More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3784 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 69 aa  140  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3760  cold-shock DNA-binding protein family protein  86.96 
 
 		 69 aa  124  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.780435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  84.06 
 
 		 69 aa  123  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  84.06 
 
 		 69 aa  121  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.61 
 
 		 69 aa  120  8e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.754516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.16 
 
 		 69 aa  119  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1057  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.07 
 
 		 68 aa  119  9.999999999999999e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0755  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  85.51 
 
 		 68 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  81.16 
 
 		 69 aa  118  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4529  cold shock DNA-binding domain-containing protein  84.06 
 
 		 68 aa  118  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0279  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  83.58 
 
 		 68 aa  117  4.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1543  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.61 
 
 		 68 aa  115  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.26 
 
 		 69 aa  114  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.26 
 
 		 69 aa  114  5e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1655  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  79.71 
 
 		 69 aa  114  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.260165  normal  0.588405 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.26 
 
 		 69 aa  112  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 69 aa  111  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 		 68 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.074349  hitchhiker  0.00762568 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  73.91 
 
 		 69 aa  111  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 68 aa  110  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0435864  normal  0.0231014 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 68 aa  110  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.109641  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 68 aa  110  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0114712 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2787  cold shock domain-contain protein  77.61 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2407  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.61 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0284217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2477  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.61 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.916903  normal  0.105419 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1572  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.61 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.259211  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2569  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.61 
 
 		 69 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.608616  normal  0.369821 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1705  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000671273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1708  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000316023  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2659  cold-shock DNA-binding domain protein  76.12 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00019694  hitchhiker  0.00182123 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2285  cold-shock protein, DNA-binding  76.12 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1748  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 69 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000249775  normal  0.291294 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1693  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.12 
 
 		 68 aa  109  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  71.01 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3612  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.81 
 
 		 68 aa  107  6e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000433441  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1970  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.13 
 
 		 69 aa  106  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00428125  normal  0.0463669 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1846  cold-shock DNA-binding protein family protein  73.91 
 
 		 69 aa  104  4e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.174737  normal  0.594257 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2133  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  104  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.415341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1336  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.36 
 
 		 68 aa  103  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0737  cold shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.225211  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0333  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  103  8e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000434433 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2170  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.46 
 
 		 69 aa  103  8e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  71.43 
 
 		 70 aa  102  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1731  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.57 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000000915529  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 70 aa  102  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  71.43 
 
 		 70 aa  101  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  71.43 
 
 		 70 aa  100  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  71.01 
 
 		 69 aa  100  5e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70 
 
 		 70 aa  100  7e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  71.43 
 
 		 70 aa  100  8e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  71.01 
 
 		 69 aa  99.4  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  70.59 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  99.8  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.59 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3621  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 69 aa  98.6  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0652324  hitchhiker  0.000182164 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  73.13 
 
 		 69 aa  99.4  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.59 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.59 
 
 		 69 aa  99  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  69.12 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3069  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.32 
 
 		 69 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0986156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  70.59 
 
 		 69 aa  97.8  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  63.77 
 
 		 69 aa  97.4  6e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  76.92 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  71.43 
 
 		 66 aa  97.1  7e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 69 aa  97.1  7e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 65 aa  96.7  8e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.370321  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  72.73 
 
 		 69 aa  96.7  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  95.9  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0272616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 69 aa  95.9  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2415  cold-shock DNA-binding domain protein  69.7 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.751848  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4202  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.713161  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1522  cold shock protein CspA  59.42 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.310546  normal  0.49084 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2955  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.12 
 
 		 68 aa  95.1  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1127  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.65 
 
 		 69 aa  95.1  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.861564  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1715  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 69 aa  94.7  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0778  cold shock proteins  73.33 
 
 		 66 aa  94.4  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000726747  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  69.12 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39180  Cold-shock-like protein  60.61 
 
 		 69 aa  94  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.197755  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.71 
 
 		 70 aa  93.6  7e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.97 
 
 		 66 aa  93.6  8e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.18 
 
 		 69 aa  93.6  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.43 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  65.71 
 
 		 70 aa  93.2  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4220  cold-shock protein  59.09 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4566  putative cold-shock DNA-binding domain protein  65.15 
 
 		 67 aa  93.2  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.55888  normal  0.0641574 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49410  cold-shock protein  59.09 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000191939  normal  0.274128 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 70 aa  92.4  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.44614  hitchhiker  0.00284754 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 		 70 aa  92  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0559  putative cold-shock protein  65.67 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.66 
 
 		 71 aa  92.4  2e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  69.12 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  70 
 
 		 85 aa  92.4  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>