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382897  normal  0.850127 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2438  transcriptional regulator, AraC family  35.84 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000013643 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3754  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 329 aa  99  9e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5347  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 332 aa  96.3  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.93449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3532  AraC family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 320 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0113977 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0873  transcriptional regulator PchR  34.62 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0430  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 312 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1813  transcription regulator protein  28.73 
 
 		 303 aa  90.1  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.881353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09260  transcriptional regulator PchR  33.77 
 
 		 296 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.372084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3316  helix-turn-helix domain-containing protein  28.25 
 
 		 330 aa  89.7  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.606896  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 277 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 277 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2415  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 368 aa  88.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.125553 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1456  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 320 aa  87  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1575  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.79 
 
 		 325 aa  87  4e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000250184  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2581  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 319 aa  86.7  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0247972  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0876  regulatory protein PchR  35.38 
 
 		 299 aa  86.3  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0941  helix-turn-helix domain-containing protein  31.78 
 
 		 291 aa  86.3  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6199  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 333 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.224199  normal  0.145897 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2149  AraC family transcription regulator  35.38 
 
 		 323 aa  85.9  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0183353  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0674  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0786  regulatory protein PchR  35.38 
 
 		 351 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3368  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.325017  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4999  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0916348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5288  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0305089  normal  0.89359 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3614  AraC family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.222802 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0671  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344282  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0879  AraC family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 347 aa  84  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1829  AraC family transcription regulator  34.62 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 269 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0862  AraC family transcription regulator  43.16 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000812854  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4823  helix-turn-helix domain-containing protein  27.27 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.802517  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1805  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 312 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1585  AraC family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 350 aa  81.6  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  30.87 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 278 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1611  AraC family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7173  two component AraC family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 268 aa  80.1  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.495812 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4205  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 382 aa  80.5  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.382392 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03650  transcriptional regulator  36.9 
 
 		 296 aa  79.7  0.00000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1473  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.38 
 
 		 315 aa  79.3  0.00000000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.844163  normal  0.308396 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4364  transcriptional regulator, AraC family  32.12 
 
 		 279 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196876  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2338  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.438045  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 277 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1692  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 323 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54870  hypothetical protein  33.64 
 
 		 302 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000873444  unclonable  5.92488e-22 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 271 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3774  transcriptional regulator, AraC family  37.61 
 
 		 345 aa  79  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0492  helix-turn-helix domain-containing protein  38.61 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.665417 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4154  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6071  two component AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1207  transcriptional regulatory protein  23.15 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.654972  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 271 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0423  AraC family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 331 aa  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1734  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 326 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1197  transcriptional regulator, AraC family  24.56 
 
 		 335 aa  76.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00505676  normal  0.236606 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1122  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 399 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1481  transcriptional regulator, AraC family  35.53 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.395688 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0841  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2680  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1670  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 338 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.135739 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4346  transcriptional regulator, AraC family  32.63 
 
 		 326 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.324951  normal  0.0157196 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0308  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0162295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41160  Response regulator  39.36 
 
 		 261 aa  74.3  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1107  AraC family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 398 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3558  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 377 aa  73.9  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0403  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000043058 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0394  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000164357 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0397  AraC-family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0457  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 334 aa  73.9  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000383728 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5741  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 		 235 aa  72.4  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 274 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3744  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 377 aa  72.4  0.00000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0415  AraC-family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 334 aa  72  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0023741 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2225  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 337 aa  72  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.120601  normal  0.705003 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0934  AraC family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 365 aa  71.2  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3041  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1106  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 388 aa  70.9  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.189934 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0079  transcriptional regulator, AraC family  30.87 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0851  helix-turn-helix domain-containing protein  39.18 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.79639  normal  0.0269486 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5692  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0589  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 335 aa  68.9  0.0000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.564804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000327  transcriptional regulator AraC family  32.63 
 
 		 322 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000000791228  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2321  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 317 aa  68.2  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.612609 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0681  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 357 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7195  transcriptional regulator, AraC family  23.65 
 
 		 314 aa  68.6  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2358  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 234 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.738853  normal  0.890173 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3749  helix-turn-helix domain-containing protein  37.18 
 
 		 272 aa  67.4  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4250  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 311 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1715  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 146 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7176  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 355 aa  67  0.0000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.178485 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1736  AraC family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 146 aa  67  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228742  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>