More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0302 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  594  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  79.11 
 
 		 297 aa  477  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  76.43 
 
 		 302 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  76.09 
 
 		 302 aa  461  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  75.42 
 
 		 302 aa  455  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  75.34 
 
 		 302 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  64.38 
 
 		 292 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  63.45 
 
 		 326 aa  377  1e-103  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  62.98 
 
 		 311 aa  367  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 293 aa  225  9e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 304 aa  198  9e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 291 aa  188  9e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 295 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 295 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 295 aa  185  8e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  33.92 
 
 		 315 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 291 aa  175  7e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 292 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1242  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.310475 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  38.54 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0349  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 294 aa  168  9e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  36.01 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  37.46 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3353  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 287 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.686915 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2976  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0288954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3189  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 287 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3252  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993156 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3238  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 287 aa  158  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00156229 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  31.32 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  30.14 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 		 287 aa  155  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2730  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.72 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1330  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.72 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1442  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 292 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3411  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3300  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 288 aa  152  5e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3576  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.322821  normal  0.0297722 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1232  HTH-type transcription regulator, LysR family  32.29 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2306  transcriptional regulator, LysR family  36.81 
 
 		 283 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.16135  normal  0.168565 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4323  LysR family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 284 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1024  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0788  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 297 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.232962  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1043  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2710  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0557153  normal  0.0592619 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0760  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1214  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1241  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6997  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3798  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2275  regulatory protein LysR  33.67 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.288787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2415  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 284 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.535786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2262  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3513  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 284 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5540  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.108539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  32.88 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6422  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  34.41 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26860  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5866  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 315 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2021  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0424738 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 323 aa  122  8e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1150  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.529975  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1088  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0130625 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5229  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1142  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3586  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3357  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434273  normal  0.433607 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1303  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2275  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>