More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0946 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
296 aa  580  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00558212  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
296 aa  580  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.987878  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.33 
 
 
295 aa  442  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4909  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.35 
 
 
295 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.206817  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0651  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.67 
 
 
295 aa  429  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.938686  normal  0.21928 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06563  glycine betaine/L-proline ABC transporter permease protein  64.53 
 
 
299 aa  405  1.0000000000000001e-112  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000686  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  62.84 
 
 
299 aa  394  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1846  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.27 
 
 
298 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00873954  hitchhiker  0.00370513 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4236  putative permease  63.73 
 
 
299 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.886971  unclonable  0.0000000000487453 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.92 
 
 
293 aa  390  1e-107  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0256  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.71 
 
 
299 aa  384  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2574  ABC transporter membrane spanning protein  60.82 
 
 
304 aa  374  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.127143  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.62 
 
 
303 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3058  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  60.62 
 
 
303 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.22 
 
 
303 aa  338  8e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.224794 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5272  histidine ABC transporter, permease protein, putative  49.82 
 
 
283 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4830  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.82 
 
 
283 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.865615 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67280  ABC transporter permease  52.63 
 
 
283 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5829  ABC transporter permease  53.31 
 
 
283 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2844  ABC proline/glycine betaine transporter, inner membrane subunit  52.26 
 
 
321 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.852577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0363  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.29 
 
 
283 aa  254  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2476  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.91 
 
 
357 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2667  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
399 aa  241  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00496589  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.16 
 
 
281 aa  240  2e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.730123  normal  0.990887 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0864  glycine betaine transporter membrane protein  48.19 
 
 
400 aa  236  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48 
 
 
383 aa  236  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1376  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  44.52 
 
 
652 aa  235  6e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000369923 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.64 
 
 
285 aa  234  9e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.320123  normal  0.13296 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0896  glycine betaine transporter membrane protein  45.3 
 
 
392 aa  234  9e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.652731  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0980  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
400 aa  234  1.0000000000000001e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3477  glycine betaine transporter membrane protein  45.42 
 
 
400 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1064  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
400 aa  234  2.0000000000000002e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0842907  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3321  glycine betaine transporter membrane protein  48.84 
 
 
422 aa  233  3e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3535  glycine betaine transporter membrane protein  45.24 
 
 
388 aa  232  5e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.872834  normal  0.0140856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1114  glycine betaine transporter membrane protein  45.24 
 
 
388 aa  232  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1060  glycine betaine transporter membrane protein  45.24 
 
 
388 aa  232  5e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3734  glycine betaine transporter membrane protein  44.71 
 
 
374 aa  232  6e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.346583 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1066  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  46.27 
 
 
633 aa  230  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.76 
 
 
278 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0667053  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0615  glycine betaine ABC transporter, binding protein inner membrane component  50 
 
 
356 aa  229  3e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00230108  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.69 
 
 
282 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.636525  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.68 
 
 
290 aa  228  9e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0808444  normal  0.400177 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3158  glycine betaine transporter membrane protein  46.38 
 
 
355 aa  228  9e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.363018  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1496  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
451 aa  227  2e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0787924  normal  0.370511 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003610  L-proline Glycine Betaine ABC transport system permease protein proW  46.62 
 
 
363 aa  227  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
294 aa  225  6e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2927  glycine betaine transporter membrane protein  45.21 
 
 
354 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2993  glycine betaine transporter membrane protein  45.21 
 
 
354 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.905763  normal  0.0117582 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2958  glycine betaine transporter membrane protein  45.21 
 
 
354 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0341779 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3010  glycine betaine transporter membrane protein  45.21 
 
 
354 aa  225  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00677598 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3116  glycine betaine transporter membrane protein  44.88 
 
 
354 aa  224  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334495 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2959  glycine betaine transporter membrane protein  45.03 
 
 
354 aa  223  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3201  glycine betaine transporter membrane protein  45.03 
 
 
354 aa  223  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.24 
 
 
283 aa  224  2e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000490097  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02534  glycine betaine transporter subunit  45.03 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.03 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1028  glycine betaine transporter membrane protein  45.03 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.230597 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2814  glycine betaine transporter membrane protein  45.03 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02498  hypothetical protein  45.03 
 
 
354 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3922  glycine betaine transporter membrane protein  45.03 
 
 
354 aa  223  4e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.280757 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2800  glycine betaine transporter membrane protein  45.03 
 
 
354 aa  222  4.9999999999999996e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.591808  normal  0.0101611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3059  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  48.81 
 
 
321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206387  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
279 aa  222  4.9999999999999996e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.437993  normal  0.22836 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0691  putative glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein  56.22 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1086  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  48.04 
 
 
646 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.809733  normal  0.592465 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0516  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.29 
 
 
277 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.374081 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0739  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  56.22 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.483672  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1061  hypothetical protein  48.48 
 
 
280 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3559  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.66 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.873064  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.1 
 
 
282 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6869  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
294 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3888  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.47 
 
 
301 aa  219  6e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.33 
 
 
317 aa  217  2e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.565238  normal  0.807022 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2377  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease  44.71 
 
 
274 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.336492 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.16 
 
 
278 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.177643  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4110  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  48.12 
 
 
662 aa  216  4e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1796  amino acid ABC transporter, permease protein  46.43 
 
 
575 aa  215  5.9999999999999996e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.135141  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.287103  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.21 
 
 
283 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.158267  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1902  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
276 aa  215  7e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00849188  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
295 aa  215  8e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3449  choline ABC transporter, permease protein  44.44 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0502  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  43.68 
 
 
276 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.819479  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.12 
 
 
278 aa  213  1.9999999999999998e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000001583  hitchhiker  0.0000000544844 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3486  choline ABC transporter, permease protein  51.46 
 
 
298 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.180465 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.04 
 
 
282 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5091  choline ABC transporter, permease protein  50.97 
 
 
298 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.674099 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5108  choline ABC transporter, permease protein  50.97 
 
 
298 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.97 
 
 
298 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4566  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.97 
 
 
298 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.97 
 
 
298 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00870989  normal  0.647601 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0957  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.25 
 
 
283 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000687252  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21500  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.99 
 
 
272 aa  211  1e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0967  glycine betaine/L-proline ABC transporter, permease protein, putative  50.97 
 
 
300 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
376 aa  211  2e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.197638  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24580  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  48.8 
 
 
303 aa  209  3e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0193054  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0456  ABC glycine betaine/L-proline transporter, inner membrane subunit  50.49 
 
 
298 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.424903  normal  0.0286043 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0358  ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component  53.93 
 
 
571 aa  209  4e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.963399  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02042  transmembrane ABC transporter protein  50.47 
 
 
298 aa  209  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4810  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.97 
 
 
298 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>